R-ggplot2包基本命令

ggplot2包之ggplot命令总览

#basic command
ggplot(
#确定数据，坐标轴内容
    data, aes(x = one of colname_data, y = another of colname_data)) 

# addition commands (layers)
ggplot(data, aes(x = one of colname_data, y = another of colname_data))+
    geom_***() + # Geoms  
    stat_***() + # stats   
    geom_***() or stat_***() + # position 
    geom_abline() + # annotations 
    aes_***()  + # Aesthetics
    labs/lims() + # Scales 
    theme() # Themes

#save 
#method 1
ggsave(filename, 
    plot = last_plot(),
    device = 'png/pdf/tiff/...', #选一个
    path = '/data/plot' ,
    width = 10, height = 10,
    units = "cm/in/mm/px",  #选一个
    dpi = 320/300/72,  #"retina" (320), "print" (300), or "screen" (72)
    limitsize = TRUE, #最大50x50 inches 
    bg = NULL)

#method 2
png("filename", width = 10, height = 10)
ggplot()  #之前绘图的内容
dev.off()

# layers

# Geoms

经常用geom_point()进行绘制散点图，先以geom_point()为例总结~可以绘制三种变量之间的变化

ggplot(data, aes(x = one of colname_data, y = other of colname_data)) +
    geom_point(aes(color/shape/size = another of colname_data),
        #可以进行颜色、大小、分辨率的调整
        color = "red", size = 10, alpha = 0.5      
    )

geom_bar

geom_bar(
       mapping = NULL,
       data = NULL,
       stat = "count",
        # 默认count为计数；
        # 'identity'：为数值；

       position = "stack",
        # 默认stack为堆叠；
        # position = 'dodge'：分散（几列数据分几列），加上position=position_dodge(width=0.9)可设置组间柱子分隔宽度；
        # position = 'fill'：标准化成每组总量为1，也可以表示各类别所占百分比
        # position = 'jitter'：一般是用于散点图，因为散点图有时会出现相同值的重叠点，可能造成误导，可以给每个点加上随机噪声变成抖点，使重叠点得以分散
        

       ...,
       just = 0.5,
       width = NULL,
        # 设置柱子宽度，使变量之间分开（组间）
       col = NULL,
        # 设置边框颜色 
       na.rm = FALSE,
       orientation = NA,
       show.legend = NA,
       inherit.aes = TRUE
     )

geom_segment

添加线段（具体还没总结），类似于红框中的线段。。ggplot2都有哪些使用不多但是却异常强大的图层函数 - 知乎

R ggplot2 geom_segment 线段和曲线 - 纯净天空

# axis

1. 设置坐标轴的范围（不改变其原有数据）

   # 局部放大图形，不改变之前的形状与趋势（用所有数据）
   
   plot + coord_cartesian(ylim = c())

2. 设置坐标轴的范围（改变其原有数据）

   # mehtod 1
   + ylim()
   

# legend

#guide

设置图例排列顺序

# 图例变成两列，且由行来填充（默认是列）
plot + guides(fill = guide_legend(ncol = 2), byrow = TRUE)

# 颠倒图例排列顺序
plot + guides(fill = guide_legend(reverse = TRUE))

# 覆盖从每个图层派生的一些图形属性设置，即只更改图例中的图层，不改变图中的结果（俺自己的理解）
# 将图例中的图形透明度调整为100%
plot + guides(colour = guide_legend(override.aes = list(alpha = 1)))

调整图例坐标轴位置及刻度显示

# 水平或垂直 
guides(size = guide_bins(direction = "horizontal"/"vertical"))

# 不显示刻度尺
plot + guides(size = guide_bins(axis = FALSE))

# 显示范围、坐标轴颜色、刻线宽度以及刻线箭头
show.limits，axis.colour, axis.linewidth、axis.arrow

调整图例大小以及显示图例范围

plot + guides(colour = guide_colourbar(reverse = TRUE))
       # 颠倒图例顺序（由小到大 转为 由大到小）

     + guides(colour = guide_colourbar(barheight = unit(2, "cm")))
       # 更改图例长度为2cm

     + guides(colour = guide_coloursteps(show.limits = TRUE))
       # 显示图例范围的极值

提取出坐标点通过ggplot包绘制并加圈层、底色

详细参考：如何提取Seurat数据，绘制更加个性化的tSNE/UMAP图？

# 添加置信区间 即画椭圆圈层、并填充
stat_ellipse()

#增添坐标轴
theme_dr(xlength = 0.2, #x轴长度
           ylength = 0.2, #y轴长度
           arrow = grid::arrow(length = unit(0.1, "inches"), #箭头大小/长度
                               ends = 'last', type = "closed")) + #箭头描述信息

#增加标签信息，即细胞注释图层
取每类细胞类型坐标点的中位数 + geom_text()

持续总结

参考：

Create Elegant Data Visualisations Using the Grammar of Graphics • ggplot2

ggplot主题设置 - 简书