注意:给转录组建索引时,salmon的版本要一致,如果用v0.12.0的salmon版本定量,则需要用salmon对应版本(v0.12.0)先建索引,才不会报错。
用salmon最新版本建索引时,出现如下报错解决方法:
[error] Processing reads : Error reading from the FASTA/Q stream. Minimum return code for left and right read was (-2). Make sure the file is valid.
1)用salmon(v0.12.0)版本,安装:conda install -c bioconda salmon=0.12.0
2)用新安装的salmon版本,给转录组建索引
3)salmon重新定量。
stall -c bioconda salmon=0.12.0
2)用新安装的salmon版本,给转录组建索引
3)salmon重新定量。