PICRUST2结果文件注释：KEGG通路层级汇总

PICRUST2预测得到的结果文件里只有KO层级，而这一层级有几千条，很难进行统计分析。如果能将KO层级所属的上两级进行统计，能够更好地进行分析和描述。
PICRUST2目前出了官方的注释命令，建议大家使用官方命令进行注释。

参考刘永鑫老师的文章及代码，成功进行了KEGG第一第二层级的注释及汇总。
刘永鑫老师文章——PICRUST2

1、脚本文件包下载
git下载，可使用wget或主页中直接下载压缩包
没有安装git的可以进入链接后，手动下载上传。

git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome
unzip EasyMicrobiome.zip

2、添加linux命令可执行权限

chmod +x EasyMicrobiome/linux/*

3、添加软件至环境变量，否则需要指定软件的完整路径使用

echo "PATH=$PATH:`pwd`/EasyMicrobiome/linux:`pwd`/EasyMicrobiome/script" >> ~/.bashrc

4、KO层级注释
原代码python3 ${db} script/summarizeAbundance.py 中${db}/script/summarizeAbundance.py不知为何无法识别，将第一个斜杠去掉以后就可以了。

zcat KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv.gz > KEGG.KO.txt
    python3 ${db} script/summarizeAbundance.py \
      -i KEGG.KO.txt \
        -m ${db} kegg/KO1-4.txt \
        -c 2,3,4 -s ',+,+,' -n raw \
        -o KEGG

5、统计各层级特征数量

wc -l KEGG*

 6707 KEGG.KO.txt
    9 KEGG.PathwayL1.raw.txt
   55 KEGG.PathwayL2.raw.txt
  474 KEGG.Pathway.raw.txt