gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并

gffread gffcompare 将gff与gtf格式的注释文件转换与合并

使用：

（1）gffread

安装：

conda install gffread -y

使用：

mkdir gtf

# 格式转换

gffread test.gff -T -o ./gtf/test.gtf

cat *.fa >hg19.fa

#根据hg19.fa提取CDS序列

gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -y tr_cds.fa

#翻译后蛋白序列

gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -x cds.fa

#获得外显子序列

gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -w exons.fa

（2）gffcompare

安装：

conda install -c bioconda gffcompare

使用：

#合并多个样本的gff文件

vim list.txt
在txt文档里写入每个样本的gff文件所在路径（要换行，如下图）

gffcompare -r 参考.gtf -R -G -o merge(输出前缀名) -i list.txt

gffcompare -r 参考.gtf -R -G -o merge(输出前缀名) -i list.txt