数据库
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数据下载合集
郁柳_Fudan
一个关注R语言生信分析教程分享的博主,欢迎各位同道与我交流!
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ICGC数据库
ICGC囊括了TCGA、TARGET等数据库中的相关数据。exp_seq.PRAD-US.tsv.gz:测序数据。donor.PRAD-US.tsv.gz:临床数据。原创 2022-08-06 13:35:39 · 4354 阅读 · 0 评论 -
KEGG数据库
目录一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中,都会听说 KEGG富集分析,而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开发的KEGG数据库…KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是一个整合了基因组、化学等信息的综合性数据库。KEGG拥有多个子数据库,包含通路、基因组、生化反应、生化物质、疾病与药物等。一文快速读懂 KEGG 数据库与通路图 - 知乎。...原创 2022-08-05 19:36:52 · 2510 阅读 · 0 评论 -
MSigDB数据库
包括H(hallmarker gene sets)、C1(positional gene sets)、C2(curated gene sets)等。分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库,可与 GSEA 软件一起使用。1、在“Search Gene Sets”界面“Keywords”框中输入关键词,如“lactate”3、使用R包clusterProfiler读取.gmt文件。2、选中所需的基因集,并选择导出.gmt文件。MSigDB中的所有基因集被划分为。.........原创 2022-08-05 11:14:27 · 7111 阅读 · 1 评论