空间转录组分析方法集合汇总

最新推荐文章于 2024-05-20 20:08:58 发布
最新推荐文章于 2024-05-20 20:08:58 发布
阅读量304 收藏
点赞数 7
文章标签： 数据分析 算法
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_53637133/article/details/138210871
版权

近来空间转录组被评为2020年年度技术，目前热度空前，实验建库层面方法多种多样，特别是华大研究院开发的基于测序芯片的超高分辨率超大视场的空间组技术是一个划时代的技术突破，未来在临床病理，脑科学研究及胚胎发育等领域有极高的应用价值。技术突破伴随着分析方法的创新，这里汇总当前比较热门的分析10X空间转录组的工具和方法，可以为在执行项目时段有选择的筛选测试使用，也欢迎大家私信获取PPT。

生活很好，等你超越

追风少年ii
关注
  • 7
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
OCR文字识别方法综述
专注大数据与人工智能技术分享，欢迎私信加群互相学习！
07-05 1万+
摘 要：文字识别可以把海量非结构化数据转换为结构化数据，从而支撑各种创新的人工智能应用，是计算机视觉研究领域的分支之一，其任务是识别出图像中的文字内容，一般输入来自于文本检测得到的文本框截取出的图像文字区域。近几年来，基于深度学习的文字识别算法模型已取得不错成果，其过程无需进行特征处理且可以实现复杂场景文字识别，效果要优于传统文字识别方法，逐渐成为文字识别研究应用的主流方式。本文将主要介绍基于深度学习的文字识别技术综述，分类总结主流文字识别经典算法，讨论未来文字识别领域发展与研究趋势。关键词：OCR...
使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱的指南
白景屹的博客
05-05 7389
目录摘要引言自动注释Marker-based automatic annotationReference-based automatic cell annotation细化自动注释手动注释 摘要 单细胞转录组学（single-cell transcriptomics）可以在一次实验中分析数千个细胞，并在多种组织和生物体中识别新的细胞类型和状态。标准的实验方案和分析工作流程已经开发出来，可以从组织中创建单细胞转录组图谱（single-cell transcriptomic maps）。本教程重点介绍如何解释.
揭秘差异基因功能富集分析
庐州月光的博客
11-01 1万+
通过差异分析，我们可以知道不同分组间是否存在差异，存在差异的是哪些基因。再进一步，需要探究这些基因的表达量出现差异是由哪些生物学过程介导的，我们的实验处理影响了哪些生物学过程。 为了探究上述问题，我们首先需要知道基因参与的生物学过程，这个依赖于我们对生命活动的已有认知，比如常见的KEGG数据库，就存储了基因对应的通路信息。其次，我们还需要一点统计学手段，差异基因的数目是成百上千的，每个基因又参与多...
转录因子详细介绍(motif)
wangprince2017
02-20 1万+
转录因子详细介绍(motif) TF: transcription factor转录因子TFBS: transcription factor binding site转录因子结合位点TFBS是序列内的location，TF特异结合在这里，这个site有这种特点 1 和一些参考相关的一个位置（开始，结束，strand），这些reference可以是染色体开始，geneTSS。也可以是一段sequence 2 A SITE可以是实验证实的（已知的），也可以是一些算法（预测的） 3 例子，下面这个图是酵母
使用MicrobiomeAnalyst统计和功能分析微生物组数据
Christina
08-21 3961
文章目录 使用MicrobiomeAnalyst进行微生物组数据的全面统计、功能和元分析 摘要 背景Introduction 分析流程和界面设计 图1 MicrobiomeAnalyst工作流程概述。 图2 全面的数据分析和报告生成 与其他网页工具比较 表1 比较MicrobiomeAnalyst和其他三种网页工具对微生物组数据分析的流程 局限性 实验设计 综合分析16S rRNA丰度数据 基因丰度数据的功能分析和网络可视化 与公共数据集的
GO分析相关工具汇总
SHMILYRINGPULL的专栏
11-10 9609
GO委员会工具 AmiGO [http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/go.cgi] AmiGO 提供检索和浏览GO委员会提供的本体学(ontology)和注释(annotation)数据。用户可以通过检索蛋白获得相应的GO术语，可以检索GO术语得到相应的细节和相关的蛋白注释，AmiGO还提供了BLAST搜索引擎，比对有GO术语注释的基因和基因产
Cell综述：人类转录因子（The Human Transcription Factors）
水木的编程生涯
01-30 2482
以下内容是关于文献《The Human Transcription Factors》的笔记。
一文掌握GSEA富集分析-最详细教程
热门推荐
悟道西方
04-26 5万+
之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。 最近用自己数据实战分析时用到了该方法，故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。 从前文中我们了解到GSEA分析的目的是要判断S集基因（基于先验知识的基因注释信息）中的基因是随机分布还是聚集...
利用Python进行数据分析：数据聚合与分组运算（基于DataFrame）
m0_60862600的博客
05-25 1836
利用Python进行数据分析：数据聚合与分组运算 在将数据集加载、融合、准备好之后，通常就是计算分组统计或生成透视表。pandas提供了一个灵活高效的gruopby功能，对数据集进行切片、切块、摘要等操作。 使用一个或多个键（形式可以是函数、数组或DataFrame列名）分割pandas对象。 计算分组的概述统计，比如数量、平均值或标准差，或是用户定义的函数。 应用组内转换或其他运算，如规格化、线性回归、排名或选取子集等。 计算透视表或交叉表。 执行分位数分析以及其它统计分组分析。 下图为panda
2018-转录组数据分析和方法学
07-23
2018-转录组数据分析和方法学
stereopy:空间转录组学分析工具包
04-09
刻板印象 空间转录组学分析工具包。
零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-芯片数据）配套资源
04-24
零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——芯片数据） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/135436066 教程对应的原始文件+代码+处理好的数据
转录组测序分析流程
09-24
转录组测序分析流程
零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-高通量测序数据）配套资源
04-24
零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——高通量测序数据） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/136032388 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件 已验证可以从头到尾正常运行，可...
每天一个数据分析题（三百二十六）
shiguangre的博客
05-14 219
公司想要了解上半年到下半年忠诚用户人数的变化情况，如上半年忠诚用户到下半年转变为了哪些其他类别用户，适合用什么图表展示？A. 簇状柱形图。B. 簇状条形图。C. 折线图。D. 瀑布图。
筛斗数据：如何有效地进行数据清洗以提高运输业的数据分析质量？
weixin_44835050的博客
05-15 230
有效地进行数据清洗是提高运输业数据分析质量的关键步骤。以下是一些实用的方法和策略，以确保数据清洗过程的高效性和准确性：
【算法】二分算法——x的平方根
2302_79031646的博客
05-17 789
用二分边界算法来求解——x的平方根，从暴力求解到二分的优化细说
力扣62 不同路径 Java版本
最新发布
m0_47066863的博客
05-20 187
机器人每次只能向下或者向右移动一步。机器人试图达到网格的右下角（在下图中标记为 “Finish” ）。一个机器人位于一个 m x n 网格的左上角 （起始点在下图中标记为 “Start” ）。从左上角开始，总共有 3 条路径可以到达右下角。题目数据保证答案小于等于 2 * 109。输入：m = 3, n = 7。输入：m = 3, n = 2。输入：m = 7, n = 3。输入：m = 3, n = 3。问总共有多少条不同的路径？
cca 整合分析单细胞转录组空间转录组
12-12
CCA（canonical correlation analysis）是一种常用的多变量统计分析方法，可以用于整合分析单细胞转录组和空间转录组的数据。 单细胞转录组是指对单个细胞的转录组进行测量和分析，可以了解细胞间的异质性和功能特征。而空间转录组是指在组织或器官水平上，对转录组进行测量和分析，可以了解细胞在空间上的分布和相互作用。 在整合分析单细胞转录组和空间转录组时，首先需要对两种数据进行预处理，例如数据清洗、标准化和归一化等。然后，可以利用CCA方法来识别两种数据之间共享的信息和变化模式。 CCA通过最大化两个数据集之间的相关性，找到两者之间最大化的公共变量。具体步骤包括：首先，计算两个数据集之间的相关性矩阵；然后，利用Singular Value Decomposition（奇异值分解）将相关性矩阵分解成特征向量和特征值；最后，根据特征值的大小选择最相关的特征向量，得到两个数据集之间的相关性。 通过整合分析单细胞转录组和空间转录组的数据，可以获得以下优势：一是可以揭示细胞类型和组织结构之间的关系，帮助我们了解细胞的空间分布模式；二是可以发现特定细胞类型在不同组织中的表达模式和功能特征；三是可以识别具有生物学意义的共同变化模式，为进一步研究和解读提供线索。 当然，整合分析单细胞转录组和空间转录组的数据还需要结合其他的统计方法和生物学解释来进行综合分析和解读。这样的整合方法可以为我们更好地理解细胞和组织的功能和相互作用提供重要的信息。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值