EI：天大王灿+昆士兰郭建华揭示生物气溶胶是猪场耐药基因的重要传播途径

最新推荐文章于 2024-09-27 10:58:53 发布

刘永鑫Adam

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文章标签：人工智能编程语言大数据机器学习数据分析

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版权

本文转载自元哉生物

https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106559

提及“二师兄”，人们这些年可有说不尽的话题，从瘦肉精到非洲猪瘟，从平民价格到吃不起，殊不知，抗生素在猪场扮演的角色更让人值得关注，很多研究表明抗生素抗性基因在猪场含量高，传播广，那么，抗生素抗性基因在猪场主要传播途径有哪些呢？针对这个问题，天津大学王灿团队最近的研究成果表明：气溶胶是猪场抗生素抗性基因的重要传播途径。

研究背景

抗生素在全球畜牧业中广泛使用，畜禽粪便中存在大量的抗生素抗性基因（ARGs），传播到环境中，对生态系统和人类健康构成了威胁，但很少有研究关注空气传播的ARGs在养猪场中的分布情况。如猪场中粪便对其室内空气质量的影响作用，不同季节(冬季和夏季)时各种环境变化(如温度、速度、相对湿度和颗粒)对猪场空气中ARGs传播的影响，以及空气ARGs的主要传播途径均不清楚，本研究调查了规模化养猪场在冬季和夏季时空气和粪便样本的ARGs、移动遗传元件(MGEs)和细菌群落的变化。

研究结果

空气和粪便中ARGs和MGEs的变化

使用qRCR方法对一些目标ARGs/MGEs进行定量，比较空气中ARGs和MGEs浓度发现：冬季高于夏季，粪便样本中ARGs和MGEs丰度结果为冬季>夏季，而高丰度MGEs(Is613)可以增强ARGs在空气环境中的传播。

冬季和夏季（a）空气和（b）粪便中ARGs和MEGs丰度变化

空气和粪便中的细菌群落结构的变化

对微生物采用高通量16S测序，得到冬季和夏季空气和粪便样本中的细菌群落结构。门水平上，厚壁菌门占主要地位（≥51.2%）,属水平上，Clostridium、Streptococcus是所有样品中的优势细菌。而细菌群落多样性和丰度则表现出空气样本>粪便，夏季>冬季。

冬季和夏季（上）空气和（下）粪便中门水平微生物群落组成

冬季和夏季样品(a)Chao1指数和(b)四组的Shannon指数，属水平微生物群落的多样性、丰度和结构

ARGs、环境变量和细菌群落之间的关系

为了探究ARGs的分布和丰度与细菌群落之间的相关性，通过热图分析发现，Prevotellaceae 、Ochrobactrum与tetracycline有很强相关性，推测这些菌可能是空气样本中ARGs的潜在宿主。

研究还发现温度与空气中ARGs/MGEs和宿主细菌群落呈正相关，相对湿度与宿主细菌呈负相关，而PM2.5与空气中大部分ARGs/MGEs在夏季呈正相关，冬季呈负相关。

(a)冬季和(b)夏季空气传播细菌与ARGs在属水平上的相关性热图

环境变量（a、b、c、d）与ARGs和MEGs和宿主细菌群落的相关性变化

粪便对空气中传播细菌的贡献比例与传播途径

通过OTU网络图分析，粪便样品中特有OTU的比例（3.3±2.4%）低于空气样品中的比例（5.4±4.5%），冬季空气样品中独特OTU的比例（2.2±2.2%）低于夏季空气样品中的比例(8.7±3.6%)，计算粪便对空气中传播细菌的平均贡献比例C fw(59.4%)和C fs (19.9%)，分别在冬季和夏季，结果表明粪便传播是冬季猪场空气中细菌的主要来源。

通过网络分析ARGs、MGEs和细菌群落的共生互斥关系,冬季空气样本中IS613和intl 1（分别为转座子和整合子）与所有目标ARGs显著相关（p<0.05），冬季空气样本ARGs传播可能存在水平转移。夏季样本中的大多数ARGs亚型与细菌群落表现出高度共现，而不是MGEs，夏季空气样本中ARGs传播可能存在垂直转移。

（a）冬季和（b）夏季期间空气和粪便样本之间的重叠OTU（属）比例

(a)冬季和(b)夏季空气中ARG、MGE和细菌群落（门水平）之间的共生和互斥网络关系

本研究成果题为“Bioaerosol is an important transmission route of antibiotic resistance genes in pig farm”，发表在杂志Environment International（IF=9.621），天津大学宋璐为第一作者，王灿教授和昆士兰大学郭建华教授同为通讯作者，欢迎感兴趣的学者下载！

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