KEGG功能预测

要基于KEGG库对比土壤细菌的功能，可以使用KEGG PATHWAY数据库中的代谢途径数据。以下是一个基于Python的示例代码，使用KEGG REST API获取代谢途径信息，并将其用于土壤细菌功能预测。

首先，需要安装必要的Python库，包括requests和pandas。可以使用以下命令来安装它们：首先，需要安装必要的Python库，包括requests和pandas。可以使用以下命令来安装它们：

pip install requests pandas

接下来，可以使用KEGG REST API获取代谢途径数据，并将其转换为Pandas数据帧：

import requests
import pandas as pd

# 获取代谢途径数据
pathways = []
url = 'http://rest.kegg.jp/list/pathway'
r = requests.get(url)
for line in r.text.strip().split('\n'):
    entry = line.split('\t')
    pathways.append([entry[0].split(':')[1], entry[1]])

# 转换为Pandas数据帧
pathways_df = pd.DataFrame(pathways, columns=['pathway_id', 'pathway_name'])

然后，可以使用KEGG REST API获取每个代谢途径的基因组组成：

# 获取每个代谢途径的基因组组成
genes = []
for p