Galaxy生信云|生物信息必备技能-出版级别的circos圈图绘制

Circos（Krzywinski等人，2009年）是一个用于以圆形布局可视化数据的软件包。这使得Circos非常适合探索对象或位置之间的关系。Circos图表已经出现在成千上万的科学出版物中。尽管最初设计用于可视化基因组数据，但它可以根据任何领域的数据创建图表。

文章图形复现

图形/数据来源：

Teles Alves I, Hiltemann S, Hartjes T, et al. Gene fusions by chromothripsis of chromosome 5q in the VCaP prostate cancer cell line. Hum Genet. 2013;132(6):709-713. doi:10.1007/s00439-013-1308-1

在这篇文章中，各种来源的数据被整合到一个综合的Circos图中。下面我们就来复现这个图，首先我们先了解一下Circos的基础。

1. Circos基础

1.1 外层骨架（Ideogram）

对于基因组数据，通常是染色体，但也可能是物种、基因，或者是另一个分辨率级别，这取决于你想要展示的关系。对于非基因组数据，这可能是人群中的个体、国家，或者是你想用来进行分组的数据的任何其他主要方面。

1.2 数据轨道（Data Tracks）

在骨架之内，我们可以绘制数据轨道。有不同类型的图表可用，例如：

• 散点图（Scatter plot）

• 线图（Line plot）

• 直方图（Histogram）

• 热图（Heatmap）

• 方块图（Tile）

• 文本（Text）

• 连接（Link）

• 条带（Ribbons）

轨道可以进行很多定制，一些相关的概念包括：

• Radius：轨道的半径决定了它在中心（0）和表意图（1）之间的位置。

• Rules：可以定义规则，根据数据点的值改变数据点的颜色，例如。

• Axes and backgrounds：可以在数据轨道上绘制轴和背景。

2. 复现步骤

工具位置：UseGalaxy.cn首页 > Graph/Display Data > Circos visualizes data in a circular layout

或者：https://usegalaxy.cn/root?tool_id=toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/circos/circos/0.69.8+galaxy12

2.1 数