关于空间转录组和SNP的一些答疑

作者，Evil Genius

问题一、华大或者10XHD高精度空转可以实现单细胞级别吗？

其实这个问题已经回答过很多次了，我相信大家自己心里也有答案，但是很多学者只测了华大，或者百迈客的高精度空转，因为听宣传说是可以达到单细胞级别，以为这样就可以测一份数据拿到单细胞数据 + 空间位置信息，但是真正分析的时候才发现有很大的问题，事实证明高精度的空转并不能真正实现单细胞级别，原因也很简单。

• 不同细胞类型的大小不一以及细胞的不规则性（典型的神经细胞等）
• 我们的空间样本细胞类型之间很多时候存在间质区域，这些区域并不含有细胞类型
• 高精度那种一刀切的网格对于单细胞级别是不合适的，细胞分布不会乖乖的横平竖直的“躺”在人为设计好的网格内。

问题2、类似华大的高精度空间转录组应该如何注释？

这个问题之前也提到过，最近很多人找我，分析的数据就是华大的空转数据，其中注释部分大家都是合并好bin之后开始用marker注释，这样的效果往往是不理想的，我这里给大家举一个我之前分享的案例，文章在Identification of HSC/MPP expansion units in fetal liver by single-cell spatiotemporal transcriptomics，文章的处理方式是：

Furthermore, to validate the spatial relationship at nearly single-cell resolution, we analyzed the mouse E13.5 FL ST data based on Stereo-seq, which is a sequencing-based spatially resolved transcriptomic technology with subcellular resolution。we analyzed the mouse E13.5 FL ST data based on Stereo-seq, which is a sequencing-based spatially resolved transcriptomic technology with subcellular resolution. We defined 20 bins as a spot (10–15 μm in diameter), which may include 1–3 cell(s), and then annotated the spots (including intra-spotsStereo-seq, inter-spotsStereo-seq and other distant spotsStereo-seq) referring to the aforementioned pipeline.

bin20是10-15um，仍然含有大概1-3个细胞，可见大概率情况下，大家bin超过20必然是每个spot含有多个细胞，文章的注释策略是：

To show the spatial organization of principal cell types in an unbiased manner, we performed deconvolution analysis by assigning an enrichment score for each spot with cell type signature genes derived from scRNA-seq. After deconvolution, two spot patterns (first pattern and second pattern) were shown based on the enrichment score of the top two cell types, and then mapped to the original FL region

仍然是单细胞空间联合分析的方法，所以大家大概率没得选。

问题3、华大数据可不可以像10X那样数据和图片进行结合？进行区域划分并注释？

目前应该不行，我问过华大的人，基本都是裸数据分析，HE图片放在另外的地方，分析确实不太方便，比如提取某个固定的区域分析等等，不过这个问题也不算很大，好好处理也可以，例如下面的图片。

只不过这样对人的要求就比较高了。尤其区域划分好对应其数据部分。

问题4、10X Xenium可以实现单细胞级别吗？

10X Xenium目前检测的基因数量明显不足，关于其单细胞的划分仍然是算法推断，并不能真正实现单细胞级别，尤其对于那些不规则的细胞，存在严重的误判。

问题5、目前又可以实现空间单细胞级别的技术吗？

有是有，之前寻因发布的空间产品理论上是可以的，其中嫁接了10X的单核捕获技术，但是10X单核技术的捕获率据说能达到80%，就算这样仍然是有20%的损失率，不过已经是目前最完美的单细胞级别的空间产品了。

问题6、国产平台的软件开发能力如何？

目前和国外存在差距，10X的软件配套能力明显强于国内，而且国内公司的环境也比10X更加严峻，因为10X只卖产品，不需要做售后分析，售后国内公司配套了大量的服务，形成了完整的生态链，而国内公司如果想要卖出空间的产品，那就必须一条龙服务，上游的实验到下游的分析、发文章都要有，压力很大，而且国外的空间产品已经成熟并且在不断的更新，国内仍然是起步阶段，各方面还有差距，如何赶超或占据一席之地，仍然很严峻。

我也曾经咨询过华大的人员，其实华大也有自己的战略，既然决定售后不做，那么在软件开发方面就投入不足，自然也处于下风。至于寻因的软件开发，目前还没有看到成品，期待能有突破。

问题7、为什么国内不好好研发简单实用的分析软件服务客户？类似10X的loupe，点一点就可以了。

这个问题我也想知道，不过国内客户大概分为两类，一类是高端客户，不差钱，自己有人员进行分析，自然不需要这些可视化软件；另一类则是对公司分析的依赖度较高的，这部分客户经费通常不足，利润值低，这可能也是软件开发的一个阻力吧。

问题8、华大有实力在空转领域有突破进展并在市场上一较高下么？

绝对有，看战略布局。

问题9、我们应该优先国产平台吗？

同等水平下优先国产，目前国产平台对人员的分析要求较高，如果自身没有更多的条件或者需要依赖公司，还是选择10X或者其他类型的平台。

问题10、为什么只讲华大、寻因？其他公司水平如何？

目前其他公司主要引进10X平台，国内自研的平台，华大实力最强，寻因目前最有前景，但是，一切都还未知，新产品如同婴儿，能不能健康长大，挑战还有很多。

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