本文回顾了RNA-Seq数据比对的历程，从2009年的Tophat，到2013年的Tophat2和STAR，再到2015年的HISAT，最后到2019年的HISAT2。这些工具不断发展，以提高速度和准确性，处理复杂的基因结构。目前，HISAT2和STAR是最流行的比对软件，STARsolo在单细胞测序领域应用广泛。
我们知道，mRNA 因为可变剪切丢失了内含子，因此不能像 DNA 数据那样简单地比对到基因组上。
如上图所示，mRNA reads 比对到基因组可能出现 3 种情况：
read 完全比对到 1 个 exon 内（红色）
read 跨越 2 个 exon（蓝色）
read 跨越 2 个以上的 exon（紫色）
过去的 10 多年，已经开发了多种比对工具来应对快速增长的 RNA-Seq 测序数据，本文就来盘点一下其中几个比较经典的工具。
2009 TopHat
TopHat 是一款经典的 RNA-Seq 数据比对软件，能够精确地将测序 reads 比对到基因组上。其利用 Bowtie 进行快速比对，并考虑了剪接事件，提高了对剪接变异的检测灵敏度。曾经 Tophat + Cufflinks 作为转录组数据分析的标准流程，不知帮多少人完成了毕业论文，可以说为转录组学的发展立下了汗马功劳。但江山代有人才出，随着新软件工具的出现，经典也逐渐落幕，现在已经是不推荐使用了。
2013 TopHat2
4年之后，TopHat 迎来了升级版，采用了更先进的比对算法，提供
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