Linux中安装miniconda
miniconda即conda的简略版,常用于Linux中的生信分析
- Linux中conda的安装
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 安装过程一路yes,但中间有个给文件夹命名的步骤记得命名文件夹
- 换成清华镜像源,速度更快
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
-
找到你刚才安装的conda,如果没有更改过安装位置的话应该是在
/home
下面,cd
到miniconda3的bin目录下面,能看到有一个activate
-
添加权限
chmod 777 activate
-
启动conda
. ./activate
,出现(base)即成功
用conda安装fastp
-
选对能用的源后(推荐清华镜像源)直接输入
conda install fastp
-
安装后尝试读取复制到目录下的双端测序数据(paired-end,PE)文件R1.fq.gz和R2.fq.gz:
fastp -i in.R1.fq.gz -o out.R1.fq -I in.R2.fq.gz -O out.R2.fq
,这里注意输入文件得在目录下,并给出输出名 -
中间遇到报错“Permission denied”,经
-ls
查看需要被读写的文件发现是权限问题,使用chmod 777
+文件名
解决问题
权限 | 权限数值 | 二进制 | 具体作用 |
---|---|---|---|
r | 4 | 00000100 | read,读取。当前用户可以读取文件内容,当前用户可以浏览目录。 |
w | 2 | 00000010 | write,写入。当前用户可以新增或修改文件内容,当前用户可以删除、移动目录或目录内文件。 |
x | 1 | 00000001 | execute,执行。当前用户可以执行文件,当前用户可以进入目录。 |