基础绘图之ggprism包

年中总结接近尾声，我们学习一些基础的画图知识

GraphPad prism绘制出来的图形有其独特的风格，并且绘制的图形也很漂亮，但是正版软件的售价很高，使用破解软件绘制的图形又有面临侵权的风险。

幸好，前段时间发现一个好的R包——ggprism包，据R包作者介绍，ggprism包就是用来绘制GraphPad prism风格样式图形。

下面来学习下怎么使用ggprism包绘制GraphPad prism主题风格图形。

1. 安装和加载R包

ggprism包是ggplot2包的一个扩展包，两个包都可以从CRAN上安装。

install.packages("ggplot2")
install.packages("ggprism")
library(ggplot2)
library(ggprism)

2. 加载数据

使用mpg数据集。

data(mpg) # 加载数据head(mpg) # 查看数据

3. 普通ggplot2图形

正常的经典ggplot2风格图形是灰色背景+网格状图形。

我们先绘制个箱型图看看。

base <- ggplot(mpg, aes(x = displ, y = cty, fill = class)) +  geom_boxplot() # 箱型图base

4. 调整图形主题

下面来调整图形的主题，可以通过添加theme_prism()来绘制GraphPad prism主题风格样图形。

base + theme_prism()

上面是箱型图，还可以绘制下条形图看看。

ggplot(mpg, aes(x = drv, y = cty, fill = class)) +   geom_col(position = position_dodge()) + # 条形图  
theme_prism()

5. 调整主题调色板

上面我们直接添加的theme_prism()，函数中默认的主题调色板是黑白调色板，这也是GraphPad prism图形的经典风格。

下面我们在theme_prism()中添加其他的调色板来调整图形的主题颜色。

首先来看看这个包中有哪些调色板可以选择，使用names()可以输出包中的调色板。

# 输出主题调色板名称
names(ggprism_data$themes)

如上输出所示，这个包中的主题调色板还是蛮多的。

可以使用preview_theme()预览下主题的调色板。

preview_theme("floral")
preview_theme("pearl")

前面讲过，theme_prism()默认的调色板是"black_and_white"，这也是GraphPad prism图形的经典风格。

我们可以通过palette参数将需要的调色板添加到主题中。

base + theme_prism(palette = "flames")
base + theme_prism(palette = "candy_bright")
base + theme_prism(palette = "purple_passion")
base + theme_prism(palette = "beer_and_ales")

在上图中，调色板调整的是主题的颜色，而不是中间图形的填充颜色。

6. 调整主题外观属性

在theme_prism()中，除了可以调整调色板外，还可以调整主题的字体文本属性。

默认的字体属性是粗体、14号、隐藏图例标题、白色背景、黑体字等。

## 调整字体大小和角度base + theme_prism(base_fontface = "plain", # 字体样式， 选 bold, plain, italic                  
base_family = "serif", # 字体格式，可选 serif, sans, mono, Arial等                  
base_size = 16,  # 图形的字体大小                   
base_line_size = 0.8, # 坐标轴的粗细                   
axis_text_angle = 45) # 可选值有 0，45，90，270

7. 调整图形调色板

可以在scale_colour/fill_prism()中添加调色板，建议将图形颜色的调色板和图形主题的调色板设置为一样。

base + theme_prism(palette = "flames") +   scale_fill_prism(palette = "flames") 

base + theme_prism(palette = "candy_bright") +   scale_fill_prism(palette = "candy_bright") 

8. 调整图例外观属性

在上面的图形中，图例的位置位于右边，可以将图例移到图形中去，减少图形占用的篇幅。

可以在scale_fill_prism()中调整图例标签。

base + theme_prism(palette = "candy_bright") +  
theme(legend.position = c(0.8, 0.75),        
legend.key.height = unit(14, "pt")) +   
scale_fill_prism(palette = "candy_bright", # 修改图例标签                    
label = c("G1", "G2", "G3", "G4", "G5", "G6", "G7"))

这个包最主要的函数是theme_prism()，但是也有其他功能，比如说调整刻度，添加次坐标轴等，有兴趣的可以查阅帮助文件自行学习，R包作者介绍的很详细。

基础知识，多多学习，绘图是基础