批量进行COX回归

单变量COX回归

result.uni_cox = data.frame(EnsemblID=NA,HR=NA,downCI=NA,upCI=NA,p.value=NA)
for(i in 1:304){                    #纳入的基因
  meta$gene = meta[,i]
  res <- coxph(Surv(pfs_time, pfs_status) ~ gene,   #可选
               data = meta)
  res1 = summary(res)
  
  result.uni_cox[i,1]=colnames(meta)[i]
  result.uni_cox[i,2]=res1$conf.int[1]
  result.uni_cox[i,3]=res1$conf.int[3]
  result.uni_cox[i,4]=res1$conf.int[4]
  result.uni_cox[i,5]=res1$waldtest[3]
} 

table(result.uni_cox$p.value<0.05) #统计显著基因数
gene_save = result.uni_cox$EnsemblID[result.uni_cox$p.value<0.05]#保存基因

• 输入数据 meta 的结构为：基因表达（z-score）+ 生存资料

meta

多变量COX回归