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TCGA
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R语言TCGA数据库数据挖掘流程
郁柳_Fudan
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TCGA_筛选病人_radiation
筛选满足某一临床特征的病人,例如这里的接受过放射的病人原创 2022-07-19 00:33:02 · 1050 阅读 · 0 评论 -
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获取全面的TCGA临床数据,以及补充生存分析信息原创 2022-07-19 00:14:25 · 4848 阅读 · 5 评论 -
TCGA_联合GTEx分析2_查看批次效应
在TCGA_联合GTEx分析1_得到表达矩阵.tpm_老实人谢耳朵的博客-CSDN博客中,获取了TCGA和GTEx中样本的表达矩阵数据,数据格式均为tpm。本文对二者进行合并后,通过PCA分析、绘制内参箱线图等方法,查看是否存在批次效应。关于批次效应的说明,可参看批次效应(Batch effect)解读一、数据准备1 合并后的表达矩阵exp_tcga.tpm <- read.csv(file = "exp_tcga.tpm.csv", header=T, row.names=...原创 2022-05-08 12:12:49 · 6591 阅读 · 16 评论 -
TCGA_联合GTEx分析1_得到表达矩阵.tpm
TCGA联合GTEx分析1原创 2022-05-04 13:36:05 · 8159 阅读 · 19 评论 -
TCGA_DESeq2分析_TP vs NT
本篇是对“测序数据下载”、“DESeq2分析”的综合应用,因此会少一些说明:“测序数据下载”详见TCGA_改版后STAR-count处理方法_老实人谢耳朵的博客“DESeq2分析”详见TCGA_DESeq2分析_Gleason H vs L_老实人谢耳朵的博客一、数据下载library("TCGAbiolinks")library("rjson")1 下载tsv文件和json文件tsv文件下载:query <- GDCquery(project = "TCG...原创 2022-05-01 22:03:38 · 1027 阅读 · 4 评论 -
TCGA_相关信息汇总
一、TCGA条码(barcode)1 概念:条码(barcode)是TCGA纳入的每一个标本的专有标识符。2 结构:原创 2022-03-19 10:30:42 · 645 阅读 · 0 评论 -
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TCGA改版后,workflow.type只有STAR-counts数据,先对所尝试的几种处理方法进行记录:R version 4.1.2 ; TCGAbiolinks version2.23.11方法1最新版TCGA 矩阵整理,百分百复现成功_sayhello1025的博客-CSDN博客一、从TCGA网站上下载tsv文件query <- GDCquery(project = "TCGA-PRAD", #项目名 data.category =.原创 2022-04-25 15:21:09 · 10116 阅读 · 55 评论 -
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R包加载library("TCGAbiolinks")一、数据下载1GDCquery筛选数据query <- GDCquery(project = "TCGA-LIHC", data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.t.原创 2022-03-21 23:55:36 · 2084 阅读 · 5 评论 -
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一、数据下载1GDCquery筛选-GDCDownload下载-GDCprepare_clinic()读取 数据query <-GDCquery(project = "TCGA-LUAD", data.category = "Clinical", file.type = "xml")GDCdownload(queryDown, method = "api", dir.原创 2022-03-22 21:53:49 · 2530 阅读 · 0 评论 -
TCGA_DESeq2分析_Gleason H vs L
加载原创 2022-04-27 01:25:34 · 1140 阅读 · 2 评论 -
TCGA_不同gleason评分的 gene 表达
library("stringr")library("dplyr")library("ggplot2")library("readr")加载数据(将第1列转为行名):if(T){ dataFilt=read_csv(file = 'dataFilt.csv') dataFilt=as.data.frame(dataFilt) rownames(dataFilt)=dataFilt[,1] dataFilt=dataFilt[,-1] dataFilt=log(da.原创 2022-03-29 23:19:32 · 300 阅读 · 0 评论 -
TCGA_生存分析
library("survival")library("survminer")生存分析需要三个 vector,在一个dataframe中:生存时间,以mouths或者days作单位; 结局,"Dead"或者"Alive","Alive"是截尾数据,"Dead"是完全数据; 分组信息。Age_old vs young一、读入数据data_cl <- read.csv(file = "Results/测序or临床数据下载/data_cl.csv", header=T, r..原创 2022-04-29 20:46:33 · 7621 阅读 · 5 评论