二代测序质控分析：如何准备 RseQC 软件的 bed 输入文件（gtf 转 bed）

最新推荐文章于 2024-11-10 20:28:00 发布
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如何准备 RseQC 软件的 bed 输入文件（gtf 转 bed）


答：可以使用UCSC的工具包 gtfToGenePred 和 genePredToBed。

具体转换示例：
# 安装两个工具包（只用第一次时运行）
conda install bioconda::ucsc-genepredtobed
conda install bioconda::ucsc-gtftogenepred

# 进行转换
gtfToGenePred housekeeping.gtf housekeeping.genepred
genePredToBed housekeeping.genepred housekeeping.bed

参考链接：

  • https://www.biostars.org/p/299573/
  • https://gist.github.com/tomsing1/6230f2f5fb3c4bf0477276c35f97fd2d
  • https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/7094/making-a-bed-file-for-rseqc
生信碱移
关注
利用linux中awk从gtf文件中提取外显子的bed文件
学生信的大叔的博客
06-03 539
0 为第1个碱基，100表示第101个碱基，但是不包含第101个碱基，因此这个写法表示位置1到100。其中，feature起始与结束为左闭右开区间，即表示第1到第100个碱基可以理解为数学上的区间。由于bed文件起始位置要从0开始，与gtf文件不同，所以在打印时起始位点要减去1，即。即为将基因ID，转录本ID和exon number拼接在了一起，以保留更多内容。这里将基因ID ，转录本ID和exon编号做一些处理，在后续。利用awk从gtf文件中提取exon的bed文件。这里时可以直接进行减法运算的。
bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算
weixin_34281477的博客
03-25 4311
我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章，可以在微信里搜着看下，非常有用。 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现，因为gtf每一行比较规律，不像fasta和fastq。 cat gffcmp.combined.gtf | grep -v exon | cut -f1,4,5,9 | cut -...
gfftobed:转换GFF3GTF到BED
04-23
gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF（基于1）格式的输入基因组注释，并将特定特征转换为6列BED格式（基于0），同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时，此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处理文本文件（例如GFF和GTF）并不总是很困难，但是在某些情况下，好的awk或grep不能解决问题。 考虑一种情况，您在一个床文件中包含GTF的所有“基因”功能，同时保留了“基因名称”。 当然， grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"{print $1"\t"$4-1"\t"$5"\t"$9"\t"$8"\t"$7}' grep "gene" gencode.vM25.annotation.gtf | awk 'FS="\t"
使用awk将gencode gtf注释文件转换为bed格式
qq_42756195的博客
09-07 3169
gencode注释文件下载 1.gencode注释文件下载地址：https://www.gencodegenes.org/human/release_35lift37.html 安装gawk 安装gawk主要是为了调用gensub功能，有关gensub功能解释见： http://blog.sina.com.cn/s/blog_6e5e78bf0100waml.html sudo apt-get install gawk 格式转换 #首先看一下gtf文件，我们所需要的是基因的位置注释性息，也就是第三列为ge
通过RSeQC判断RNA-seq测序数据文库类型和链特异性，指导Stringtie参数使用
qq_61543229的博客
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stringtie参数使用
bash: gtfToGenePred: command not found...
acetyl_coa1741的博客
06-30 850
bash: gtfToGenePred: command not found...
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03-28
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04-28 2199
我觉得这个作者这样的分类特别清晰，值得学new_workflow/│ └── annotation/ ││ └── genome/ ││ └── input/ ││ └── output/ │ ├── 1_initial_qc/ ...
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