提取的特征类型
1. heterogeneity scores
- spatial statistics scores:量化每个表型的聚集或分散程度的分数
- graph-theoretic scores: 测量肿瘤图拓扑结构的分数
- information-theoretic scores :量化肿瘤多样性的分数,根据存在的间期表型及其相对比例
- cell interaction scores:评估肿瘤生态系统中二重表型之间成对联系的分数
2.边的类型数+每种细胞密度(14 维)
对应名称
- other: 其他
- neopla: 肿瘤细胞
- inflam : 淋巴细胞
- connec: 间质
连接方式
other<->other
,other<->neopla
,other<->inflam
,other<->connec
,
neopla<->neopla
,neopla<->inflam
,neopla<->connec
,inflam<->inflam
connec<->connec
,
3. 异质性指标统计情况
Score | Flavor | 含义 | 统计情况 |
---|---|---|---|
Richness | global | 统计每个固定区域内细胞的分类数,在这里没有统计,几乎每个patch的分类数都是4 | X |
shannon index | golbal | 所有种类细胞的信息熵之和, H = − ∑ i = 1 n p ( x i ) log p ( x i ) H=-\displaystyle\sum_{i=1}^{n}p(x_i)\log p(x_i) H=−i=1∑np(xi)logp(xi), p ( x i ) p(x_i) p(xi)表示细胞类型 x i x_i xi的概率,图解释可参考Figure 6 |
已统计 |
shannon index | local | 可统计,但得到的是单个细胞的值,现目前用不到,或者可以统计每种细胞的平均分数 | 未统计 |
Simpson index | global | D = ∑ i = 1 n p ( x i ) 2 D=\displaystyle\sum_{i=1}^{n}p(x_i)^2 D=i=1∑np(xi)2, 和shannon index相似 | 已统计 |
quadratic entropy | local | 局部值 | 已统计 |
infiltration score | global | defined as : n u m b e r o f c e l l t y p e n e o p l |