NAR：ResFinderFG v2.0通过功能宏基因组学获得的抗生素耐药基因数据库

第一作者：Rémi Gschwind

通讯作者：Rémi Gschwind

DOI：10.1093/nar/gkad384

 图文摘要 

 成果简介 

近日，法国巴黎城市大学Rémi Gschwind等在Nucleic Acids Research上发表“ResFinderFG v2.0: a database of antibiotic resistance genes obtained by functional metagenomics”的论文，简要内容如下：

宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因(ARGs)的传播。在ResFinder和CARD等数据库中发现的ARGs主要来自可培养细菌和致病菌，而来自不可培养细菌和非致病菌的ARGs仍未得到充分研究。功能宏基因组学基于表型基因选择，可以从不可培养的细菌中鉴定出与已知ARGs共享潜在低身份的ARGs。2016年，ResFinderFG v1.0数据库创建，用于收集功能宏基因组学研究中的ARGs。本文介绍了数据库的第二个版本，ResFinderFG v2.0，它可以在基因组流行病学中心web服务器(https://cge.food.dtu.dk/services/ResFinderFG/)上获得。它由通过功能宏基因组学从50个数据集中鉴定的3913个ARGs组成。与其他流行的肠道、土壤和水(海洋+淡水)全球微生物基因目录(https://gmgc.embl.de)数据库相比，作者评估了该数据库检测ARGs的潜力。ResFinderFG v2.0允许检测使用其他数据库未检测到的ARGs。其中包括对β-内酰胺类、环霉素、苯酚、糖肽/环丝氨酸和甲氧苄氨嘧啶/磺胺具有耐药性的ARGs。因此，ResFinderFG v2.0可用于识别与传统数据库中发现的ARGs不同的ARGs，从而改进对抗性组的描述。

上述内容属个人理解，仅供参考，详情请查阅原文。

文章链接：

https://doi.org/10.1093/nar/gkad384

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