FreeSurfer皮层分割软件初学者学习必看内容

已于 2022-04-07 14:35:00 修改
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分类专栏： Linux学习 脑科学核磁共振成像 文章标签： linux 编程语言
于 2021-04-18 19:59:25 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/xj4math/article/details/115838605
版权

1、linux书籍和笔记可见附件中，推荐学习linux的视频为：linux初学者必看 这个视频我认为对于初学者是很好的，学习周期大概2到3天即可。
2、freesurfer皮层分割的软件参考官网：FreeSurfer官方网站，这个官网详细介绍了从安装到使用的详细教材。
3、freesurfer中文的安装教材推荐看我的博客：安装教材
4、推荐看看freesurfer专栏，本教材从freesurfer安装到数据提取做了详细介绍，freesurfer专栏
4、freesurfer同时可以看看B站的视频：视频，这个对于初学者也是很好的
5、还可以看看中文的文档：中文文档

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freesurfer:神经影像分析和可视化套件
04-08
用于处理人脑MRI的开源软件套件 介绍 FreeSurfer是一个软件包，用于分析和可视化来自横截面和纵向研究的神经影像数据。 它是由开发的。 FreeSurfer提供了用于结构和功能MRI的完整处理流，并包括用于线性和非线性配准，皮质和皮质下分割，皮质表面重建，组形态统计分析，扩散MRI，PET分析等工具。 它也是首选的结构MRI分析软件。 有关使用和理解FreeSurfer工具的大量文档，请访问 。 开发者 请查看并访问我们的，以获取有关配置和构建源代码的分步说明。 支持 如果您遇到问题或对使用FreeSurfer有疑问，请按照以下步骤获得帮助： 搜索档案：在您之前，其他人很可能遇到了相同的问题。 获得答案的最快方法是我们邮件列表。 提出问题：邮件列表并开始讨论！ 如果您发现软件中存在错误，请在阅读我们的文档后随意打开问题或提交补丁。 执照 使用，复制，分发和贡献的条款和条件
Linux Freesurfer脑数据分割
sudakuang的博客
06-28 8354
1. 安装见官网 https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall 注意每次使用之前都要设置环境变量 ## bash $> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer $> source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh ...
freesurfer全过程梳理
最新发布
weixin_44492471的博客
03-13 2086
free surfer这一软件要解决的问题是，在3D体素空间，有些体素同时包含了两个或者两个以上的成分。例如同时包含灰质和白质，我们无法确定哪一个成分的贡献更大。为了解决这一问题，freesurfer采取的解决方案是将3D空间转化为2D表面积空间，划分灰质和白质的边界。freesurfer的核心命令是recon-all，今天我们来详细了解一下这一命令实现了哪些操作-----recon-all是一个重建表面积的过程，包含了freesurfer的全部预处理过程。
FreeSurfer_Cortex_AutoQC:针对MRI的皮层分割的特定区域自动质量保证
04-02
FreeSurfer Cortex AutoQC 针对MRI的皮层分割的特定区域自动质量保证 我们利用FreeSurfer（5.3版）处理的12000 T1体积的大型数据库来训练机器学习模型，以将每个皮层区域准确地标记为“通过”或“失败”。 我们使用此工具促进了解剖学上更准确的大规模多站点研究。 该工具提供了灵活性，可以预测每个感兴趣区域（ROI）左右叶的标签，或者根据每个ROI双边组合，从而形成单个标签。 对于Desikan-Killiany地图集的每个分隔区域，提取了所有可用的皮质测量值。 这组包括区域量度，包括体积（grayvol），表面积（surfavg），厚度（thickstd和thickavg），顶点数量（numvert）以及曲率量度，例如折叠指数（foldind），固有曲率指数（curvind），积分校正的高斯曲率（gauscurv），平均曲率指数（meancurv）以及
matlab齿轮代码-freesurfer-recon-all:执行FreeSurfer皮质重建过程的全部或任何部分
06-16
matlab 国家代码 scitran/freesurfer-recon-all 此构建上下文将创建一个构建到 的映像，该映像可以在 内或本地执行 Freesurfer 的 recon recon-all ( v6.0.1 )。 您必须阅读并同意许可协议和 。 获得许可证后，您可以在构建容器之前编辑manifest.json文件以包含许可证详细信息。 没有许可证，代码的执行将失败。 此图像是使用包含的 Matlab MCRv84 构建的。 MCR 需要运行可选的海马子域和脑干结构处理（请参阅 参考资料）。 生成的图像约为 12GB，构建时间约为 15 分钟。 配置选项 用于运行算法（并添加许可证）的配置在manifest.json中定义。 文件中描述了可用的选项及其默认值。 如果您想在本地运行此设备时使用特定选项，您可以修改每个选项的default键，这些键将在本地运行期间使用 - 在使用 Docker 执行时执行。 本地使用示例 此 Gear 设计为在 内运行，但您可以在本地运行此 Gear。 要从此映像运行recon-all ，您可以执行以下操作： # Note that the
QC:Qoala-T是用于FreeSurfer分段MRI数据质量控制的监督学习工具
05-18
Qoala-T 用于FreeSurfer分段MRI数据质量控制的监督学习工具 版本1.2>预测模型已于2019年1月14日更新; Github页面于2021年3月16日更新Qoala-T由和在开发和创建。 关于 Qoala-T是一种有监督的学习工具，可评估T1成像扫描的手动质量控制及其在FreeSurfer中处理的自动神经解剖标记的准确性。 它特别适用于开发数据集。 该软件包包含Klapwijk等人（2019）中所述的数据和R代码，请参阅 。 我们内部开发的手动质量控制程序的协议可以在找到。 我们还开发了一个使用R Shiny的应用程序，通过该应用程序可以在不安装R的情况下运行Qoala-T模型，请参阅（可以在找到本地运行的源代码）。 运行Qoala-T 为了能够运行Qoala-T模型，应在FreeSurfer中处理T1 MRI图像。 当前版本中使用的模型是针对FreeSurfer
基于rsfMRI的海马子区分割及功能分析
02-12
基于rsfMRI的海马子区分割及功能分析，窦顺阳，王雪丽，背景：海马是记忆功能的核心脑区，海马子脑区的深入研究对认知相关精神疾病防治有着重要意义，本文通过谱聚类依据海马脑区静息态
Freesurfer的简单使用和一些基础知识
lh16130130282的博客
05-15 8175
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使用freesurfer进行海马亚区分割学习笔记
weixin_52073820的博客
04-02 4099
前言 freesurfer是一个强大的结构像数据处理软件，除了可以分割皮层之外，还可以进行海马、杏仁核和岛叶等区域的进行亚区的分割，因此这几天学习了一下如何进行海马亚区分割，特记录下来以便今后查看 macOS系统：12.3 Monterey fresssurfer版本：7.2.0 freesurfer官网：freesufer-fswik//HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdalai 一、安装freesurfer 目前最新版本为7.2.0，我安装的就是这个版本 打开fre
freesurfer海马亚区的分割
weixin_51192938的博客
09-19 1086
freesurfer
fresurfer功能介绍
xxx
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使用freesurfer来划分脑区
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有关脑区划分的文章，使用该文章可以为我们提供很好的思路
FreeSurfer图像分析软件在视觉功能磁共振研究中的运用
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FreeSurfer在核磁图像的运用的一篇论文
freesurfer-海马/杏仁核亚区体积分割
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09-16 1202
海马/杏仁核亚区体积
freesurfer使用
qajhdj的博客
03-13 1282
一.做灰白质分割 我的目的是得到某被试的脑白质mask。 1.首先找了freesurfer教程，直接打开了freeview； 2.可视界面中没有直接的wmseg功能； 3.去使用freeview的手册查询wmseg（开始怀疑这种操作不叫该名词..），查了手册看不懂； 4.找视频教程先google英文看不懂，转b站没找到合适标题的。后师兄推荐了一节课是recon-all的。发现此操作得到的结果中有wm.mgz 5.对比已有白质模板数据，分割应该是对的， 6.需要将其由grayscale转为bin
使用freesurfer和3Dslicer进行脑区分割和电极定点（详细版）
zQIANYUN的博客
11-23 2780
1、安装好matlab和freesurfer2、在目标位置创建文件夹3、开放权限4、将需要计算的nii文件放入文件夹。
Freesurfer简介及学习推荐
热门推荐
u012570044的博客
03-15 2万+
Freesurfer是用于MRI图像处理和分析的一款开源软件，可以进行多种模态数据的预处理、皮层重建、volume与surface的互相 之间的配准等。Freesurfer许多功能都可以利用软件包中集成好的pipeline来实现，可以参考官网进行了解，也可以调用一些单独的命令来实现自己的需求，比如查看.mgz/.nii.gz等格式文件的信息时用到的mri_info等。具体介...
海马亚区mask制作
weixin_51192938的博客
10-02 861
海马亚区mask制作
医学图像处理：Ubuntu16.04安装freesurfer教程
uinglin的博客
03-13 2万+
freesurfer是一个处理大脑3D数据影像的软件，用起来非常方便。安装教程如下：我的ubuntu系统是16.04，其他版本亦可作为参考。1.下载所需软件包在官网上下载安装包，链接：点击打开链接。下载需要12个小时左右。获取licence，在官网点击打开链接上注册一下，填写自己的邮箱，提交之后会收到一个邮件。打开附件，复制附件信息，新建一个licence.txt,将内容粘贴到该txt文件中。收到...
freesurfer脑区分割
12-09
Freesurfer是一种用于自动化脑区分割和脑皮层重建的软件工具。它可以从结构磁共振成像（MRI）数据中提取出大脑的各个脑区，并生成脑皮层的三维模型。 Freesurfer的脑区分割基于大脑MR图像的解剖学特征以及先验信息...

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