功能分析之KEGG

基因功能分析，是指利用生物信息学和不同表达系统对基因的功能进行的预测、鉴定和验证。

KEGG是一个整合了基因组信息、化学信息和系统功能信息的数据库。

功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程，如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，以及同系保守的子通路信息；

一，如果从功能出发，可以由功能到通路再到基因，迅速锁定某一功能的关键基因；

二，从基因出发，可以获得某个基因在信号通路中的角色（上下游关系）和生物学功能，深入理解基因与功能的关系。

基因 ------>  信号通路  -------> 表型 （论证一系列基因和表型的关系）

 KEGG PATHWAY

一级目录

    信号通路分成 Metabolism 、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing 、Cellular Processes 、Organismal Systems 、Human Diseases、Drug Development

每一级目录又有多个二级目录，每二级目录下有多个相关的信号通路。

需要理解的知识点：

1、KEGG 通路的搜索、解读；中文教程

2、KEGG数据库的下载  （重点KEGG API）

3、注释KEGG通路  

( ①、KAAS注释；②、kobas在线分析；③、Bioconductor对基因组注释 biocLite("AnnotationHub"))

参考：KEGG数据库简介

搜索KEGG通路如何解读KEGG通路注释KEGG通路

KEGG数据库中文教程

https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6845818.html

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mid=2247484568&idx=1&sn=da229eb373d0beefcb868fee8968c57b&scene=21#wechat_redirect