生物信息学如何学习R语言（知乎高赞）

我本人是生物信息学专业，目前专注于 NGS 在肿瘤基因检测中的应用，就我的理解，讲一下 R 语言的学习顺序：

• 先学习基础 R；
  

• 然后学习 tidyverse；
  

• 最后学习业务知识。
  

那么我推荐书也按照这个学习顺序来。

1. 基础 R 语言

• 《An Introduction to R》（作者：Venables & Smith）

这本书是 R 语言官方文档的一部分，适合初学者入门，包括 R 语言的基本语法、数据类型、函数等内容。

• 《R 语言初学者指南》（作者：Phil Spector）

这本书从 R 语言的安装和基本操作开始讲起，逐步介绍了数据类型、控制结构和函数等内容，适合初学者入门。

• 《R 语言实战》（作者：Hadley Wickham）

这本书介绍了 R 语言的基本语法和数据结构，重点讲解了数据清洗、可视化和建模等方面的技巧。

• 《R 语言编程艺术》（作者：Norman Matloff）

这本书通过实例演示和代码分析，讲解了如何用 R 语言实现各种数据分析和统计算法，适合有一定编程经验的读者。

• 《R Graphics Cookbook》（作者：Winston Chang）

这本书介绍了 R 语言中各种图表的绘制方法，包括散点图、折线图、柱状图、箱线图等，适合需要进行数据可视化的读者。

2. tidyverse 系列

这里介绍两本有中文版的 tidyverse 系列书籍，当然中文版有些旧了，可以结合最新的在线版学习。需要说明的是，如果你认同 tidyverse 的理念，那么其官方网站的所有文档，都值得花时间认真学习。

• 《R 数据科学》（作者：Hadley Wickham）

这本书介绍了 tidyverse 系列包的基本使用方法，包括 ggplot2、dplyr、tidyr 等，适合进行数据分析和可视化的读者。

• 《ggplot2 数据分析与图形艺术》（作者：Hadley Wickham）

这本书介绍了 ggplot2 图形库的基本概念和使用方法，包括数据分组、坐标系、主题设置等。书中通过丰富的图例和实例，讲解了各种常见的图表类型，包括散点图、折线图、柱状图、箱线图、热力图等。同时，书中还介绍了如何进行图表的美化和定制，以及如何利用 ggplot2 进行交互式可视化。

3. 生物信息学领域

• 《Bioinformatics Data Skills》（作者：Vince Buffalo）

这本书介绍了生物信息学中的数据处理和分析技巧，包括 Linux 命令行、Python 和 R 语言等，适合进行生物信息学研究的读者。

生信方面为什么要推这本旧书呢？因为虽然年代久远，书中的一些通用的数据处理方法确没有过时。

• 《Bioconductor Case Studies》（作者：Hervé Pagès）

这本书介绍了生物信息学中的常见分析方法和工具，包括 RNA-seq 分析、ChIP-seq 分析等，通过实例演示和代码解析，适合进行生物信息学研究的读者。

R 语言数据分析，“包”治百病，而 bioconductor 收集了大量生物信息学领域的包，工作中很多问题都可以在上面找到相应的包来解决。

• 《Applied Bioinformatics》（作者：Paul M. Selzer）

这本书介绍了生物信息学中的基本概念和技术，包括序列比对、基因注释、蛋白质结构预测等，适合初学者入门。

• 《Bioinformatics and Functional Genomics》（作者：Jonathan Pevsner）

这本书介绍了生物信息学中的基本概念和技术，包括序列比对、基因表达分析、蛋白质结构预测等，适合进行生物信息学研究的读者。

• 《R 语言在生物信息学中的应用》（作者：许道溥）

这本书介绍了如何用 R 语言进行生物信息学分析和可视化，包括序列比对、基因表达分析等，适合进行生物信息学研究的读者。

4. 其他资源

此外，我还想推荐一些学习 R 语言的学习资源，以帮助大家更好地学习和掌握这门语言。

• RStudio：R 语言学习标配，不多解释。
  

• R 语言官方文档：R 语言官方文档提供了详细的 R 语言教程、函数说明和示例等内容，是学习 R 语言的重要参考资料。
  

• DataCamp：DataCamp 是一家在线数据科学学习平台，提供了各种数据科学和 R 语言的课程和实践项目，并且有一部分内容是免费的。
  

• Coursera：Coursera 是一家在线教育平台，提供了许多数据科学和 R 语言的课程，包括由 Johns Hopkins 大学开设的 Data Science Specialization 系列课程。
  

• Stack Overflow：Stack Overflow 是一个面向程序员的问答社区，提供了大量关于 R 语言的问题和解答，是学习 R 语言过程中的重要参考资源。
  

最后，罗马不是一天建成的，实践才能出真知。学习 R 语言同样需要耐心和毅力，只有不断地实践和探索，才能真正掌握这门语言，并且在实际应用中发挥出更大的作用。

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