如何从已知的模板中提取需要的二值化的mask（fslmaths）

已于 2023-02-09 20:43:58 修改
阅读量788 收藏 4
点赞数
分类专栏： 丘脑 文章标签： 计算机视觉 图像处理 人工智能
于 2023-02-09 20:28:04 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_51192938/article/details/128959824
版权
该文介绍了如何利用FSL工具fslmaths对基于HCP_atlas_subregion的231灰度模板进行二值化处理。首先，通过-fslmaths命令设置阈值将灰度值231改为1，然后进行二值化。如果已有独立mask，直接二值化即可。最后，为适应SPM，需用gunzip和gzip命令对nii.gz文件进行解压和压缩。
摘要由CSDN通过智能技术生成

如何从已知的模板中提取需要的二值化的mask，我们以HCP_atlas_subregion=231为例。图像的灰度为231,我们需要先把灰度值更改为1,即使图像进行二值化。
在这里插入图片描述

fslmaths 231.nii.gz -thr 231 -uthr 231 -bin roi231
#231.nii.gz是输入图像，-thr 231代表去除掉小于231的数值 -uthr 231代表去除掉大于231的数值，-bin代表将得到的图进行二值化。

如果已经单独提取了独立的mask，只需要二值化即可，如下代码

fslmaths 231.nii.gz -bin bin231.nii.gz #二值化

在这里插入图片描述
得到的nii.gz 的格式文件，如果需要用在SPM，还需要进行解压gunzip roi231.nii.gz
压缩文件使nii文件变成nii.gz的命令gzip roi231.nii

参考：
1.Li‘s 核磁共振影像数据处理-20-FSL数学工具fslmaths
2.Mrtrix3处理DTI数据代码更新

神经影像数据处理
关注
专栏目录
PyTorch深度学习实战（25）——从零开始实现Mask R-CNN实例分割
盼小辉丶的博客
11-01 3484
Mask R-CNN 是一种在目标检测任务中引入了语义分割的强大框架，通过在 Faster R-CNN 基础上进行扩展，添加了额外的分支网络，不仅可以准确地检测对象的位置和类别，还可以生成每个实例的精确像素级别的语义分割掩码。其模块化的设计可以轻松地应用于不同的任务和数据集，并且可以通过添加更多的分支进行功能扩展，如实例关键点检测等。
将mask的标注信息转化为二值图，mask iou计算
Guo_Python的博客
11-03 6537
做实例分割时，经常会遇到mask的相关问题，本文着重介绍由segmentation生成mask的二值图以及两个mask的iou计算。
FSL图像计算基础命令：fslmaths, fslstats, fslmeants
ashu216的博客
02-09 3099
FSL fslmaths, fslstats, fslmeants
二值化，模板匹配
the_future_way的博客
10-22 1205
1二值化 1.1全局二值化：一幅图像包括目标物体、背景还有噪声，要想从多值的数字图像中直接提取出目标物体，最常用的方法就是设定一个全局的阈值T，用T将图像的数据分成两部分：大于T的像素群和小于T的像素群。将大于T的像素群的像素值设定为白色（或者黑色），小于T的像素群的像素值设定为黑色（或者白色）。 全局二值化，在表现图像细节方面存在很大缺陷。为了弥补这个缺陷，出现了局部二值化方法。 局部二值化的方法就是按照一定的规则将整幅图像划分为N个窗口，对这N个窗口中的每一个窗口再按照一个统一的阈值T将该窗口内的像素划
MRI数据预处理--使用FSL-BET轻松去头骨，提取脑组织
u014264373的博客
05-06 1万+
许多脑成像分析工作流程中的第一个处理步骤是从颅骨内部提取脑组织。该过程叫 Brain extraction(大脑提取) or skullstripping（颅骨剥离） 机器扫描的图像不仅包含大脑，还包含我们在研究大脑结构和功能时并不真正需要的其他组织（骨骼、皮肤、脂肪、空气）和解剖结构（颈部、上脊髓、眼睛、嘴巴）。 因此，提取与大脑相关的组织，以便我们可以在未来的所有分析步骤中使用它。如用于后续的大脑疾病分类和分割等。 本文中，使用FSL-bet工具提取脑组织 要使用 FSL 执行大脑提取，您可以使用图形
fslmeants用于提取roi值
weixin_51192938的博客
03-05 365
【代码】fslmeants用于提取roi值。
fslmaths
最新发布
weixin_51192938的博客
02-04 917
【代码】fslmaths。
2021-08-27 分割之后mask在原图中提取出来（语义分割—实例分割）
热门推荐
橙子Blue不加冰
08-27 2万+
原图和mask如下： 生成如图： 如图： 生成图像： 上面这种出来是透明背景32位的，并不是白色！！！！ 另一种出来版本是黑色背景： 出图如下： 如果加上背景的话：（像素黑的就是0，随便附加颜色） 1.opencv抠图 （扣出背景是黑色，24位） 效果：原图：24位 mask：24位 opencv扣出效果：背景是黑色的，24位 2.pillow抠图 （扣出背景是黑色，24位） 原图24位——mask24位-——抠图24位 3.提取白色背景的抠图 效果展示：原图24位——mask24位——抠图2
二值图像模式识别——特征提取小试
MollyTonia
06-21 5488
%feature extractionArea=[];% 提取特征“面积”Euler=[];% 提取特征“欧拉数”Num=[];% 提取特征“连通域个数”Per=[];%提取特征“周长”for i=1:734    str=['C:\BIC\Image\z',num2str(i),'.jpg'];    I = imread(str);%读入图像;    %% 提取特征值1——面积    %b...
显示图片灰度值/不同类别mask提取轮廓坐标并显示
weixin_38907184的博客
03-05 4493
import numpy as np import cv2 import os from PIL import Image import matplotlib.pyplot as plt imbgr = cv2.imread('./pre/1464455/068.png') imgray = cv2.imread('./data/068.png',0) # 以灰度图读取mask图片，那么不同物体对应的像素值是不同的，提取统一像素值的所有位置 # img = Image.open('./data/2.
R软件代码转换为matlab-niimath:niimath-fslmaths的克隆
05-21
R软件代码转换为matlab niimath-fslmaths的克隆 基本原理 据说imitation is the sincerest form of flattery 。 该项目模拟了流行的工具。 fslmaths被公认为是general image calculator ，不仅是FSL大脑成像管线（例如）的基础工具之一，而且还被许多工具广泛采用。 这种受欢迎程度表明它满足了重要的市场需求。 虽然经常鼓励科学家去发现新颖的解决方案，但有时复制似乎被低估了。 以下是创建此工具的一些特定原因： 尽管fslmaths是免费提供的，但事实并非如此。 这限制了它包含在其他项目中。 使用开放源代码许可证可使niimath使用FSL团队无法使用的开放源代码库进行构建。 具体而言，CloudFlare zlib提供的性能比fslmaths使用的公共域库快得多。 最小的依赖关系允许轻松分发，编译和开发。 例如，可以针对MacOS，Linux和Windows对其进行编译（fsl不能针对Windows）。 从头开始设计，可以选择使用并行处理（OpenMP和CloudFlare-enhanced）。 大多
二值化神经网络系列一：二值化神经网络介绍
tangwei2014的专栏
02-14 1万+
1. 二值化神经网络简介 2. 神经网络的二值化方法 3. 训练二值化神经网络
Li‘s 核磁共振影像数据处理-20-FSL数学工具fslmaths
weixin_38594676的博客
10-02 3218
讲解视频内容请移步Bilibili： https://space.bilibili.com/542601735 入群讨论请加v hochzeitstorte 请注明“核磁共振学习” 公众号：美好事物中转站 FSLeyes/FSLView 交互式显示工具。 FSLeyes界面 fslmaths常用命令 Usage: fslmaths [-dt ] <first_input> [operations and inputs] [-odt ] Datatype information: -dt .
fslmaths/fslstats/fslmeants
weixin_51192938的博客
10-07 1036
tensor_decomp : 将4D(6-timepoint)张量图像转换成L1,2,3,FA,MD,MO,V1,2,3(管道中剩余的图像为FA)-kernel boxv3 : 以目标体素为中心，尺寸为X x Y x Z的立方体中的所有体素，注意：尺寸应该是奇数。-thrp : 使用以下ROBUST RANGE的百分比(0-100)对当前图像进行阈值设置(低于该数字的部分为零)-kernel boxv : 以目标体素为中心，宽度为的立方体中的所有体素，注意：尺寸应该是奇数。
MATLAB纸面字符分割，字符提取
m0_57610007的博客
05-28 899
老师让我们全班每人手写一张纸，纸上是1-9的数字，每个数字10个，以作为机器学习的训练数据。收上来的纸多种多样，且有很多干扰项（如：纸面上的阴影，纸写错的涂改，纸后面的桌面）。由于最近有学数字图像处理，因此我用相关方法并在matlab进行处理。为应对不同背景需手动画取ROI区域。使用高斯滤波来去除阴影（ROI区域尽量画大）最后使用连通域识别来分割字符。
Python cv2 (二) 图像的灰度化 二值化 直方图 mask|均衡
sdgpcc2000的博客
11-24 1万+
图像处理,灰度化,二值化.灰度化转换,反相,线性转换,比特平面,对数变换,伽马变换,直方图,图像处理柱状图,折线图,cv2直方图,直方图均衡化,自适应均衡化
实例分割学习记录-数据集转换
Dcanfly的博客
09-15 432
虽然看起来是全黑的，但是其实这种成为二值图片，其中所对应的标注的目标区域是有值的，只不过都很小，有几类就有几个。第一次写博客，记录一下过程，后面需要用到好回过来翻^^1.转换数据集mask图转换成json格式。2，json格式转yolo需要的txt格式。
【Medical Image】MRI结构像自定义脑部ROI-基于FSL
weixin_42338058的博客
03-02 1556
linux下用fsl自定义脑部结构像ROI
mask制作，提取ALFF等指标 汇总
yuelulu0629的专栏
03-12 1万+
1.比如全脑的模板为mask，去掉几个不需要分析的脑区，该如何制作呢？静息态论坛里的视频第二部分“静息态功能磁共振数据处理视频教程(第二部分，中文版).flv”37:55左右介绍了：overlay下加载需要分区的模板比如：BA或ALL模板。之后在set range of threshold里面，Threshold value'range里：比如我需要BA20分区，则填写20,20。之后保存；如果只...
图像二值化阈值选择方法详解
"图像二值化是计算机视觉和图像处理中的关键技术，用于将图像转化为黑白色，简化图像并突出关键特征。二值化的好坏直接影响后续的字符识别或图像分析。本文将探讨几种常用的图像二值化阈值选取方法，包括双峰法、P...
评论 3
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值