点击蓝字 关注我们
城市公园微型真核生物的跨生境迁移有助于维持生物多样性和生态功能
iMeta主页： http://www.imeta.science
综 述
● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.103
● 2023年4月17日， 中国科学院城市环境研究所杨军团队在 iMeta 在线发表了题为“ Linking biodiversity and ecological function through extensive microeukaryotic movement across different habitats in six urban parks ”的文章。
● 本研究发现城市公园不同类型生境中有高度多样化、但有差异的微型真核生物群落。 不同生境之间存在广泛的微生物迁移，这种微生物迁移有利于维持生物多样性和群落生态功能。
● 第一作者： 厉舒祯、 任可欣
● 通讯作者： 杨军 ( jyang@iue.ac.cn )
● 合作作者： 闫雪、Andrey N. Tsyganov、Yuri Mazei、Alexey Smirnov、Natalia Mazei、张怡悦、Christopher Rensing
● 主要单位： 中国科学院城市环境研究所、中国科学院大学、莫斯科国立大学、深圳理工大学生物学院、俄罗斯科学院生态与进化研究所、圣彼得堡国立大学、福建农林大学资源与环境学院
亮 点
● 城市公园微型真核生物跨生境迁移运动有助于生物多样性的维持
● 不同营养型真菌的迁移暗示微型真核生物的迁移在公园生态功能中起着重要作用
● 在特定类群（如有壳虫）中，V4区引物比V9区引物更准确，水生生境（水和沉积物）中的微型真核生物群落比陆地生境（苔藓、土壤和树洞）中的微型真核生物群落表现出更大的差异
视频解读
Bilibili： https://www.bilibili.com/video/BV15z4y1Y7Ba/
Youtube： https://youtu.be/vSI4wV52k5s
中文翻译、PPT、中/英文视频解读等扩展资料下载
请访问期刊官网： http://www.imeta.science/
全文解读
引 言
城市公园作为重要的城市绿地，在调节本地气候和促进人类身心健康方面发挥着重要作用。 公园也是微型真核生物的家园，微型真核生物包含广泛的形态多样、遗传多样和功能多样的类群，是微食物网中的重要营养级，对生态系统功能至关重要。 已有研究表明，城市公园是微型真核生物分类和功能多样性的热点区。 然而，在城市公园进行的大多数研究都集中在特定的生境（如土壤）和某些微生物类群，如真菌、原生生物或有壳虫。 这极大地限制了对城市公园整体微型真核生物多样性和分布规律的全面认识。 此外，土壤通常是大家关注的焦点，因为它拥有地球上最多样的微生物组，且对全健康（One Health）理念贡献很大，该概念强调人类和生态系统的健康与微生物组密不可分。 除了土壤，微型真核生物还生存在于城市公园其他邻近生境（栖息地），如苔藓、树洞、池塘水体和沉积物，而这些生态位在很大程度上仍然被忽视。
微生物可以主动或被动地在生境内或不同生境间迁移运动，有机体的运动是生命的基本特征。 运动使微生物能够聚集在有利的环境中，发现资源并躲避捕食者，运动对微生物群落水平上的多样性和动态起着重要作用。 然而，哪些微生物在迁移运动，特别是跨生境运动带来的生态和进化后果是什么，我们知之甚少，更不用说通过了解跨生境运动来丰富我们对微型真核生物在人类健康中作用的认识。 此外，管理城市微生物需要对生态模式和过程的前瞻性理解，这些生态模式和过程调节环境因素如何塑造微生物群落构建，并推动不同生境（栖息地）之间的迁移。 到目前为止，随机性和确定性过程在塑造城市多生境微型真核生物群落中的相对作用尚不清楚。 在此背景下，揭示微型真核生物的生物多样性和群落组成、群落构建过程，以及微型真核生物跨生境迁移运动，有助于更好地理解城市微生物生态。 这些认识有助于我们保护、恢复和管理城市公园生态系统。
基于18S rRNA基因的高通量测序已广泛应用于微型真核生物群落的分析。 在可变区中，V4区（约400 bp）和V9区（约150 bp）最常用于生物多样性和群落分析。 但是，目前哪个区域更加准确尚无共识，在以往研究中也观察到相互矛盾的结果。 此外，以往的比较主要集中在特定的类群，如纤毛虫和丝足虫，或有限的生境，如池塘和海水，这阻碍了不同研究间的直接比较，也影响了我们对微型真核生物多样性和运动特征的理解。
我们目前对城市公园的微型真核生物缺乏全面的认识。 了解公园不同生境微型真核生物多样性和潜在迁移运动，将有助于理解它们在调控城市环境健康方面的功能。 为了实现这些目标，本研究在不同的生境收集样本，包括苔藓、土壤、树洞、池塘水体和沉积物。 旨在解决以下问题： （1）不同生境微型真核生物的生物多样性和群落结构有何异同？ （2）微型真核生物在生境间的群落构建驱动力和迁移路径是什么，微生物的迁移对特定类群的生物多样性和功能有什么影响？ （3）基于V4和V9区测序的群落数据是否能得到相似的多样性模式？ 本研究首次对城市公园生态系统中微型真核生物的跨生境运动及其对生物多样性和生态系统功能的影响进行了分析。
结 果
城市公园的微型真核生物群落构成
我们对苔藓、土壤、树洞、水体和沉积物五种生境的微型真核生物进行了考察（图1A、B）。 所有样品的稀释曲线趋于平坦，说明测序深度已经足够（图S1）。 置换多元方差分析和层次聚类结果表明不同扩增区（V4和V9）对群落组成差异的贡献最大，其次是生境类型，而不同公园的影响最小（图1C和表S1）。 在土壤中观察到的分类多样性和系统发育多样性最高（图1D、E）。 值得注意的是，基于V9区得到的微型真核生物在分类和系统发育水平上多样性都比V4区的结果高。 在水体中，V4区得到的群落生态位宽度最大，而V9区得到的生态位宽度最小，说明不同“引物对”在水生环境微型真核生物分析结果中存在不一致（图1F）。
对于V4和V9区，在所有生境中分别得到2219个和3987个zOTUs（图S2A、B）。 V4和V9区在水体中分别得到了最少和最多的特有微型真核生物。 相比于V4区，V9区产生的群落有更多的Opisthokonta、Excavata、Stramenopiles、unassigned supergroups和更少的Alveolata、Amoebozoa、Rhizaria（图S2C、D）。 沉积物中Stramenopiles的相对丰度较高，而水体中Hacrobia的相对丰度较高（图S2E、F）。 在所有生境中，Opisthokonta都是最丰富的类群，其中V4区比V9区检测到更多不同营养模式的真菌类群，V4区检测到更高丰度的病原菌，V9区检测到更高丰度的腐生菌和共生菌（图S3A、C）。 土壤和沉积物中分别得到了最高和最低的真菌数量和丰度（图S3B、D）。 另外，我们对有壳虫的种属和丰度进行了统计，V4区共检测到7个属，且与之前显微镜计数得到的相对丰度相关性较高（ r > 0.9， p < 0.05）。 而V9区只检测到一个属（表S2）。
图1 城市公园不同生境及其微型真核生物群落α多样性
（A）厦门市5座采样公园（SLT-双龙潭公园、DPS-大屏山公园、HL-湖里公园、SL-上李公园、DLS-大轮山公园、XS-香山公园）。 中国地图上红星表示厦门的位置。 （B）五个采样生境，包括苔藓、沉积物、土壤、树洞和水体。 （C）180个样本的层级聚类，包括6座公园、5种生境和2个扩增区域，每个生境3份重复样品。 （D-F）基于18S rRNA基因V4和V9区得到的5种生境微型真核生物群落的α多样性（zOTUs丰富度、系统发育多样性和生态位宽度）。 在R中进行Wilcoxon显著性检验，不同字母表示两种生境差异显著。 红色字母表示V4和V9区结果间有显著差异。
群落不相似性和群落构建
非度量多维尺度（NMDS）分析清楚地显示了不同生境间显著的群落差异（图2A、B）。 基于V4和V9区的微型真核生物群落空间格局在苔藓、土壤、沉积物和树洞中表现出显著的相似性（ ρ = 0.407 - 0.700， p < 0.001），而在水样中群落相似性较低（ ρ = 0.281， p < 0.001）（图2C）。 各生境内部的群落不相似性在生境间和扩增区域间也有明显差异（图S4A、B）。 在群落形成过程中，物种的替换比嵌套贡献更大（图S4C、D）。
对于单个生境，群落中性模型的拟合度（R2）为苔藓 > 水体 > 树洞 > 沉积物 > 土壤，且随着生境数量的增加，模型R2值显著降低（图S5）。 此外，在单个或多个生境中，扩散限制是群落构建的主要驱动因素（图S6）。
图2不同生境微型真核生物群落β多样性
（A）V4和（B）V9区基于Bray-Curtis不相似度的NMDS分析； （C）V4和V9区产生群落Bray-Curtis不相似度的Spearman相关性。 ρ为相关系数，黑线为y = x。
微型真核生物跨生境迁移运动
土壤对水体中微型真核生物群落的贡献最大（V4区，45.30%； V9区，57.30%）（图3A、B），并且土壤被确定为微生物源的比例在所有生境中最高（图S7A）。 在V4区群落中（图3A），约37.84%的土壤微型真核生物可能来自水体，而45.30%的水体微型真核生物来自土壤，表明在水生和陆地生境之间有很高的迁移率。 在水生生境（沉积物和水）之内或陆地生境（苔藓、土壤和树洞）之内的连通性约为12-24%。 对于V9区群落（图3B），树洞和苔藓对土壤微型真核生物的贡献最大（分别为50.66%和34.08%）。 土壤中微型真核生物对沉积物（33.61%）和水体（57.30%）贡献很大，沉积物对土壤（24.04%）和苔藓（40.33%）贡献较大。 总体而言，V9区识别出比V4区显著（p < 0.05）更高的微生物源（图S7B）。
为了更深入了解城市公园中微型真核生物的运动（或连通性），我们首先在每对生境中确定了共有类群，并且发现这些共有类群在两两生境对之间的生态位宽度差异非常显著（p < 0.05）（图S8）。 这表明同一物种在不同生境的生态位宽度不同，即不同生境可承载的同一物种个体数量应该不同。 在此基础上，如果同一物种的丰度在相邻生境间没有显著差异，我们推断该类群可能发生了迁移。 结果表明，Opisthokonta最容易在生境间迁移，占全部迁移类群的一半，其次是Alveolata、Archaeplastida和Rhizaria（图S9A、B、C、D）。 我们发现不同的类群在相邻生境间迁移（图S9E、F）。 例如，在土壤和沉积物之间迁移的主要类群是Archaeplastida，而Rhizaria更容易从土壤迁移到苔藓和树洞。 总体而言，V9区得到的迁移类群数量和相对丰度均高于V4区。 考虑到真菌的不同营养模式，估计有几十个真菌类群在不同的生境之间迁移，包括病原菌、腐生菌和共生菌三种营养模式（图S10）。 其中病原菌更容易在苔藓和树洞之间，以及树洞和水体之间迁移（图3C、D）。 V4和V9区分别检测到大量腐生菌和共生菌在土壤和水体之间迁移。
图3微型真核生物在不同生境之间的连通性和潜在迁移的真菌类群
zOTUs水平（A）V4和（B）V9区的FEAST分析。 箭头的方向表示源-汇关系，百分比表示源的贡献。 （C）V4和（D）V9区各生境中特定营养模式的潜在迁移真菌类群的相对丰度。 在R中进行Wilcoxon检验，验证每对生境之间zOTUs的丰度是否存在显著差异。 如果同一真菌物种在两种生境的丰度没有显著差异，我们认为物种可能在两种生境之间发生了迁移。 x轴是两两生境对。 通过FUNGuild鉴定真菌营养模式。
讨 论
微型真核生物的迁移运动有助于维持生物多样性
在城市公园中，苔藓、土壤和树洞在内的陆地生境比水生生境（水体和沉积物）具有更高的α多样性（图1），这与先前一个关于细菌和原生生物群落的研究一致。 微型真核生物群落在邻近的不同生境中具有高度的差异（β多样性）（图2和S4），这表明每种生境都有助于城市公园生态系统的总体多样性（γ多样性）。
我们在这些相邻的生境之间观察到复杂的源汇关系（图3），这暗示了城市公园中微型真核生物的广泛的迁移线路。 土壤是地球上微生物多样性最大的储存库，我们也发现土壤具有最高的物种多样性，并为周围的生境，特别是水生生态系统贡献了最高的微型真核生物来源。 与此同时，包括苔藓、树洞、沉积物和水体在内的各种长期被忽视，但覆盖了大部分可供人们娱乐活动的开放空间的生境也具有相当的生物多样性和广泛的微生物交换。 这表明任何生境都有成为微型真核生物来源的潜力。 显然，这有利于生物多样性的维持，因为当环境条件波动时微型真核生物群落的汇可以成为源，源也可以成为汇，生物群落得以维持。
城市化已被证明会导致土壤微生物组的均质化，进而降低土壤微生物多样性。 从我们的结果来看，物种的替换，而不是嵌套在群落总差异中占主导地位（图S5C、D），这进一步表明在所有生境中保护生物多样性是同等重要的。 因此，我们建议更多地关注城市公园中多样的生境，并进一步研究微生物种群、群落的迁移，以更好地服务落实One Health理念。
微型真核生物的运动促进了微生物和功能的传播
微型真核生物群落的空间格局由生态位选择（生境）和地理距离（公园）共同影响形成（图1C和图2）。 单个生境内微型真核生物群落的形成过程中确定性过程和随机过程都很重要，不同生境间确定性的扩散限制导致了群落更替（图S5和S6）。
我们的分析揭示了城市公园不同生境间微生物的潜在迁移。 当考虑环境物质流作为微生物传播的一个因素时，许多联系是可以解释的。 例如： 考虑到雨水的径流，土壤作为水生生物的来源是合乎逻辑的假设。 这同样适用于树洞和苔藓与土壤的交换。 虽然水体和沉积物在水生生态系统中关系密切，但两者的源汇比例并不高（图3），证实了水和沉积物中的微型真核生物具有明显的差异。 然而，结果中超过一半的群落成员无法确定来源，这可能是由于每个生境中存在一些独特的物种，或者很大一部分物种仅在分子水平上被观测到。 微型真核生物可以主动移动，也可以被人类活动、野生动物、风、雨或其他未知的干扰引发被动地迁移运动。 了解微生物运动的驱动力非常重要，因为它可以帮助我们了解物种在充满微生物种子的生态系统中是如何分布的，并从“everything is everywhere”这一基本论断中阐明环境选择在城市生态系统中的作用。
我们进一步估计了不同生境间潜在迁移的微生物类群（图3）。 Opisthokonta是在不同生境间迁移的主要类群，而病原菌经常在苔藓、树洞和水体之间迁移，表明这些生境可能对人类健康构成更高的风险。 腐生营养和共生营养菌群承担着有机物分解和元素循环等重要功能，在生态系统功能中发挥着重要作用。 它们在各种生境中迁移，其中土壤和水体中的迁移最为活跃。 诚然，这种基于类群相对丰度的分析有一定的局限性。 一方面，不同栖息地的物种个体数量可能相近，但可能不是由迁移而来。 例如，不同栖息地之间的巨大距离和障碍使物种不可能迁移； 此外，一些生物因素（如相互作用和优先效应）可能会改变个体数量。 另一方面，物种在迁移后面临竞争优势或劣势时，可以在两种生境分别保持大和小的种群数量。 这是集合群落中物种共存的一个非常重要的机制，称为源-汇效应。 总的来说，尽管不可避免地存在假阳性和假阴性结果，我们尝试从物种比例深入考察到迁移类型和丰度等方面分析微生物来源。 此外，我们还发现了一致的规律，即源汇解释的百分比越低，潜在迁移类群的数量和丰度就越低（图3A、B和图S9）。 未来的研究希望能够通过运动生态学开发新的方法，以更好地研究微生物迁移的原因、机制和后果，并为城市生态系统管理和保护制定切实可行的策略。
基于V4和V9区的微型真核生物群落比较
基于V9区，我们发现了更高的分类多样性和系统发育多样性（图1），这与之前的一些研究一致。 然而V9区得到的许多微型真核生物属于未分类的（未知）类群（图S2），这表明V9引物的覆盖度或参考数据库可能存在不足。 通过显微鉴定城市公园有壳虫，以及分析显微镜计数与高通量测序之间的相关性，结果清楚地显示在该类群中V4区比V9区更准确（表S2）。
值得注意的是，与陆地生境（苔藓、土壤和树洞）相比，引物选择对水生生境（水体和沉积物）中微型真核生物群落结果的影响更大（图1和2）。 许多研究利用不同的可变区来评估微型真核生物多样性，例如两次大型环球海洋考察Malaspina 2010和TARA Oceans分别采用了V4和V9区扩增方法。 我们的分析表明，当研究集中于水生生态系统的微型真核生物，并进一步与陆地生态系统进行比较时，应该谨慎地选择引物，因为不同的引物对可能得到有选择性和有差异性的多样性结果。
结 论
我们的工作强调了高度多样、但有差异的微型真核生物生活在公园不同类型的生境，广泛的微生物迁移可以发生在陆地和水生生境之间。 微生物的迁移有利于生物多样性的维持和功能类群的交换，而后者对人类和环境可能产生有利或不利的后果。 我们鼓励未来的城市微生物组研究更多地关注多生境，在城市绿地三维空间中践行One Health理念，更好地将人类健康与微生物健康、环境健康联系起来。
方 法
采样
2020年7月在厦门市（24.48 N, 118.08 E）6座城市公园采集了样本，每座公园采集5种相邻生境（苔藓、土壤、树洞、池塘表层水和表层沉积物），每种生境3个重复，共90个样本。 有关样品处理、测序和序列质量控制的详细描述见补充材料（补充方法）。
数据分析
测序序列由UNOISE3算法生成zOTUs。V4区得到15112个zOTUs，每个样本86235个序列；V9区得到36726个zOTUs，每个样本206353个序列。少于10条序列的zOTUs被去除，以确保稀有物种不属于测序错误。为了便于比较，我们将V4和V9区的每个样本统一重抽到86235条序列。V4和V9区所获得的群落分别有15112和15440个zOTUs。通过对比PR2数据库（Release 115）得到物种分类信息。使用FUNGuild v1.2得到真菌不同功能类群。在属水平上对土壤和淡水中分布广泛的有壳虫原生生物进行统计，与我们之前的显微镜计数结果进行比较，探讨不同引物的准确性。其他统计分析在补充材料（补充方法）中描述。
微型真核生物在生境之间的连通性
不同环境可以选择不同的物种。我们进一步假设同一物种在不同生境中的生态位宽度不同，进而导致个体数量不同。如果这一假设得到验证，我们认为：如果一个物种的丰度在这两种生境之间没有显著差异，那么这个物种的个体可能在这两种生境之间发生了迁移。因此，我们首先筛选了在10个“生境对”中两两生境中超过一半样本中存在的zOTUs，认为这些zOTUs理论上可以在这对生境中存在。随后采用Wilcoxon成对检验，验证各生境对中共存物种的生态位宽度是否存在显著差异。最后，根据两种生境间zOTUs丰度的是否相似估算潜在迁移的物种。
代码和数据：
本研究的所有原始DNA序列都已保存NCBI数据库（SRA）中，登录号为PRJNA757135 （V4区，SRR15652301-SRR15652390 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/?term=PRJNA757135）和PRJNA753659
（V9区，SRR15435537‐SRR15435626, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject?term= PRJNA753659）以及NODE数据库（https://www.biosino.org/node/）（V4区，OEP002253；V9区，OEP001878）。用于分析和可视化的脚本存放在GitHub（https://github.com/Listen-Lii/MovementOfMicroeukaryotes）。所有的补充材料（图、表、脚本、摘要图、幻灯片、视频、中文翻译版本和最新资料）可以在DOI: 10.1002/imt2.103或http://www.imeta.science/上找到。
引文格式 ：
Li, Shuzhen, Kexin Ren, Xue Yan, Andrey N. Tsyganov, Yuri Mazei, Alexey Smirnov, Natalia Mazei, Yiyue Zhang, Christopher Rensing, and Jun Yang. 2023. “Linking Biodiversity and Ecological Function Through Extensive Microeukaryotic Movement Across Different Habitats in Six Urban Parks.” iMeta . e103. https://doi.org/10.1002/imt2.103
作者简介
厉舒祯（第一作者）
● 中国科学院城市环境研究所，水生态健康研究组，博士后
● 研究方向为微生物生态学，以第一作者在iMeta、Molecular Ecology Resources、Journal of Hazardous Materials等期刊发表论文7篇。担任iMeta期刊青年编委，Frontiers in Microbiology期刊Review Editor，Journal of Environmental Sciences、Journal of Hazardous materials、Environmental Research、Microbiology Spectrum等期刊审稿人
任可欣（第一作者）
● 中科院城市环境研究所，水生态健康研究组，助理研究员
● 研究方向为原生动物分子生态学，相关学术成果已发表于iMeta、Water Research、Microbiome等期刊，主持国家自然科学基金1项，担任iMeta期刊青年编委
杨军（通讯作者）
● 中国科学院城市环境研究所，研究员
● 以生态健康为视角，聚焦水生态安全和微食物网，研究饮用水源地、景观水体等城市水环境微生态学问题，为城市水环境保护和生态管理提供对策与依据。先后承担国家自然科学基金委、科技部、中科院、福建省等科研项目20多项，获得厦门市杰出青年基金、福建省杰出青年基金资助。发表学术论文140多篇，包括ISME Journal、Microbiome、Environ International、Water Research、Limnology and Oceanography、Environmental Science & Technology等SCI论文118篇。担任福建省流域生态重点实验室主任、中国科学院城市环境与健康重点实验室副主任。中国生态学学会淡水生态专业委员会副主任委员、中国海洋湖沼学会湖泊分会常务理事、中国地理学会湖泊与湿地研究分会委员、中国动物学会原生动物学分会理事。兼任Microbiome等8个期刊的编委
更多推荐
（▼ 点击跳转）
iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法
iMeta | 浙大倪艳组MetOrigin实现代谢物溯源和肠道微生物组与代谢组整合分析
iMeta | 高颜值绘图网站imageGP+视频教程合集
1卷1期
1卷2期
1卷3期
1卷4期
2卷1期
期刊简介
“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。 目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。 目标是发表前10%(IF > 15)的高影响力论文。 期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。 2022年2月正式创刊发行！
联系我们
iMeta主页： http://www.imeta.science
出版社： https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x
投稿： https://mc.manuscriptcentral.com/imeta
邮箱： office@imeta.science
扫一扫
973
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
