读取单细胞测序数据时出现错误 Error in readMM(file = matrix.loc) : file is not a MatrixMarket file

下面我们来介绍一个单细胞数据读取的时候出现的错误：

Error in readMM(file = matrix.loc) : file is not a MatrixMarket file

In addition: Warning message:
In scan(file, nmax = 1, what = what, quiet = TRUE, ...) :
  embedded nul(s) found in input

我们首先打开GEO database：

 比如下载某个肝癌的单细胞测序数据：

我们就随便选一个像样儿的吧，点进去看一看：

 这个数据集的数据格式是10X的MTX格式。

我们一下将红框中的数据下载下来，然后放在一个GSE125449命名的文件夹中：

 然后对这三个数据进行重新命名，把genes改成features：

 下面运行代码读取文件：

setwd("D:\\单细胞测序2\\肝癌\\GSE125449")
dir()

library(devtools)

library(limma)
library(Seurat)
library(dplyr)
library(magrittr)
dir = "D:\\单细胞测序2\\肝癌\\GSE125449"
sessionInfo()
counts <- Read10X(data.dir = dir)

 意料之中，读取文件时报错了：

> counts <- Read10X(data.dir = dir)
Error in readMM(file = matrix.loc) : file is not a MatrixMarket file
In addition: Warning message:
In scan(file, nmax = 1, what = what, quiet = TRUE, ...) :
  embedded nul(s) found in input

如何解决呢？

其实是因为我们的工作路径里面有中文名。如果我们把这个文件直接放在D盘下面，再重新读取：

setwd("D:\\GSE125449")
dir()

library(devtools)

library(limma)
library(Seurat)
library(dplyr)
library(magrittr)
dir = "D:\\GSE125449"
sessionInfo()
counts <- Read10X(data.dir = dir)

结果没有报错：

dim(counts)
counts[1:5,1:5]


> counts[1:5,1:5]
5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
              AAACCTGAGCTATGCT-2 AAACCTGTCATCGCTC-2 AAACCTGTCTTAACCT-2 AAACGGGCAGCTATTG-2 AAACGGGCATTCACTT-2
RP11-34P13.7                   .                  .                  .                  .                  .
FO538757.2                     .                  .                  .                  .                  .
AP006222.2                     .                  .                  .                  .                  .
RP4-669L17.10                  .                  .                  .                  .                  .
RP5-857K21.4                   .                  .                  .                  .                  .

读取成功。