基因功能分析,是指利用生物信息学和不同表达系统对基因的功能进行的预测、鉴定和验证。
KEGG是一个整合了基因组信息、化学信息和系统功能信息的数据库。
功能信息存储在PATHWAY数据库里,包括图解的细胞生化过程,如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期,以及同系保守的子通路信息;
一,如果从功能出发,可以由功能到通路再到基因,迅速锁定某一功能的关键基因;
二,从基因出发,可以获得某个基因在信号通路中的角色(上下游关系)和生物学功能,深入理解基因与功能的关系。
基因 ------> 信号通路 -------> 表型 (论证一系列基因和表型的关系)
KEGG PATHWAY
一级目录
信号通路分成 Metabolism 、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing 、Cellular Processes 、Organismal Systems 、Human Diseases、Drug Development
每一级目录又有多个二级目录,每二级目录下有多个相关的信号通路。
需要理解的知识点:
1、KEGG 通路的搜索、解读;中文教程
2、KEGG数据库的下载 (重点KEGG API)
( ①、KAAS注释;②、kobas在线分析;③、Bioconductor对基因组注释 biocLite("AnnotationHub"))
参考:KEGG数据库简介