Linux软件安装

已于 2024-05-03 23:00:36 修改
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分类专栏： linux入门 文章标签： linux 运维 服务器
于 2024-04-29 16:14:42 首次发布
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版权

##From 生物技能树

一.Conda的安装与使用

1.介绍与安装conda

1.1.Anaconda 

所有语言的包、依赖和环境管理器，适用平台：windows、macOS和Linux

官网：Unleash AI Innovation and Value | Anacondaicon-default.png?t=N7T8https://www.anaconda.com/

1.2.Conda的安装与使用

下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径（回车） -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档

1.2.1.conda、miniconda 和 anaconda 之间的关系

1.2.2.Anaconda navigator 
1.2.3.下载： 通常服务器在国内的选 择清华或者北外， 如果服务器在国外选择官网
1.清华镜像下载

搜索conda清华

2.北外镜像下载

搜索conda北外，找到如下链接：

《Miniconda 安装包可以到 Index of /anaconda/miniconda/ | 北京外国语大学开源软件镜像站 | BFSU Open Source Mirror下载》。点进去ctrl+F查找miniconda3-latest,找到所需的版本，复制链接。

https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   ##wget -c 下载，也可使用axel下载，axel是多线程工具，wget -c单线程工具，即每次只有一个工人（一个CPU/thread）干活儿

国内镜像地址：
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
官网地址：
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

1.2.4.安装miniconda3
1. 运行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 查看并同意软件 license
3. 选择安装位置
4. 同意 conda 初始化
5. 重新加载 ~/.bashrc 文件或者重新开 shell 窗口
6. 设置是否要默认启动 base 环境（可选）
a.安装操作：
1.wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh    ##下载
2.bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   ##安装
3. ##重新加载~/.bashrc文件或者重新开shell窗口
a.开个新的窗口。每次重新开个窗口，.bashrc这个文件都会重新加载一次
b.source  ~/.bashrc 或 .   ~/.bashrc    ##用source 命令手动加载，后边的 . 相当于 source
b.Tips：
把 ~/.bashrc 当成一个整体不容易出错
也可以 直接退出 当前窗口 重新登录
相当于在 Windows 上安装软件后有
的会提示需要重新启动
能够用 conda -h 输出 conda 的帮助文档就说明安装成功啦！
c.设置是否默认激活base：

d.conda频道
  1. 配置conda的频道
    打个比方。。
    要收得到对应的 频道 的信号才能看到该频道的 节目
  2. 配置镜像

    我们使用 conda 安装软件时，conda 会去 channel 中搜索软件，如果使用的服务器是在国内，channel 就选择国内的，推荐清华，如果清华镜像出问题，再选择其他。

    如何添加频道呢？
    conda config --add channels <URL>     ##添加镜像里的
       a. 找到需要添加的频道
       b. 鼠标移动到文字上， 当光标变成手指形状时，点击 右键
       c. 在右键菜单栏里选择“ 复制链接地址 ”
       d. 用上述命令添加 conda 的频道
    conda config --add channels bioconda    ##添加官方的
    ( 但是不建议运行这一条，仅作为例子 )
    tips1： 不要重复添加相同的频道，
    冗余的频道会让安装软件的过程变慢
    顺序是有意义的
    tips2： 添加镜像要看服务器所在的位置，
    不是使用者所在的位置 
    ## 配置镜像

# 下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址（首选）
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes 

# 下面这四行配置清华大学的conda的channel地址（首选北外，如果体验不好再换成清华）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

# 如果需要官方频道，可以添加下面这两行配置官网的channel地址（不推荐）
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda

# 删除defaults频道
sed -i '/defaults/d' ~/.condarc

## 配置镜像成功
# 查看配置结果
cat ~/.condarc

## 每次更换完频道之后记得要清除一下index。
# -i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包
conda clean -i 
# 也可以把所有的缓存都清除掉
conda clean -a
    操作：
    # 下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址（首选）
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
    conda config --set show_channel_urls yes     ##配置镜像
    cat .condarc                                                  ## 查看配置镜像结果

    sed -i '/defaults/d' ~/.condarc                       ##删除defaults频道,因为它是官方频道， 有的时候连接起来会很慢

    cat .condarc              ##查看是否删除defaults

2.使用conda管理小环境

2.1. 为什么要创建独立的环境? 全装在base里不好吗？

 给新人的建议：不要往base环境里安装任何软件包   “蛇”(anaconda)就应该关在“笼子”(小环境)里

2.2.创建独立小环境

2.2.1.创建独立小环境

conda creat -n rna -y     ##加个-y提前回答yes，就会直接执行，直到完成

# 创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件
conda create -y -n  rna  python=3.7
# 创建小环境成功，并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖

# 查看当前conda环境
conda info -e
conda env list

# 每次运行前，激活创建的小环境rna
conda activate rna

# 退出小环境
conda deactivate
2.2.2.小环境的创、删

comnda creat -n py2 python=2.7    ##创建环境的时候就把软件装上•

创建小环境：-n 指定小环境的名字 py2，并指定环境的python版本为python=2.7

创建小环境： 创建成功最后会出现 3 个 done

3.使用conda管理软件

3.1.安装软件

3.1.1.我要用哪些软件呢？
1. 看你们实验室的祖传经验
2. 看文章里用什么
转录组
质量控制 :
fastqc 、 multiqc 、 fastp 、 trimmomatic 、 cutadapt 、 trim_galore……
比对 & 定量 :
hisat2 、 STAR
salmon 、 subread （ featureCount ） ……
无参组装：
Trinity

3.1.2.哪些软件可以用conda安装呢？

三种查询方法：

a.方法1： 网站查询

https://anaconda.org/search
https://bioconda.github.io/
b. 方法 2 ： conda search xxx
c. 方法 3 ： 关键词搜索

3.1.3.安装软件
conda install <SOFTWARE>
conda install fastqc

在小环境中安装生信软件：

下载安装软件：conda可以一次安装多个软件，但是容易遇到报错

下载安装软件 ：下载过程可能受网络影响没下载成功，如果出现
下面的 3 个 done ，即表示下载完成。
检查 ：通过调用软件的帮助文档来检查是否下载成功。如果失败，
重新下载即可
注：软件都要安装在小环境中，不要安装在 base
conda env list   ##先把环境列出来
conda activate rna   ##激活rna 环境
conda  install  fastqc   ##安装 fastqc 软件

3.1.4.如何指定安装的软件的版本？
在不指定版本的情况下， conda 默认安装该软件的最新版。
如果要安装旧版本：
1. 先看看有哪些可以安装的版本
conda search fastqc
2. 安装指定版本的软件
conda install fastqc=0.11.7
添加 -y 参数跳过确认步骤
conda install -y fastqc=0.11.7
操作：

# 激活环境
conda activate rna
# 安装 fastqc 软件
conda  install  fastqc

# 调出帮助文档
fastqc --help

# 可以指定软件版本
conda install -y samtools=1.14 

# 可以一次安装多个软件
conda install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore cutadapt=4 hisat2  subread  multiqc  samtools=1.16.1  salmon=1.4.0 fastp fastqc
# mamba install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore  hisat2  subread  multiqc  samtools=1.14  salmon=1.4.0 fastp fastqc

## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令
# sra-tools
prefetch --help
prefetch --help
which prefetch

#  trim-galore
trim_galore --help
cutadapt --help

# hisat2
hisat2 --help

# subread
featureCounts --help

# multiqc
multiqc --help

# samtools
samtools --help

# salmon
salmon --help

# fastp
fastp --help

3.1.5.调用程序
在实战中经常被问到：
学员 : 萌老师 ! 我 安装了 这个软件包但是 调用不了 是怎么回事？
萌老师 : 因为安装的 软件包的名称 和 实际调用的程序 不一定 是同名的！
三个特殊情况 :
调用程序                     软件包名称
trim_galore ->            trim-galore
vep               ->            ensembl-vep
sratoolkit     ->            sra-tools
3.1.6.查看conda环境中已安装的软件
基本用法：
conda list
查看当前环境所安装的软件
扩展用法：
1. 查看符合正则表达式的软件
conda list fast*
2. 查看指定的环境的软件
conda list -n rna   ##不用切换到该环境，直接查看里边的内容
3.1.7.删除软件
##不建议删软件，因为装软件的时候会把依赖也装上，最简单的方法，可以删除整个环境，创建新的环境，然后再去重新装下。
想要删除特定环境下的特定软件，如何指定？
conda remove -n rna fastqc
不指定 -n 参数就得进入该环境之后才能进行删除操作
同样， -y 能够跳过确认执行的步骤
3.1.8.练习
每个软件要能打印得出帮助文档
（例如fastqc --help）才算安装成功!
3.1.9.如何确定软件是否安装上？
R 语言里用 library() 进行验证，能加载上的就安装好了；
Linux 里用 -h （或 -help / --help ）进行验证即可
注意：安装的软件不一定和调用的软件是同名的！

操作：

conda search packaging   ##缺啥补啥

conda install packaging   ##安装一个

conda install python=3.8   ##把问题贴给GTP，GTP提示要升级python版本

multiqc --help    ##问题解决

4.conda的常用命令

5.安装软件的另一种方式：用yml文件安装

• 导出当前环境：
• conda env export envname > env.yml ( 跨平台均适用 )
• conda list --explicit > env.txt ( 仅限相同平台 )
• 导入环境 :
• conda env create --name <envname> --file env.yml
• conda create --name <env> --file <this file>

6.常见报错及解决方法

6.1.CondaHTTPerror

a. 确认一下当前服务器网络正常 （可尝试 ping www.baidu.com ）
b. conda clean -a 清空环境中所有的缓存
c. 把 ~/.condarc 中的 https 改成 http
d. 换个时间再尝试

6.2.一直在 Solving environment？

a. 网络较差，换个时间试试
b. conda clean -a 清空环境中的缓存

6.3.频道404？

添加的频道不存在，从 .condarc 文件中删除错误频道后重新添加
condaconfig --add channels https://xxxxx

6.4.依赖库文件缺失。

解决办法： 缺啥补啥
解决方案1：
解决方案2：
解决方案3：
解决方案4：

7.补充内容：axel

lscpu      ##查看cpu线程，核，用axel可以更改线程

二.环境变量

• $PATH 环境变量
• 命令执行的三要素

1.1.环境变量

1.1.1.echo

①打印字符串 ②打印变量的值，变量调用要加 $

常见的环境变量

$HOME 记录了用户的家目录所在的路径

PS1 命令行配色

 ①打印字符串

②打印变量的值

$ echo  $HOME
/trainee2/vip28

$ echo  $PS1
\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]

$ echo  $PATH
/trainee2/vip28/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin

想了解更多命令提示符的配色相关的内容： https://wangdoc.com/bash/prompt.html

1.1.2.  ~/.bashrc

~/.bashrc ：系统配置文件，包含专用于你的 bash shell 的 bash 信息、设置，每次登录或打开新的 shell 时，该文件会 被 自动读取和执行 。如果正确修改了 ~/ .bashrc ，需要 source

1.1.3.   $PATH

$PATH ： 输入命令时 Linux 会去查找 PATH 里面记录的路径，如果命令存在某一个路径中，就可以成功调用。

<PATH1>:<PATH2>:<PATH3>:------:<PATHN>

打个比方，PATH 是一个工具箱，有很多层（对应很多个路径），每一层放着各式各样的工具（对应各种命令）。

$ echo $PATH
/trainee2/vip28/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin

# 可以把 : 替换成换行符 \n 
$ echo $PATH | tr ':'  '\n'
/trainee2/vip28/miniconda3/condabin
/usr/local/sbin
/usr/local/bin
/usr/sbin
/usr/bin
/sbin
/bin
/usr/games
/usr/local/games
/snap/bin

# 比如 ls 命令存在
$ ls    
$ which ls   ##which可查看ls命令所在的位置
/bin/ls
 ls /bin     ##查看根目录下的bin

1.1.4.如何管理 $PATH

如何管理 $PATH ： 理解环境变量 $PATH 是非常重要的，对后续的环境和软件管理都非常重要。
推荐方法 ： 在自己家目录下创建一个 ~/bin/ 文件夹并将其添加到环境变量，后续手动安装的软件就可以将软件的 可执行文件 拷贝或软链接（绝对路径）到这个 bin 文件夹：
mkdir ~/bin
echo 'export "PATH=~/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

自己加一个变量：

 ##在家目录下创建一个bin文件夹

mkdir bin   

##把bin文件夹放到PATH里边去

echo 'export "PATH=~/bin:$PATH" ' >> ~/.bashrc

##还可以打开bashrc这个文件，直接往里边写

 ##编辑bashrc

vim ~/ .bashrc    

##对照export PATH="/trainee/Apr4311/miniconda3/bin:$PATH"，写入命令

export PATH="/trainee/Apr4311/bin:$PATH"    

##保存退出       

：wq   

  ## conda的特性，source完之后，都会回到base环境                      

  source ~/.bashrc或. ~/ .bashrc    

1.2.一个命令能被执行的三个要素

当我们输入一个命令，之所以能全局地调用，有三个条件要满足：
1. 这个命令的本体文件真实存在在服务器里 
2. 这个命令的本体文件有可执行的权限
3. 这个命令能被系统查找到（命令所在的路径在 $PATH 里有记录）
##在Linux里，一切皆文件，例如查看ls命令

尝试自己创建一个命令

##新建一个文件夹，写入一些东西

vim sayhi

##查看

cat sayhi

##查看文件存在服务器里

ll

##当作文件可正常运行

bash sayhi

##给它加上可执行权限
chmod u+x sayhi
##家目录不在path里边
./sayhi*      ##有可执行权限，可放在最前边当作命令来执行，所在的位置，家目录，不在path所在的位置，所以系统不能补全位置
为满足第三个条件，希望它能被系统找到，所以需要把它放到路径在path里边有记录的：
##移到已经在path里的bin里
mv sayhi bin   
##查看
ls bin/
##系统已经自动补齐，从头创建命令成功
sa

1.3.chmod

chmod +x bin/sayhi      ##加上可执行权限
chmod o+w bin/sayhi    ##给其他人加上可写的权限
chmod 777  bin/sayhi    ##任何人都可打开修改文献
遗落凡尘的萤火-生信小白
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