单细胞测序数据分析（2）- cell ranger使用前注意事项-学习笔记

参考网站：
单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项

下载好了数据，就要进行拆分了。
首先需要的是一个软件，sratoolkit .
在第一节的数据下载里就提及到要用的 fastq-damp,。

fastq-dump --gzip --split-files  SRR7722937.sra   

其中主要使用了三个参数：
–gzip：将生成的结果fastq文件进行压缩
–split-3：其实有点复杂：首先它是分割的意思，-3实际上指的是分成3个文件，它诞生的时间比较早，是在1000 Genome的Phase1阶段产生的。如果结果发现只有一个文件，说明数据不是双端(第三个文件太大会覆盖前两个)；如果结果有两个文件，说明是双端文件并且数据质量比较高(没有低质量的reads或者长度小于20bp的reads)；如果结果有三个文件，说明是双端文件，但是有的数据质量不高，存在trim的结果，第三个文件的名字一般是：<srr_id>.fastq， 而且文件也不大，基本可以忽略
-A：指定输出的文件名

 解压完会有三个文件，查看一下里面都是啥：
 zless -SN SRR7722937_1.fastq.gz | head     
 zless -SN SRR7722937_2.fastq.gz | head  
zless -SN SRR7722937_3.fastq.gz | head