蛋白质组学之MaxQuant

参考：
https://www.bilibili.com/video/BV1dL411a7yE/?spm_id_from=pageDriver&vd_source=237f951a80a357742e73bd16a5467398
数据：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive?keyword=PXD043249(PRIDE数据库)
搜的库：https://www.uniprot.org/taxonomy/4932
MaxQuant&Perseus官网：https://www.maxquant.org/

MaxQuant可以支持目前主流的蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式：.raw (Thermo公司)、.d (Bruker公司)、.WIFF和.wiff.scan (SCIEX公司)等
MaxQuant对蛋白质序列数据库fasta文件中的蛋白质序列进行模拟酶切和碎裂，将蛋白质序列信息转换为理论谱图数据。通过将理论谱图数据与实际采集到的原始谱图数据进行比对打分，实现搜库的过程。
PRIDE数据库获得的数据中，combined文件为使用MaxQuant搜库后的蛋白质组数据，其中\combined\txt文件夹中的proteinGroups.txt文件为后续分析的目标文件。

经过MaxQuant处理后的数据，可使用Perseus软件继续分析