2024.05.27【微生物多样性】|使用QIIME 2进行16S/18S/ITS序列分析【AI测试版】

微生物多样性分析入门：使用QIIME 2进行16S/18S/ITS序列分析

引言

在微生物生态学研究中，了解样本中微生物群落的多样性是至关重要的。QIIME 2是一个开源的生物信息学软件包，用于微生物组数据的分析和解释。本教程将引导生物信息初学者通过QIIME 2进行16S/18S/ITS序列的微生物多样性分析。

前提条件

在开始之前，请确保已安装QIIME 2以及必要的依赖项。此外，您需要准备好以下文件：

• 所有样本的序列数据（all_sample.txt 或 all.fna）
• 样本元数据文件（sample-metadata.txt）
• 物种分类数据（如Unite-ITS-97-classifier_25_07_2023.qza和silva-138-99-515-806-nb-classifier.qza）

分析流程概览

1. 文件准备：确保所有输入文件已就绪。
2. 数据合并：合并样本数据以进行质控。
3. 质控处理：使用cutadapt进行序列修剪。
4. OTU表生成：通过去噪生成操作分类单元（OTU）表。
5. 系统发育树构建：为OTU表中的代表性序列构建系统发育树。
6. 物种注释：使用分类器对OTU表中的序列进行物种注释。
7. 多样性分析：进行Alpha和Beta多样性分析。
8. 差异分析：使用ANCOM、PicRust和LEfSE进行组间差异分析。

详细步骤

文件准备

首先，设置必要的环境变量，如正反向引物序列、线程数和分组列。

forward_adapt="GCATCGATGAAGAACGCAGC"
reverse_adapt="TCCTCCGCTTATTGATATGC"
threads=16
group_column=("group")

数据合并与质控

使用QIIME 2的import工具合并样本数据，并进行质控。

qiime tools import --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' --input-path all_sample.txt --output-path paired-demux.qza --input-format PairedEndFastqManifestPhred33V2

OTU表生成

去噪并生成OTU表。

qiime dada2 denoise-paired --p-n-threads ${threads} --i-demultiplexed-seqs paired-end-demux.qza --p-trunc-len-f 0 --p-trunc-len-r 0 --o-table table.qza --o-representative-sequences rep-seqs.qza --o-denoising-stats denoising-stats.qza

系统发育树构建

对代表性序列进行系统发育树分析。

qiime phylogeny align-to-tree-mafft-fasttree --i-sequences rep-seqs.qza --o-alignment aligned-rep-seqs.qza --o-masked-alignment masked-aligned-rep-seqs.qza --o-tree unrooted-tree.qza --o-rooted-tree rooted-tree.qza

物种注释

使用预训练的分类器对OTU表进行物种注释。

qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier ${taxonomy_dataset} --i-reads rep-seqs.qza --o-classification taxonomy.qza

多样性分析

进行Alpha和Beta多样性分析。

qiime diversity core-metrics-phylogenetic --i-phylogeny rooted-tree.qza --i-table table.qza --p-sampling-depth 1103 --m-metadata-file sample-metadata.txt --output-dir core-metrics-results

差异分析

使用ANCOM、PicRust和LEfSE进行组间差异分析。

# ANCOM示例
qiime composition ancom --i-table table-l6.qza --m-metadata-file sample-metadata.txt --m-metadata-column ${group_column} --output-dir ancom_results

结论

通过本教程，初学者可以了解如何使用QIIME 2进行微生物多样性分析。从文件准备到差异分析，QIIME 2提供了一套完整的工具链，以帮助研究人员探索和解释微生物组数据。

进一步阅读

• QIIME 2官方文档：https://qiime2.org
  -微生物组数据分析教程：https://docs.qiime2.org