分享一个药物预测网站DesigN

DesigN网站的参考文献来自一下链接：DeSigN: connecting gene expression with therapeutics for drug repurposing and development - PubMed

该网站链接如下：DeSigN - Cancer Research Malaysia

DeSigN 是一种稳健的方法，可用于使用从基因表达分析中获得的输入基因特征来识别候选药物。这个用户友好的平台可用于识别对感兴趣的癌细胞系具有意想不到的功效的药物，因此可用于药物的再利用，从而提高药物开发的效率。我们来看看他的网站界面：

简单来说就是输入上调的基因和下调的基因， 然后点击submit query，网站就会自动分析结果：

下面我们来测试一下：

 

 这是之前基于膀胱癌特征基因分析的两个亚型，并在两个亚型中做了差异表达分析，其中亚型一种上调的基因放在左侧框内，下调的基因放在右侧框内，点击submit query开始运行，此过程可能需要几分钟：

 最终得到如下结果，其中在分析中无效的基因被列在红框中：

下面的表格便是此次分析的结果：

 

结果解读如下：Connectivity Score越接近1，表示此药物对此类患者（即亚型一）具有最大功效， 接近-1表示具有最小功效。如图所示，可以看到阿霉素（Doxorubicin）对应用于亚型一患者，可能能够达到临床获益。

这个表格可以下载下来，然后应用到文章里去。