单细胞测序学习记录20231126

上午

1，关于R4.3.2、scPred和Seurat5版本不兼容的问题

最初的目的是使用scPred官网的示例（Introduction to scPred • scPred (powellgenomicslab.github.io)）跑一遍，然后复现文章里的图。跑scPred示例的时候

query <- scPredict(query, reference)

报错，提示"assay" must be one of "RNA",not "data"。更改DefaultAssay()无效。询问后可能是Seurat版本不对，因为Seurat5的数据存储格式改变了。于是下载历史版本的Seurat。

但是R4.3.2一直安装不上Seurat4，4.3.1也装不上，所以去查了scPred用的R的版本，R4.1.0，安装R4.1.0后seurat4.3.0出现在已安装的程序包中，说明确实可能是R版本太高了装不了低版本的Seurat了，但是又出现好多其他包的版本对不上的问题。

于是下载了R4.1.3，仍然提示rtools版本不对，那就下载一个对应版本的rtools吧（镜像网站上有说明对应哪些版本可用The Comprehensive R Archive Network (tsinghua.edu.cn)）

下载rtools：

Sys.which("make")  #查看是否已安装make
pkgbuild::find_rtools(debug = TRUE)  #查看是否已安装rtools
R.version #查看当前R的版本

 从镜像网站上下载下来相应的.exe文件，然后双击开始安装就可以。rtools40还需要配置环境，镜像网站上也有教程，在R里使用下面的命令：

write('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', file = "~/.Renviron", append = TRUE)
# 配置环境

 就可以用rtools了。

下载scPred：

devtools::install_github("immunogenomics/harmony")
devtools::install_github("powellgenomicslab/scPred")

 使用 Seurat4.3.0 和 SeuratObject4.1.3 可以跑成功scPred的示例代码了。

2，关于seurat对象的rownames修改的问题

Seurat5中直接用rownames(Seurat_obj)<-...就可以改。

Seurat4中用上面的命令报错了：Error in dimnames(x) <- dn : 'dimnames'只能用于陈列。

下午

找到这个解决办法（How to change a gene name · Issue #1049 · satijalab/seurat · GitHub），虽然约等于没解决，但是来自seurat包的作者，可信度高哇。

所以就是说这个直接修改rownames(Seurat_obj)是不可行的，那么就试一下修改RNA里data的rownames吧，修改成功，并且再次rownames(Seurat_obj)也变成了新的gene名了。但是新的错误出现了, NormalizeData(Seurat_obj)的时候，报错：类别为“Assay”的对象不对: 'meta.features' must have the same number of rows as 'data'。

所以最后解决办法是：先更换RNA里的data的rownames，再用这个data重新建一个SeuratObject，然后在新的obj里做后续的分析即可。

晚上

hopf分岔学习，好像还是不太会在matlab里直接实现代码，熟练度根本不够，主要是这个知识原理还不太明白，导致算法不会写，最终导致代码敲不出来。希望明天可以想通hopf的原理。

今日总结

 解决了两个问题，其中第一个困扰我已久，今天有很大的进步，我真棒！

明日提醒

记得看论文，距离本学期汇报还有17天 。