scanpy去除批次效应

最新推荐文章于 2025-02-21 10:24:35 发布

白色圣诞节1992

最新推荐文章于 2025-02-21 10:24:35 发布

阅读量1.4k

点赞数 2

文章标签：大数据 python

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_55118721/article/details/128648691

版权

scRNA-seq数据常常受到批次效应影响，表现为不同批次间的细胞表达差异。BBKNN、harmony、mnn、scanorama和combat是用于校正这种效应的方法。BBKNN通过PCA和UMAP可视化展示校正效果，而harmony和combat也是常见的批次校正工具。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

scRNA-seq通常需要跨多个批次生成数据。不同批次的处理往往会出现不可控的差异，例如操作人员的变化、试剂质量的差异。这导致在不同批次的细胞中观察到的表达存在系统性差异，我们将其称为“批次效应”。很多方法可以去除批次效应，BBKNN、harmony、mnn、scanorama、combat等。

BBKNN

sc.tl.pca(adata_concat)
sc.external.pp.bbknn(adata_concat, batch_key='batch')
sc.tl.umap(adata_concat)
sc.pl.umap(adata_concat, color=['batch', 'louvain'], legend_fontsize=8, save='_pbmc68k_louvain_label_bbknn.png')

harmony

combat

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

白色圣诞节1992

关注关注

2
点赞
踩
4

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

Scanpy（4）用与数据整合和批次处理

xiaoyaozizai017的博客

06-05

1487

对ingest整合好的数据集进行PCA。屏蔽pca之后的图对比：发现，

【GEO Database - 2】sva-ComBat函数去除批次效应

最新发布

阅读文献，记录学习笔记

02-21

474

在单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 数据分析中，Seurat（R 语言）和 Scanpy（Python）是最常用的两个工具。尽管 Seurat 在 R 端提供了强大的数据处理和可视化功能，但 Scanpy 结合了。这样，你的 Seurat 数据成功转换到 Scanpy，同时支持多种降维坐标，并在转换过程中避免了。因此，将 Seurat 处理的单细胞数据转换为 Scanpy 兼容的。

python中使用scvi 去除批次效应 scvi整合批次效应 Integration with scVI 在python中scvi去除批次效应python4

生信小博士的博客

01-09

2304

python中使用scvi 去除批次效应 scvi整合批次效应 Integration with scVI 在python中scvi去除批次效应python4 使用注释之后的数据去除批次效应更好的做轨迹推断细胞分化速率分析

scvi 去除批次效应降维 python 3

生信小博士的博客

01-09

560

【代码】scvi 去除批次效应降维 python 3。

Scanpy(四)使用ingest和BBKNN整合数据

白景屹的博客

05-27

3689

目录PBMCsMapping PBMCs using ingest 下面的tutorial描述了一种基于PCA的简单方法用于集成数据（integrating data），我们称之为ingest，并将其与BBKNN进行了比较。此外，BBKNN可以与Scanpy工作流良好结合，可通过bbknn接口访问。 ingest函数假设有一个带注释的参考数据集，该数据集捕获了感兴趣的生物变异性。rational是在参考数据上拟合模型，并使用它来投影新数据。目前，该模型是一个结合了邻居查找搜索树（neighbor looku

LIGER消除批次效应python

01-12

### 使用Python通过LIGER方法消除批次效应 LIGER (LIkelihood-based Generative Embedding for Representation) 是一种用于多模态单细胞数据集成的方法，能够有效处理不同样本之间的批次效应。该方法不仅适用于基因...

Seurat对象与数据预处理：规范化、归一化与批次效应校正

# 1. 介绍Seurat对象 1.1 什么是Seurat对象？ Seurat是一个在生物信息学领域中广泛使用的R语言包，特别用于单细胞RNA测序数据的分析和可视化。Seurat对象是Seurat包中定义的数据结构，用于存储和管理单细胞数据，...

my_scanpy_modules:将scanpy函数包装到多个模块中以自动进行单细胞分析

04-07

1. **数据预处理**：这包括读取数据（如CEL-seq, 10x Genomics等格式）、质控（去除低质量细胞和基因）、标准化、去除批次效应等。`my_scanpy_modules` 可能提供了这些功能的模块，比如`preprocessing`，其中可能...

请再python中利用scanpy库写一个程序对h5ad格式文件进行质控处理

05-24

好的，下面是一个简单的质控处理程序，使用了 `scanpy` 和 `anndata` 库： ```python import scanpy as sc import anndata as ad ...接着标准化数据并去除批次效应，最后将处理后的数据保存到h5ad格式文件中。

【Bioinfo Blog 010】【R Code 009】——ComBat处理GEO数据批次效应

10’s Blog

12-14

7713

一、Batch Effect 1.1 什么是批次效应(batch effect)？批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂的数据，以及同一个样品不同时间的数据等等都会产生一种 batch effect。校正批次效应的目的是减少batch之间的差异，从而更好的获取不同生物学状态之间的差异。 1.2 数据标准化可以去除批次效应吗？组学大讲堂上给出的答案是：能够减弱，不能从根本上消除

利用Scanorama高效整合异质单细胞转录组

白景屹的博客

06-23

2081

整合来自多个实验、实验室和不同技术的 single-cell RNA sequencing（scRNA-seq）数据可以揭示更丰富的生物学问题，但目前的scRNA-seq数据整合方法受到数据集来自功能相似细胞的要求的限制。我们提出了Scanorama算法，该算法可以识别和合并所有数据集对之间的共享细胞类型，并准确地集成scRNA-seq数据的异构集合。我们应用Scanorama整合和消除了来自代表9种不同技术的26个不同scRNA-seq实验的105,476个细胞的批次效应。Scanorama对同一细胞谱系

单细胞 & 空间整合去批次方法比较（2）

weixin_53637133的博客

05-17

1175

单细胞 & 空间整合去批次方法比较（2）

Scanpy_2 多个样本的单细胞分析流程（ingest）

weixin_43314378的博客

04-28

1344

综上，这段代码的作用是使得多个数据集中的变量保持一致，只保留在所有数据集中共有的变量，去掉不在所有数据集中都出现的变量，以方便后续的数据分析和处理。方法实际上是一种非对称数据集的整合方法，因为它将标签从参考数据集映射到待映射数据集中，但是没有将待映射数据集的标签映射回参考数据集中。总的来说，这段代码为每个数据集中的样本添加了一个标识符，以便在合并数据集时能够区分每个样本来自哪个数据集。这段代码的作用是统计合并后的数据集中，每个样本和每个聚类包含的细胞数，并计算每个聚类在每个样本中的百分比。

gitblog_00065的博客

06-17

769

10X单细胞（10X空间转录组）批次去除（整合）分析之Scanorama

weixin_53637133的博客

04-27

1131

10X单细胞（10X空间转录组）批次去除（整合）分析之Scanorama

Scanpy_1 单个样本的单细胞分析流程

weixin_43314378的博客

04-28

458

【代码】Scanpy_1 单个样本的单细胞分析流程。