使用gce进行基因组survey

gce的使用方法：首先在github中下载安装包（https://github.com/fanagislab/GCE），解压，进入gce.1.0.2，使用make进行编译，编译后，使用gce进行基因组survey

在使用gce进行基因组survey时，一定要注意使用的命令，如果使用第一步的kmerfreq命令，就需要指定kmerfreq的位置，如果使用gce命令，就要指定gce的地址

第一步，获取测序数据的K-mer频率

./gce-1.0.2/kmerfreq -k 17 -t 10 -p ara cleandatalist
# -k 是kmer大小，一定要在13-19之间，不然会报错，
-p是输出文件前缀，
最后的cleandatalist是一个文件，里面每一行都是测序数据的地址，
具体样式见下图

运行之后会得到一个后缀是kmer.freq.stat的文件，我的前缀是ara，所以文件就是ara.kmer.freq.stat，使