scanpy去除批次效应

最新推荐文章于 2024-04-25 21:50:48 发布

白色圣诞节1992

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scRNA-seq通常需要跨多个批次生成数据。不同批次的处理往往会出现不可控的差异，例如操作人员的变化、试剂质量的差异。这导致在不同批次的细胞中观察到的表达存在系统性差异，我们将其称为“批次效应”。很多方法可以去除批次效应，BBKNN、harmony、mnn、scanorama、combat等。

BBKNN

sc.tl.pca(adata_concat)
sc.external.pp.bbknn(adata_concat, batch_key='batch')
sc.tl.umap(adata_concat)
sc.pl.umap(adata_concat, color=['batch', 'louvain'], legend_fontsize=8, save='_pbmc68k_louvain_label_bbknn.png')

harmony

combat

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当新的样本数据添加到已有的数据集或多个试验数据的元分析中时, 批次效应是不可避免的。每次把一个新样品的数据追加到训练集, 使用训练数据集估计的概率权重和系数去除新样品中的批次效应, 利用分类器对去除批次效应的扩增表达矩阵进行分类, 分离出追加的新样品的数据, 得到去除批次效应的新样品表达值。批次效应去除前各数据之间偏差较大, 经ComBat方法调整后, 样品箱线图的宽度变小, 批次效应去除效果明显, 平均中心方法调整后, 样品箱线图的宽度变大, 数据分布更不整齐, 对于单个样品批次效应没有有效去除。

python去除批次效应

08-09

在数据分析中，批次效应是指在实验或观察过程中由于批次变化而引起的偏差。Python中有几种方法可以去除批次效应，其中一种常用的方法是使用线性混合模型（Linear Mixed Models）。可以使用statsmodels库中的MixedLM函数来拟合线性混合模型。首先，你需要导入所需的库： ``` python import statsmodels.api as sm import statsmodels.formula.api as smf ``` 然后，你需要将数据准备为适合线性混合模型的格式。假设你的数据集包含一个批次变量（batch）和一个响应变量（response），你可以使用下面的代码来准备数据： ``` python data = pd.read_csv('your_dataset.csv') # 读取数据集，假设为CSV格式 data['batch'] = data['batch'].astype('category') # 将批次变量转换为分类变量 ``` 接下来，你可以使用MixedLM函数来拟合线性混合模型，并通过指定批次变量作为随机效应来去除批次效应： ``` python model = sm.MixedLM.from_formula('response ~ 1', data=data, groups=data['batch']) result = model.fit() ``` 最后，你可以通过检查结果的resid属性来获取去除批次效应后的残差： ``` python residuals = result.resid ``` 除了线性混合模型，还有其他方法可以去除批次效应，比如标准化、批次校正和差异化表达分析等。具体选择哪种方法取决于你的数据和研究目的。

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