mSystems | 浙大乐敏组揭示沙门菌可移动元件介导驱动耐药性传播的关键因素

移动组驱动的沙门菌抗性组分布

Article，2023-9-11，mSystems，[IF₅ 7.3] 

DOI：10.1128/msystems.00883-23

第一作者：Chenghao Jia (贾程皓)；Zining Wang (王子凝)

通讯作者：Min Yue (乐敏)

合作作者：Biao Tang (唐标)

主要单位：

浙江大学动物预防医学研究所 (Institute of Preventive Veterinary Sciences and Department of Veterinary Medicine, Zhejiang University College of Animal Sciences, Hangzhou 310058, China)

浙江大学海南研究院 (Hainan Institute of Zhejiang University, Sanya 572000, China)

浙江省农业科学院(State Key Laboratory for Managing Biotic and Chemical Threats to the Quality and Safety of Agro-Products, Institute of Agro-Product Safety and Nutrition, Zhejiang Academy of Agricultural Sciences, Hangzhou, China)

浙江大学医学院附属第一医院(The First Affiliated Hospital, College of Medicine, Zhejiang University, Hangzhou 310003, China)

细菌耐药性被认为是21世纪人类社会发展最重要挑战之一。目前认为染色体点突变和由于可移动原件介导的耐药基因水平传播是沙门菌获得耐药性的两大重要途径。但受制于二代测序技术的限制，目前对可移动元件在沙门菌耐药性获得上发挥的作用尚无系统性评价。使用基因组完成图数据进行评估是补齐该短板的重要手段。为了构建沙门菌基因组完成图数据库，研究人员搜集了从1911年至2022年期间来自58个国家的1817株沙门菌基因组完成图数据。针对可能导致耐药基因传播的五种可移动原件（转座子，整合子，前噬菌体，质粒，沙门菌基因组岛）进行了关联分析。结果表明，可移动原件是耐药基因在不同血清型沙门菌群体中传播的驱动力。通过对不同种类可移动原件所携带的耐药基因定量分析，研究人员发现质粒相较于其它可移动原件而言，是沙门菌中耐药基因最大的储库。其中以“IncHI2, IncHI2A”型质粒，和“IncA/C2”型质粒最为突出。有趣的是，研究人员在沙门菌前噬菌体区域发现了种类丰富，且数目繁多的耐药基因，证明人们可能低估了噬菌体在沙门菌耐药性获得中扮演的重要角色。结果发现RCS47和SJ46两种存在于肠杆菌科中的前噬菌体不仅有能力携带常见的耐药基因，而且对blaNDM，mcr以及tet(X)三种关键耐药基因也有介导作用（图二）。此外研究人员发现转座子，整合子及沙门菌基因组岛上尽管携带的耐药基因种类、数目并不及质粒和前噬菌体，但它们也在沙门菌耐药性的传播和获得中发挥了潜在影响。

图2 由可移动原件携带的blaNDM，mcr以及tet(X)类耐药基因

进一步，研究人员还探究了全球社会经济因素对可移动原件介导的耐药基因影响。结果表明在发展中国家可移动原件介导的耐药基因数目往往高于发达国家。有趣的是，随着人均GDP的增长，不同可移动原件介导的耐药基因下降趋势也存在差异。质粒所携带的耐药基因往往是下降速度最快，这表明随着卫生的改善，由质粒所介导的耐药基因传播频率可以得到更好的控制，从而减缓耐药沙门菌传播。该研究为后续开展制定针对性的减抗政策提供了科学依据。

- 作者简介 -

第一作者

浙江大学

贾程皓

博士

贾程皓，浙江大学动物科学学院博士研究生，主要研究方向为致病性病原菌遗传演进因素及驱动机制。目前已发表SCI论文14篇。其中以第一作者/共同第一作者在mSystems、 Microbiology Spectrum、 International Journal of Food Microbiology、Frontiers in Molecular Biosciences等杂志发表学术论文4篇。

浙江大学

王子凝

硕士

王子凝，浙江大学动物科学学院硕士研究生，主要关注动物性食品安全，人畜共患病细菌性病原流行，以及病原菌宿主适应性变化的影响机制等。目前在EMBO Molecular Medicine、mSystems、International Journal of Food Microbiology期刊发表论文。

通讯作者

浙江大学

乐敏

研究员

国家高层次人才青年（2017），浙江省海外高层次人才引进计划特聘专家（2018），浙江省杰出青年基金获得者（2019）；2010.7-2017.2美国宾夕法尼亚大学工作；一直致力于病原基因组与生物安全研究。聚焦人兽共患病菌——沙门菌，利用微生物组等大数据分析并结合系统生物学手段，解析了病菌流行传播规律，揭示了病菌跨种感染与持续感染机制，构建了病原大数据预警与风险评估平台。承担国家重点研发计划课题和国家基金等十余项，以通讯作者在Nat Sci Rev，Nat Commun, EMBO Mol Med, Clinical Infect Dis等发表论文80余篇，引用近3000次，高被引论文五篇。入选美国斯坦福大学和爱思唯尔(Elsevier)发布第六版《2022年度全球前2％顶尖科学家榜单》（World’s Top 2% Scientists in Microbiology, Veterinary Sciences and Biomedical Research）。曾获Publons全球同行评议奖、美国微生物学会少数族裔杰出导师奖。受聘联合国FAO/WHO专家JEMRA(2023-2027)参与全球沙门菌风险评估修订。曾为中国科协提交两份有关人兽共患致病菌和细菌耐药性的内参报告。

目前团队正在招聘副研究员／助理研究员（共三人），博士后（3-5人）。

主要研究方向为：

1. 生物化学与细胞生物学

2. 微生物学与合成生物学

3. 生物信息学与大数据分析

请准备好最新简历／CV，附代表性SCI论文（第一作者）首页，发送到myue@zju.edu.cn 同时cc抄送 tangbiao@ucas.ac.cn，以便统计统一安排面试。此外团队正积极招聘全职科研助理1-2名。

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