用服务器进行FastQC的操作步骤

1. 在SecureCRT 8.3上登录服务器

2. 找到原始数据所在目录，ls命令查看内容

3. 输入命令：fastqc filename （即 fastqc seqfile1 seqfile2 .. seqfileN），开始分析，也可以加上一些参数

 fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] 
           [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN

-o：输出文件所在目录，不能自动新建目录。

--(no)extract : (不)解压缩。

-f : 输入文件格式，默认会自动检测。

-c: 指定一个contaminant文件，fastqc会把overrepresented sequences往这个contaminant文件里搜索。contaminant文件的格式是"Name\tSequences"，#开头的行是注释。加上 -q 会进入沉默模式，即不出现提示。

......

运行结束之后，用winSCP将文件夹传输到windows上面查看网页。html格式的结果报告，结果分为绿色的“PASS”，黄色的“WARN”和红色的“FALL”