weixin_59289660的博客

常用的4中基因ID类型：Gene symbolEntrez IDEnsembl IDUniprot ID

的“Update Installed。

博主希望导出可编辑的高质量图片，试了很多种方法，还是导出。

这是2个步骤，不能因为一个函数可以完成（如DESeq2），就以为是一步！数据标准化是标准化、差异检验是差异检验。转录组不同分析用什么数据？

转录组测序中常见的数据类型有：raw_count、tpm、fpkm、rpkm。本文进行简单辨析：一、概念1 raw_countRNA-seq数据中，raw_count一般是指mapped到基因外显子区域的reads数目。比如说htseq，STAR，或者RSEM等NGS分析流程计算产生的counts值。其中RSEM(RNA-Seq by Expectation-Maximization)，考虑到一条read 可能会匹配多个exon位置，故而其产生的为expected_count。2 TPM

View(gene_cl)gene_cl 格式为 dataframe，想提取列名为 'Sample','SMC4','t_gleason_sum' 的3列，尝试以下三种方法：方法1library("dplyr")gene_gleason=select(gene_cl,'Sample','SMC4','t_gleason_sum')select(x,colname1,colname2,colname3...) 得到的 gene_gleason 为dataframe，且列名..

参考：【陈巍学基因】RNA-seq - 知乎一、基本原理去除rRNA、tRNA等干扰，因此利用高等生物的mRNA都有Poly(A)尾巴这个特点，用带有Poly(T)探针的磁珠与总RNA进行杂交。然后Poly(T)探针就和带Poly(A)尾巴的mRNA结合在一起，接下来就回收磁珠，然后把这些带Poly(A)的mRNA从磁珠上洗脱下来。第6步在cDNA两端加上A序列，再加上Y型序列，就成了标准的测序文库，这个标准的测序文库就可以拿到HiSeq测序仪上进行测序了。其中第4部得到的能够比对到基.

一、数据格式matrix 中只能有一种数据格式，全为 character 或者 numeric；dataframe 中可有多种格式，每列的格式相同。注意：将 dataframe 转为 matrix 时，如果 dataframe 中有字符串如“ACTB”等，会导致 matrix 中全部元素都变为 character 格式。二、dataframe中行名不允许重复matrix 中行名允许重复，dataframe 中行名不允许重复注意： 将有重复行名的 matrix 转为 datafra

现有一matrix如下：View(puried_data)write.csv(puried_data,file = 'puried_data.csv')尝试读入该matrix时遇到困难，puried_data1<- read.csv(file = "puried_data.csv")不仅rowname错误，colname也出现了乱码 ——列名乱码的原因下代码可正常读取：puried_data2<- read.csv(file =........

旧版本R包

参考：【陈巍学基因】RNA-seq - 知乎关于基因差异化的那些事 edger Deseq2和limma的使用及一些总​​​​​​结_forever luckness 的博客-CSDN博客_deseq2和limma补：芯片和高通量测序（HTS）基因芯片的差异表达分析而言，由于普遍认为其数据是服从正态分布，因此差异表达分析无非就是用t检验和或者方差分析应用到每一个基因上。目前在基因芯片的分析用的最多的就是limma。高通量一次性找的基因多，于是就需要对多重试验进行矫正，控制假阳性。高.