写在前面
Biomamba生信基地扎根南京，专注生物信息学分析教学与科研。现平台能够提供并不仅局限于生信培训、科研讲座、个性化生信分析服务、服务器租售等方面的内容。欢迎各界人士的交流与合作，一同开启生物信息学之旅。
总有同学在添加我们时询问我们有哪些教程，这很难回答，毕竟我们光原创内容就有七百多篇。这里我们就顺势做一个现有内容的全内容索引，以后不定期更新，方便大家获快速获得自己需要的教程。当然，最好的方式还是按照自己的需求直接用关键词在公众号中检索
首先，我们更新过最多的内容还是单细胞教程
单细胞教程全收录
单细胞数据分析系列教程：
B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：
https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/
本公众号单细胞相关资料都可以在这里订阅：
scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版
scRNA-Seq学习手册Seurat V5更新版
scRNA-Seq学习手册Python版
scATAC分析学习手册
单细胞测序基础数据分析保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：
手把手教你做单细胞测序数据分析|1.绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析|2.各类数据结构与读取方法
手把手教你做单细胞测序数据分析|3.单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析|4.多样本整合
手把手教你做单细胞测序数据分析|5.细胞类型注释，从入门到入土
手把手教你做单细胞测序数据分析|6组间差异分析
手把手教你做单细胞测序数据分析|7基因集富集分析
Seurat中分类变量处理技巧
沉浸式统计细胞比例
Seurat中分类变量处理技巧
沉浸式统计细胞比例
单细胞图片改造计划：
改造单细胞降维图| 1.DimPlot的探索
改造单细胞降维图| 2.ggplot2中的DIY
改造单细胞降维图| 3.3D降维图与动图绘制
改造单细胞降维图| 4.一些造好的轮子
沉浸式统计细胞比例
改造单细胞FeaturePlot
VlnPlot用法及ggplot复现
VlnPlot的ggplot改造
SCENIC转录因子分析：
SCENIC单细胞转录因子预测|1.绪论
SCENIC单细胞转录因子预测|2.学习手册
SCENIC单细胞转录因子预测|3.软件安装与数据准备
SCENIC单细胞转录因子预测|4.精简版流程
SCENIC单细胞转录因子预测|5.step1+step2构建共表达网络与regulon
SCENIC单细胞转录因子预测|6.Step3 利用AUCell对Regulon评分
SCENIC单细胞转录因子预测|7.Step4 二元矩阵的计算与可视化
SCENIC单细胞转录因子预测|8.Step5 regulon聚类、分群、降维
SCENIC单细胞转录因子预测|9.下游探索
SCENIC转录因子调控网络图
上游fastq文件处理：
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：dropseqRunner
Cellranger报错：Unable to distinguish between [SC5P-R2, SC3Pv2] ...
BD Rhapsody平台单细胞转录组定量流程
BD Rhapsody定量输出文件读取
细胞通讯
B站连续播放起来比较方便：
https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1
往期推送
《细胞通讯》1.概论
《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程
《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析
《细胞通讯》CellChat学习手册
CellChat空转细胞通讯合辑
SeekSpace细胞通讯分析
拟时序分析
B站连续播放起来比较方便：
https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1
往期推送
《拟时序分析》1.概论
《拟时序分析》2.monocle概论
《拟时序分析》3.monocle2实操：精简版拟时序
《拟时序分析》4.monocle2实操：完整版
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》5.初识monocle3
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》6.monocle3的降维、分群、聚类
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》7.monocle3的拟时序分析
解决monocle2的orderCells报错的两种方法
一文搞定拟时序分析的下游可视化探索
单细胞拷贝数变异
单细胞拷贝数变异学习手册
scATAC
scATAC分析学习手册
一文了解单细胞染色质及常见分析
一文了解染色质可及性和表观基因组调控
snATAC联合scRNA揭示小鼠肾脏细胞分化程序和疾病靶点
百万级单细胞多组学数据集成
scFAST系列
scFAST分析| 01.绪论
scFAST分析| 02.单细胞分析准备工作
scFAST分析| 03.fast模块
scFAST分析| 04.Seurat分析及可视化
scFAST分析| 05.mut模块
一文学会scFAST-seq数据分析
其他单细胞相关技术贴也在这里：
应审稿人要求| pseudo bulk差异分析
你的电脑算单细胞有多快？
genesorteR——比FindAllMarkers快一百倍！
单细胞必修课——Seurat流程
scRNA-Seq双细胞过滤手册
scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版
快速上手Seurat V5
单细胞Figure 1常见图表(视频教程)
SCTransform与ScaleData
细胞的数量由誰决定？
单细胞中应该如何做GSVA？
答读者问（三）：单细胞测序前景
答读者问（四）：如何分析细胞亚群
答读者问（八）：为什么Read10X也会报错?
答读者问（十）整合后的表达矩阵，如何拆分出分组信息？
答读者问（十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？
给你安排一个懂生信的工具人（十）：不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析：Loupe Browser
什么？不做单细胞也能分析细胞类群和免疫浸润？
答读者问 （十三）查看Seurat对象时的ERROR：type='text'
各类单细胞对象（数据格式）转换大全（一）
单细胞对象(数据格式)转换大全|2. h5ad转Seuratobj
批量整理好GEO中下载的单细胞数据
答读者问 （十五）稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策
答读者问 （十六）做单细胞测序到底需要多少内存
答读者问 （十七）调用的线程越多就算的越快嘛?
答读者问（十八）、一个我至少被问过30遍的monocle报错
没有barcode文件的单细胞数据要怎么读取
单细胞基因集评分之AUCell
粉丝来稿|1. Seurat4相较于Seurat3的几点改动
如何加快Seurat的计算速度
一文搞定单细胞基因集评分
答读者问（二十）四个单细胞样本只给了一套文件怎么读
人类单细胞测序数据中有哪些以"**-"开头的基因
为什么总把分辨率调的很高
Seurat中如何让细胞听你指挥
答读者问| 22.object 'CsparseMatrix_validate' not found
单细胞数据在R中的读取及存储速度太慢怎么办？这个神包来帮你！
单细胞分群分辨率选择困难症
一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析
一文掌握十个单细胞数据库
如何将已经构建好的Seurat空转对象转存为原始文件？
一文学会零代码单细胞分析
SeekSpace| 会单细胞就会空间转录组
10xGenomics官方可视化工具——Loupe Browser
快速上手Cellranger
单细胞/空转生信工程师自测卷(入门级)
30w单细胞数据会吃掉多少内存？
单细胞文献阅读：
《Advanced Science》新型Arf1抑制剂促进癌症干细胞衰老并增强抗肿瘤免疫
IF14.3| scRNA-seq+脂质组多组学分析揭示宫内生长受限导致肝损伤的性别差异
Q1临床设计+生信分析，单细胞揭示骨髓增生异常综合征中的造血功能异常&微环境中的细胞状态
13分+文章利用scRNA-Seq揭示地铁细颗粒物引起肺部炎症的分子机制
除了铁死亡，还有铜死亡？！
scRNA-seq揭示脓毒症预后水平预测的关键靶点！
《Narure Biotechnology》教你怎么"捏造"单细胞数据
拟时序分析神包—monocle的三篇《Nature》
测序技术的发展与应用
Biomamba助推的第二篇文章!发表了！
又来了！Biomamba生信基地助推的第四篇文章!
单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化
Cell metabolism| 单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异
Science| 小鼠全肾单细胞测序开篇之作
一篇不花钱就能白嫖的文章
不会吧不会吧，Nature都能白嫖？
高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱
IgAN & STRT-Seq
老树开新花—EGFR、肿瘤、免疫+scRNA-Seq
癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生
紧跟生信"钱"沿,胰腺癌&免疫多模态图谱
原发头颈癌和肿瘤转移微生态
《Cell Metabolism》：肾脏疾病&代谢&核受体ESRRA
《Nature communication》：PD-1&急性髓细胞性白血病&T Cell
单细胞测序揭示鼻咽癌微环境的基质动力学和肿瘤特异性特征
《Nature》：MYB调控衰竭性T细胞对检查点抑制的响应
单细胞都能活检测序了？
文献阅读(二十九)、单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇
文献阅读(三十)、单细胞测序做到什么程度能毕业|博士篇
2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|小鼠篇
2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|人类篇
2023年了, 都哪些物种有scRNA-Seq数据
终于读到一篇用monocle3做拟时序的文章
单细胞转录组+亚细胞空间代谢组=25分文章
酸了，六个样本的scRNA-Seq+差异分析=9分文章
自测scRNA-Seq+scWGBS=3分三区文章？
百万级单细胞多组学数据集成
空间转录组与单细胞转录组整合分析工具大比拼
<IF=27.4> IgG4相关性疾病中颌下腺和血液中的细胞和分子改变
微生物组研究技术——微生物也能做单细胞
scRNA-Seq+WGCNA+铁死亡：IF=9.69
《Nature》: 单细胞解析大脑感知流感过程
两万字长文|当前单细胞 RNA-seq 分析的最佳实践
数百万级单细胞数据时代的多组学分析
《Nature Methods》: NiCheNet, 能够考虑到胞内转录调控的细胞通讯软件
基于scRNA-Seq&空间转录组的AKI研究
自测蛋白质组+Bulk RNA-Seq & 挖掘scRNA-Seq=13.6分JASN
非监督式聚类在scRNA-Seq应用中的挑战
Seurat V5的《Nature Biotechnology》
当空转遇上单细胞~
人类肾脏参考组织图谱
有免疫特征的基质细胞，有没有可能是双细胞？
CAR-T治疗急性髓细胞性白血病的scRNA-Seq图谱
临床样本+单细胞+空转=IF4.8？
鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析
GPTCelltype：玩GPT4玩出Nature
《Nature Methods》教你如何挑选空转平台
一文了解sc与sn的异同
单细胞注释复写
单细胞注释复写(一):Human Fetal Kidney
单细胞注释复写(二): human colorectal
急性心肌梗塞(AMI)外周血scRNA-Seq分析实战(链接重置)
GSE157783数据集复现及差异分析
《NC》代码复现| scRNA-seq揭示人纤维化皮肤病中的成纤维细胞异质性和间充质成纤维细胞增加
代码复写《Developmental Cell》|利用scRNA-seq对新生儿~成人肝脏发育和成熟的时间分析
《Nature Communications》| scRNA-seq揭示头颈癌早期转移过程中潜在的免疫逃避机制
《Cell》复现|中性粒细胞scRNA-seq图谱阐明抗肿瘤抗原呈递效力
复现24年前的《Nature》—GEO中的第一个数据
CellRank的教程重现
人类肾脏scRNA-seq图谱
小鼠纹状体单细胞基因变化图谱
T Cell单细胞参考图谱
MLP模型鉴定免疫细胞发育和瘤内T细胞耗竭的单细胞染色质图谱
干细胞样CD4+ T细胞与自身免疫性血管炎
小鼠与人类的空间表观单细胞图谱
人类肾脏scRNA-seq图谱
胰腺导管腺癌的内异质性和恶性进展scRNA-seq图谱
肝脏发育、成熟的单细胞图谱
微环境中肿瘤免疫屏障决定了免疫治疗的效果
scRNA揭示T1D骨髓与骨质减少的关系
肝癌单细胞分群marker
胶质瘤相关巨噬细胞scRNA图谱
人类乳腺癌scRNA-seq数据
肢端黑色素瘤细胞scRNA-seq图谱&免疫治疗
皮质神经注释复写
非小细胞肺癌免疫治疗后肿瘤微环境重塑scRNA图谱
小鼠脑动脉瘤模型的scRNA-Seq分析
儿童白血病的单细胞数据读取
疟疾中免疫细胞亚群的调控响应
单细胞空间转录组在脑科学领域的应用
snATAC联合scRNA揭示小鼠肾脏细胞分化程序和疾病靶点
硬件准备：
生信分析为什么要使用服务器？
足够支持你完成硕博生涯的生信环境
配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)
独享服务器，生信分析不求人
为实验室准备一份生物信息学不动产
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更多内容可咨询客服微信[Biomamba_yunying]
空间转录组
空转可谓是高、新、贵的技术，我们更过以下内容：
技术贴
空间转录组学习手册合辑
Seurat空间转录组学习手册
Scanpy空间转录组学习手册
Stereopy空间转录组学习手册
Squidpy空间转录组学习手册
一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析
如何将已经构建好的Seurat空转对象转存为原始文件？
10X Visium上游定量过程
CellChat空转细胞通讯合辑
文献解读
长脑子了!时空转录组揭示大脑再生机制
《Cell》| Stere-Seq力作
空间转录组与单细胞转录组整合分析工具大比拼
《Nature》空间转录组综述
基于scRNA-Seq&空间转录组的AKI研究
真·单个细胞级别的空间转录组
Squidpy: 一站式完成空间多组学数据分析
临床样本+单细胞+空转=IF4.8？
单细胞空间转录组在脑科学领域的应用
《Nature Methods》教你如何挑选空转平台
Tangram利用深度学习完成空间与单细胞数据的整合
空间转录组做到啥程度能博士毕业？
2024年了, 都哪些组织有空转数据(小鼠篇)
2024年了, 都哪些组织有空转数据(人类篇)
2025年了, 都哪些物种有空转数据？
我们的公众号有一部分订阅内容，下面列出来给大家，我们目前开放终身订阅~
订阅内容
我们也有一些生信订阅资料， 有需要的同学可以加客服微信优惠获取~有长期学习生物信息学的同学可以参考：开放终身订阅~
2025订阅合辑：
2025订阅须知
《Cell》复现|中性粒细胞scRNA-seq图谱阐明抗肿瘤抗原呈递效力
持续更新中~~~
2024龙年订阅合辑：
龙年订阅须知
单细胞Figure 1常见图表
快速上手Seurat V5
机器学习基础手册
scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版
Bulk RNASeq| 转录组实战
scRNA-Seq双细胞过滤手册
CellChat空转细胞通讯合辑
scRNA-Seq学习手册Seurat V5更新版
SCENIC转录因子调控网络图
scATAC分析学习手册
单细胞拷贝数变异学习手册
microRNA-靶标相互作用及疾病和药物关联分析
《NC》代码复现| scRNA-seq揭示人纤维化皮肤病中的成纤维细胞异质性和间充质成纤维细胞增加
《Nature Communications》| scRNA-seq揭示头颈癌早期转移过程中潜在的免疫逃避机制
代码复写《Developmental Cell》|利用scRNA-seq对新生儿~成人肝脏发育和成熟的时间分析
2023订阅合辑
2022资料合辑(重置链接)
scRNA-Seq学习手册2023_R语言版
一文搞定拟时序分析的下游可视化探索
Seurat中如何让细胞听你指挥
《拟时序分析》3.monocle2实操：完整版
一文搞定单细胞基因集评分
改造单细胞降维图| 2.ggplot2中的DIY
改造单细胞降维图| 3.3D降维图与动图绘制
一文搞定单细胞/空间转录组的WGCNA分析
SCENIC单细胞转录因子预测|2.学习手册
生信Python速查手册
单细胞复写|3.急性心肌梗塞(AMI)外周血scRNA-Seq分析实战
SCENIC单细胞转录因子预测|4.精简版流程
《细胞通讯》2.CellChat基础分析教程
《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析
《细胞通讯》CellChat学习手册
《拟时序分析》3.monocle2实操：完整版
ComplexHeatmap学习手册
沉浸式统计细胞比例
VlnPlot的ggplot改造
scRNA-Seq学习手册Python版
空间转录组学习手册合辑
Seurat空间转录组学习手册
Scanpy空间转录组学习手册
Stereopy空间转录组学习手册
Squidpy空间转录组学习手册
影像组学学习手册
R语言基础学习手册
一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析
基于深度学习的图像分类任务
2022订阅合辑
2022资料合辑
单细胞数据基础分析学习手册
一文搞定拟时序分析的下游可视化探索
Seurat中如何让细胞听你指挥
改造单细胞降维图| 2.ggplot2中的DIY
改造单细胞降维图| 3.3D降维图与动图绘制
2024年，生信基地正式建成，我们留下了这些回忆：
生信基地
经过紧锣密鼓的场地、人员、物资准备，生信基地终于张罗起来了：
想了很久的生信基地
2025年，生信基地终于建成啦！
Biomamba生信基地诚招运营
单细胞/空转生信工程师自测卷(入门级)
Biomamba生信基地诚聘生信工程师
我们也举办了几次活动。
第一课：
生信基地第一课| 1.5天学会单细胞分析
今日宜学习
1.5天，你学会单细胞分析了吗？
第二课：
斥资7.76w，就为教大家学会生信
生信基地第二课线下阶段收官~
第三课：
生信基地第三课| 手把手教你写国自然
2025国自然申报秘籍大放送！青椒医学大咖亲授
生信小白入门课：
Biomamba主讲| 生信小白入门课
周六开课，生物信息学概论
生信小白入门课(4h视频回放)
我们后面将会举办更多的活动，大家可以持续关注我们：
来学R语言，不菜的不要
不只是生信，我们也希望能够在湿实验方面给予大家充分的支持：
实验基地
创造点实验条件
实验基地的序章
第一次线下实验交流会完美收官！
实验基地第一次培训视频回顾
实验基地第二次培训依旧免费（细胞培养+RT-QPCR实操）
两天手搓药物干扰细胞实验+RT-qPCR鉴定
Biomamba拍了拍你喊你来学细胞实验~
实验基地2024年最后一课| 免疫荧光+细胞实验
实验技能培养计划开启！
不堆组学，做WB也能发Nature
生信绕不过的一道坎，那必然是Linux与服务器
Linux&服务器
如果大家需要一个既能玩游戏、又能工作的主机，不妨看看这个：配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)
如果单纯想做生信，需要服务器，也不妨看看这些：
共享(经济实惠)：有root权限的共享服务器
独享(省电省心)：生信分析不求人
实体(稳定高效)：配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)
访问链接：https://biomamba.xiyoucloud.net/
更多内容可咨询客服微信[Biomamba_yunying]
我们打磨出了Linux基础教程，基础教程目录可见：十小时学会Linux：
除了基础课程，我们还记录了一些生信Linux相关的服务器使用技巧，例如，在Linux中，你也可以把R语言玩的很溜：
Rstudio-server为什么总是登不进去
如何在Linux中安装指定版本的R
在Rstudio中使用同一个R包的不同版本
搞定两千款R包的安装
装着装着我R没了？
Rstudio-server的安装、配置、维护
Rstudio常见使用技巧
如何连接终端和Rstudio-server
Rstudio-server卡顿的解决方案
如何在没有root权限的情况下使用R语言
如何用R语言发邮件
码Python神器：jupyter notebook
jupyter如何切换内核
在VSCode中调用Jupyterlab和R
这些生信软件，值得你的关注：
生信软件管家——conda的安装、使用、卸载
一文掌握fastqc使用及结果解读
一文了解Trimmomatic及使用方法
fastq文件预处理神器——fastp
一文了解并掌握samtools
花两天时间才装好的KEGG注释软件
这些教程略硬核，但是也很有趣：
常用Linux命令
来不及解释了快上车！
每天工作已经很幸苦了，设置一个开机欢迎鼓励一下自己
Nginx：让你的服务器化身百度云
一文搞定Linux文件传输命令
大家的宝贝数据怎么存储才最安全
程序可以自己跑的，不用盯着
配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)
系统崩了怎么办
听说你觉得服务器慢？
WSL2安装与配置
白嫖五次技术支持
啥分(you)析(xi)做(wan)不了啊
Linux也有百度云喔~
进程介绍
拦截了10亿+网络病毒攻击的查杀技巧
SCI-HUB总是刷不出来？来试试bget
如何用手机敲代码
如何加速conda、docker资源下载速度
不推荐用自己的电脑做生信
我们还对Linux进行一系列的压力测试：
你的电脑算单细胞有多快？
30w单细胞数据会吃掉多少内存？
独享用户硬件升级对比报告
Linux与Windows实现文件交互的几种方式
编程语言教程
作为生信分析的半壁江山，我们也做过大量基于R语言的教程分享：
R语言基础教程可见——R语言基础学习手册
下面这些教程也可以用来丰富你的武器库：
相关性分析用腻了ggcorrplot, 来试试ggcor吧
珍爱生命，远离Excel
一个R语言统计例题
如何用R语言发邮件
用R语言画一面五星红旗!
一次糟糕的R包学习体验
单细胞数据在R中的读取及存储速度太慢怎么办？这个神包来帮你！
UpSetR高阶韦恩图| 1.基本用法
UpSetR高阶韦恩图| 2.标注与图注
UpSetR高阶韦恩图| 3.图形组合注释
UpSetR高阶韦恩图| 4.注释及图片调整
如何用R语言生成词云
答读者问(十九): R语言内存问题-Error: cannot allocate vector of size ** Gb
习惯了用R画图，这次反过来用R处理图片
简易版RCircos
手把手系列之 微生物组（一）：metacoder
安装R包的几种方式
爱心永不过时
WGCNA+cytoscape构建基因表达模块网络图
一文学会WGCNA
最满意的一次更新
一文学会pheatmap热图绘制
热图绘制2.0
企业级pheatmap教程
ComplexHeatmap学习手册
四个单细胞样本只给了一套文件怎么读
自此配色烦恼不相逢——ggsci
一文搞定相关性分析
相关性分析的最新选择：linkET
至少被问过30遍的monocle报错
不会吧不会吧，不会真有人转PDF文件会充钱叭
各类单细胞对象（数据格式）转换大全（一）
批量整理好GEO中下载的单细胞数据
想知道自己研究的基因在染色体上如何分布吗
来个线性回归分析
Pathview: 包如其名，通路可视化
一文搞定GSVA及下游分析的代码实现
给你安排一个懂生信的工具人（四）：ggplot2"作弊器"
what？！写好的脚本乱码了？
一个小BUG的解决方案
如何在R语言中调用Python
染色体可视化神包——RIdeogram
用R语言画一面五星红旗!、
知识都还给统计老师了怎么办？
谁说画解剖示意图一定要用AI了
patchwork:正经生信人谁用AI啊？
Python的生态在空转与机器学习中也很重要：
生信Python速查手册
还有一种古老的语言：
perl语言基础命令
文献速递
我们给大家做过一百多篇生物&医药文献分享，这里就不逐一插入了：文献速递点击跳转
说我所想
另外Biomamba经常管不住嘴锐评，这里也不一一插入了：
漫谈胡侃
求职、求学、招聘
谁苦读多年，不是想来份钱多事少离家近的工作，我们长期帮助大家发布求职/招聘的推送，详见合辑：
求职、求学、招聘
单细胞云平台
当今的单细胞环境不要太成熟，你几乎可以不写一句代码从原始数据获得发表级的单细胞图片：
我做单细胞的这几年
一文学会零代码单细胞分析
零代码单细胞| 细胞通讯分析
零代码单细胞| 转录因子调控
零代码单细胞| 拟时序分析
零代码单细胞| 差异分析与富集分析
零代码单细胞| 细胞注释
零代码单细胞| 单细胞个性化绘图
零代码单细胞| 数据质控
零代码单细胞| 云平台介绍
NC文章1:1复现｜食管鳞状细胞癌的免疫抑制图谱
《Natrue Nanotechnol》单细胞零代码复现
为了一篇单细胞文章，有必要把自己培养成生信工程师吗？
零代码分析单细胞测序数据| 入门介绍
零代码分析单细胞测序数据| 基础分析教程
零代码分析单细胞测序数据| 图片美化
零代码分析单细胞测序数据| 基因集分析
零代码分析单细胞测序数据| 进阶分析一网打尽
零代码分析单细胞测序数据| 交互式分析
编程小白打开单细胞的正确方式
世纪大和解
优秀文章复现案例展示
答读者问
我们解答并解决过很多读者的问题，欢迎大家继续向我们提问，我们永远会倾听大家的声音：
答读者问（一）单基因究竟能否进行GSEA
答读者问（二）为什么我的PCA分析报错了？
答读者问（三）单细胞测序前景
答读者问（四）：如何分析细胞亚群
答读者问（五）如何实现各物种基因的ID/symbol的转换
Seurat中如何让细胞听你指挥
答读者问（七）有人问我Biomamba何解
答读者问（八）为什么Read10X也会报错?
答读者问（九） 如何将数百个文件整合为一个矩阵
答读者问（十）整合后的表达矩阵，如何拆分出分组信息？
答读者问（十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？
答读者问（十三）查看Seurat对象时的ERROR：type='text'
答读者问（十四）Seurat中分类变量处理技巧
答读者问（十五）稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策
答读者问（十七）调用的线程越多就算的越快嘛?
答读者问（十八）、一个我至少被问过30遍的monocle报错
答读者问(十九): R语言内存问题-Error: cannot allocate vector of size ** Gb
答读者问（二十）四个单细胞样本只给了一套文件怎么读
答读者问| 21.申请生信博士需要满足什么条件
答读者问| 22.object 'CsparseMatrix_validate' not found
30w单细胞数据会吃掉多少内存？
如何找到一个物种所有的线粒体编码基因
如何在一张FeaturePlot上同时画多个基因
粉丝来稿|2. ERROR：type='text'的另一种解法
Rstudio-server为什么总是登不进去
Cellranger报错：Unable to distinguish between [SC5P-R2, SC3Pv2] ...
用Excel他不香么？
应审稿人要求| pseudo bulk差异分析
30w单细胞数据会吃掉多少内存？
基金申报
目前Biomamba生信基地最大的矛盾就是菜逼Biomamba孱弱的能力与日益增长的粉丝需求之间的矛盾。早期的很多分析都已然是青椒，面临着基金申报的压力。我们也联合寻因生物&青椒医学推出了基金申报方面的分享：
国自然中的单细胞测序
国自然十大热点| 单细胞&空转系列专题
国自然，说点心里话
多读论文，才能写好国自然标书
生信基地第三课| 手把手教你写国自然
2025国自然必中交流群
国自然中标宝典
揭示肿瘤巨噬细胞异质性的全新视角|单细胞与空间转录组
国自然瘤内菌研究新维度：单细胞技术助力解开生命奥秘
肿瘤免疫治疗新方向|单细胞-空间测序技术助力
单细胞空间转录组技术助力探索大脑的奥秘
铁死亡研究新维度：SeekSpace®单细胞空间转录组技术
血管新生的基因密码：空间转录组技术在肿瘤血管研究中的突破
国自然利器| 单细胞转录组&空间转录组学探秘
粉丝来稿
另外，我们也十分欢迎大家加入到我们的创作队列中，Biomamba生信基地也有大家贡献的智慧：
粉丝来稿|1. Seurat4相较于Seurat3的几点改动
粉丝来稿|2. ERROR：type='text'的另一种解法
WGCNA+cytoscape构建基因表达模块网络图
百万级单细胞多组学数据集成
在TCGA数据库里挖呀挖呀挖
单细胞数据在R中的读取及存储速度太慢怎么办？这个神包来帮你！
单细胞分群分辨率选择困难症
骨肉瘤治疗的新视野
《Nature》: 单细胞解析大脑感知流感过程
单细胞复写|4. GSE157783数据集复现及差异分析
《NC》：翻译调控子MHZ9调节水稻中的乙烯信号通路
WGCNA代码及结果解读
CAR-T治疗急性髓细胞性白血病的scRNA-Seq图谱
如何将已经构建好的Seurat空转对象转存为原始文件？
《Nature》经典综述：空间转录组学探索组织结构
一文了解染色质可及性和表观基因组调控
鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析
如何在没有root权限的情况下使用R语言
在VSCode中调用Jupyterlab和R
在线工具
零代码的受众永远比代码的受众多，Biomamba人称生信界手工耿，用shiny写过一些小工具：
在线相关性分析App
在线富集分析App
在线火山图绘制App
在线高阶韦恩图UpSetR App
在线PCA分析App
在线KEGG通路、基因查询
还想要什么工具尽管告诉我，Biomamba给你做！
千里姻缘一线牵
别光顾着学习，没事来找找对象！
开一个相亲板块~
相亲板块| LZU男博士
送周边
我们还办过许多周边赠送活动(甚至还送过两套《黑神话:悟空》)，最近的一次在：开年献礼~
感兴趣的同学火速参与
交流群
我们维护了多个群聊，方便大家交流各个方向的问题，大家都可以联系我们的任意一个微信号，发送下面的关键词加群：
生信、科研交流群
单细胞云平台交流群
影像组学交流群
2025国自然必中交流群
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