单细胞水平上解决骨髓瘤的空间结构及其微环境（scRNA + scVDJ + scATAC + WES + Spatial）

作者，Evil Genius

六号了，大家玩的如何了？ 我发现我都快忘记自己是个牛马了。

收收心，我要继续当牛马去了，大家也要努力搞科研了。

今日参考文献，复习复习，别去了公司都忘记怎么分析多组学了。

知识积累

• 肿瘤内异质性是浆细胞恶性多发性骨髓瘤(MM)的一个特征（当然了，肿瘤异质性在任何肿瘤中都是非常可怕的）
  
   

空间肿瘤异质性是新诊断的骨髓瘤患者的常见事件

首先是外显子的数据分析，发现影响MM驱动基因(如KRAS,NRAS和TP53)的位点独特或强富集的非同义性单核苷酸变异(snv)。对于其中3例患者，可以使用scRNA-seq，可以call RAS突变。在多发性骨髓瘤局灶性病变患者中观察到肿瘤的空间异质性，包括影响已知骨髓瘤驱动基因的位点富集snv。

局灶性病变中存在位点独特的亚克隆

• 用sc测序更详细地定义空间亚克隆结构。
• 根据亚克隆拷贝数畸变(CNAs)的存在来定义亚克隆。

推断CNV的方法
scRNA：inferCNV
scATAC ： mgatk，这个方法用的比较少，链接在 https://github.com/caleblareau/mgatk，感兴趣的大家可以研究一下

与局灶性病变相关的表达特征

肿瘤亚克隆表现出不同程度的空间转录可塑性

亚克隆的存在和可塑性都可能导致BM位点之间的表达差异(scRNA + scATAC)。

局灶性病变中巨噬细胞减少

T细胞repertoire在克隆比例方面表现出空间差异

• T细胞通过其T细胞受体(TCR)识别肿瘤新抗原，是适应性抗肿瘤反应的主要贡献者
• 分析中没有扩增的T细胞克隆是独一无二的，并且在衰竭或细胞毒性评分方面没有一致的空间差异。

生活很好，有你更好，简单复习一下