【基因功能富集2：分析流程】非模式生物怎么注释 clusterProfiler包GO、KEGG

于 2024-06-18 21:30:00 发布
阅读量392 收藏 2
点赞数 2
分类专栏： 软件测试 文章标签： 数据分析
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_55649639/article/details/139777760
版权

文章目录

概要

不常见的物种如何进行富集分析？？

整体流程

提示：

step1 百度搜索注释物种–拉丁文名称

提示：拉丁文名要准确

例如：[百度茶树](https://baike.sogou.com/v87233.htm?ch=frombaikevr&fromTitle=%E8%8C%B6%E6%A0%91）

在这里插入图片描述

step2 注释官网搜索–该物种对应库–编号

官网：https://www.genome.jp/kegg/tables/br08606.html
Ctrl +f : 页面搜索Camellia sinensis

在这里插入图片描述

library(clusterProfiler)
 library(AnnotationHub)
hub <- AnnotationHub() #较慢
query(hub, "Camellia sinensis")
db <- hub[["AH100818"]]
organism <- "csin"   #看官网有物种简称

在这里插入图片描述

step3 正常注释 即可

梦仔生信进阶
关注
专栏目录
clusterProfiler_Go_生物信息_clusterProfiler_
09-30
这个包提供了一系列工具，帮助研究人员在基因本体（Gene Ontology, GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）等数据库中进行功能注释和富集分析。标题"clusterProfiler_Go_...
GO/KEGG富集分析
Christina
12-30 7986
GO全称是Gene Ontology，它分为：细胞组分（cellular component, CC）、分子功能（molecular function, MF）、生物过程（biological process, BP），那这三者有什么关系呢？，大概就是母鸡A被养在鸡笼里，它能够下鸡蛋，但是前提是我往笼子里再放一只公鸡后才能下蛋，在这个比喻里，鸡笼就是CC，下蛋这个动作是BP，而放进公鸡就是这个过程的催化作用，所以是MF。用科研专业术语来说，CC描述的像是位置，比如定位在细胞核；
自定义背景基因&非模式生物Go富集：使用uniprot数据自行建库，不需要orgdb
gah0023的博客
08-24 4045
在orgdb无法使用时/绕过orgdb，通过enricher进行自定义背景信息的GO富集
非模式生物KEGG富集分析: clusterProfiler
Gossie的博客
08-03 3613
用到的软件：clusterProfiler（感谢Y叔） 对于非模式生，可以先做KEGG注释，用注释文件直接进行计算，GO富集同理。 用到三个文件 1.背景基因的注释信息(所有可以注释到的基因)，两列 2.ko的描述信息文件，两列 3.差异基因文件（软件会自动删掉没有注释到的基因），一列 library(clusterProfiler) term2gene <- read.table('gene-ko-K.txt',sep = '\t') term2gene <- term2gene[,c(2,
非模式生物富集分析实践-创建OrgDb包/在线快捷富集分析-KOBAS
Obsidian_wz的博客
09-10 4355
用R语言做非模式生物富集分析之创建OrgDb包。
golang mysql 简书_非模式物种GO/KEGG富集分析
weixin_33249310的博客
03-06 1188
前言:微博参与话题 #给你四年时间你也学不会生信#先前的富集分析教程本文主要针对非模式物种，但是有参考基因组可用1. R包安装及database下载# non-model, but have the genome> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")> biocLite("AnnotationHub")> biocLite(...
go kegg_非模式生物进行GO/KEGG富集分析
weixin_35773740的博客
12-30 3447
非模式生物进行GO/KEGG富集分析非模式生物富集分析存在着缺少注释等问题，而clusterProfiler不仅针对模式生物，对非模式生物也能进行富集，并且支持用户自定义注释文件，可以说是相当友好了。R包及依赖下载安装source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("AnnotationHub") biocLite("bioma...
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
m0_73361516的博客
07-13 1137
非模式生物GO富集分析（结合eggnog mapper注释）
r语言进行go富集分析_使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析
weixin_39574928的博客
12-30 3907
欢迎关注微信公众号“生信小王子”！里面干货更多哦！最近，小编有很多同学问我，非模式生物如何做富集分析？小编本身是做小麦的，也属于非模式生物的范畴。以前的话，非模式生物要用blast2go跑电子注释，而blast2go又需要使用MySQL，没有root权限的话非常的麻烦。所以非模式生物如何做富集分析也困扰了小编很久，直到一天，小编发现了Y叔的神包“clusterProfiler ”！可以轻松做富集分...
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
以`clusterProfiler`为例，这个包包含了广泛的功能注释数据库，如KEGG、GO（生物过程、细胞成分、分子功能）和Reactome等。使用`clusterProfiler`，我们首先需要获取差异表达基因列表，然后执行富集分析，最后绘制...
用于分析基因表达数据的综合工具包，包括预处理、聚类、差异表达分析和功能注释.zip
最新发布
05-17
6. 数据可视化：为了便于理解和解释分析结果，工具包可能还包含数据可视化功能，如热图绘制（用于展示基因表达模式）、火山图（展示差异表达基因的统计显著性和表达变化程度）、GO富集图和通路图等。 7. 结果解释与...
差异分析GEO数据库limma包.zip
01-26
8. 功能注释和富集分析：对差异基因进行GO富集分析或KEGG通路富集分析，以揭示其生物学意义。可以使用` clusterProfiler `、` enrichplot `等包来完成。 9. 验证和进一步分析：最后，可能需要通过qPCR、蛋白质组学...
RNAseq-analysis-workflow:这是我们在实验室中使用的RNA-seq分析工作流程
05-24
GO（Gene Ontology）富集分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析可以揭示DEGs在生物学过程、分子功能和细胞组件中的角色。软件如clusterProfiler、goseq或DAVID可用于这些分析。 在HTML...
使用Cytoscape-BiNGO 对非模式生物做go富集
uqyuan0515的博客
09-21 1012
与模式生物不同的是，分析非模式生物时需要自己创建annotation 信息， 可以用blast2GO 或者 InterProSan得到。 最终输入到BiNGO的表格格式如下： (species=Custom_species)(type=Biological Process)(curator=GO) gene1=0001000 gene2=0000222 gene3=1234567 gene4=7654321 tips: 第一行不能省，不然会报错。 没有GO:, 直接是7位go i...
GO，KEGG，DO 富集分析
wt141643的博客
06-09 8917
what is Gene Ontology(GO) 基因“本体论” 对事物的分类描述，对基因的分类描述 对基因的描述 1、cellular component,CC(基因存在于细胞质还是细胞核，是线粒体还是其他细胞器)细胞组成 2、Biological process,BP（能够参与哪一个生物学过程，参与rna加工，复制等）生物学过程 3、Molecular function,MF（分子功能上，...
转录组GO富集与微生物相关性分析
weixin_43410285的博客
12-07 5513
转录组GO富集与微生物相关性分析原始数据格式使用TCC包进行差异基因分析使用topGO包进行GO富集分析如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入 原始数据...
使用clusterProfiler进行KEGG富集分析
热门推荐
庐州月光的博客
11-05 6万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! KEGG pathway是最常用的功能注释数据库之一，可以利用KEGG 的API获取一个物种所有基因对应的pathway注释，human对应的API 链接如下 http://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway 通过该链接可以获得以下内容 path:hsa00010 hsa:10327 path:hsa00010 hsa:124 pa...
基因功能富集小结
Neptuneyut的博客
07-13 6919
为什么要做GO富集 在生物学问题分析时，无论是通过转录组还是chip-seq等其他组学技术获得一大堆的差异基因之后，给大家留下的一个问题就是，这些差异基因属于什么功能？可能参与哪些通路？跟我研究的生物学问题是否有关？这个时候GO和KEGG pathway富集分析就登场了。 那么如何看富集到的基因功能？这个是时候有两个问题，一个问题是基因功能怎么定义，因为参与生命机体的基因所涉及到的生物学功能种类繁...
deap软件结果分析_使用clusterProfiler包利用eggnogmapper软件注释结果做GO和KEGG富集分析...
06-09
好的，你的问题是关于使用clusterProfiler包利用eggnogmapper软件注释结果做GO和KEGG富集分析的方法。我可以给你一些简单的步骤： 1. 安装clusterProfiler包和eggnogmapper软件，如果你还没有安装的话。 2. 将eggnogmapper注释得到的基因ID转换成你所使用的基因ID，比如Ensembl ID或者Entrez ID。 3. 使用clusterProfiler包中的enrichGO()和enrichKEGG()函数进行GO和KEGG富集分析，分别输入基因列表和转换后的基因ID列表。 4. 使用goplot()和dotplot()函数可视化GO和KEGG富集结果。 需要注意的是，富集分析的结果需要进行多重比较校正，常用的方法有Bonferroni、Benjamini-Hochberg等。此外，还需要对结果进行解释和验证，以确保得到的富集结果具有生物学意义。 希望这些步骤对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要更详细的解释，请随时提出。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值