菌根塑造的微生物组中细菌-真菌-植物三重共生驱动植物生长和菌根化
A tripartite bacterial-fungal-plant symbiosis in the mycorrhiza-shaped microbiome drives plant growth and mycorrhization
Article：2024-01-19，Microbiome，[IF 16.837]
DOI：https://doi.org/10.1186/s40168-023-01726-4
第一作者：Changfeng Zhang
通讯作者：Roeland L. Berendsen
主要单位：荷兰乌得勒支大学
- 摘要 -
植物微生物群在营养循环和植物生长中起着至关重要的作用，并由植物、微生物和环境之间的复杂相互作用所塑造。细菌作为大多数陆地植物和丛枝菌根真菌之间长达4亿年的伙伴关系的中介作用仍然知之甚少。在这里，我们测试AM菌丝相关细菌是否影响AM共生的实现。
我们通过包含田间土壤的分隔微宇宙实验，发现AM菌丝和根系从周围的土壤中选择性地组装其微生物群。在两个独立的实验中，我们鉴定了包括Devosia在内的几个细菌属，它们始终AM菌丝上具有较高丰度。随后，我们从富含菌根的根外菌丝样品中分离出144株纯细菌，并分离出Devosia sp. ZB163作为根和菌丝的定植菌。我们表明，这种AM相关细菌与植物根部的菌根协同作用，强烈促进植物生长、氮素吸收和菌丝化。我们的结果强调了AM真菌不是孤立地发挥作用，植物-菌根共生体可以招募到支持共生的有益细菌。
- 结果 -
图1 富含 AM 真菌的菌丝样本含有与根和土壤样本不同的细菌微生物组。
A. 实验 I 中 5 微宇宙隔室的示意图。隔室 (COMP3) 填充有 30% 的有机 (OS) 或常规 (CS) 土壤，而 COMP1、2、4 和 5 则填充灭菌基质。根通过具有 30 µm 孔的过滤网（白色虚线）包含在 COMP3 中，而额外的 AM 菌丝则通过具有 1 µm 孔的过滤网（绿色虚线）限制进入 COMP1。
B. 使用 OS 中生长的植物的根、土壤和菌丝样本中的 Bray-Curtis 距离进行真菌群落的 PCoA。
C. OS 中生长的植物的根、土壤和菌丝样本中细菌群落的PCoA, (B) 和 (C) 中的形状描绘了不同的隔间。
D. COMP3 的根和土壤样品以及 COMP5 的菌丝样品中真菌门的相对丰度。
E 实验 I 中根、土壤和菌丝样本中Glomeromycota spp.的相对丰度。
图2 富含菌根的菌丝样本含有与其周围土壤不同的细菌微生物组。
A 实验 II 中 5 隔室的示意图。所有隔间均填充有 30% 的未灭菌有机土壤 (OS)，并与 Oil-Dri 和沙子混合。根通过 30 µm 过滤器（白色虚线）包含在 COMP3 中，而额外的 AM 菌丝则通过 1 µm 过滤器（绿色虚线）限制在 COMP1 和 2 中。
B-C 使用 Bray-Curtis 距离对 OS 中生长的植物的根、土壤和菌丝样本中的真菌群落进行 PCoA。OS 中生长的植物的根、土壤和菌丝样本中细菌群落的 PCoA。
D 实验 II 中根部 (COMP3)、土壤 (COMP1 至 5) 和菌丝样品 (COMP5) 中真菌门的相对丰度。相对丰度低于 1% 的门被聚集并归类为低丰度。
E 实验 II 中根、土壤和菌丝样本中Glomeromycota spp.的相对丰度。
图3 菌丝 ASV 的丰度与根和土壤样本相同。
A 实验 I 的根、菌丝和土壤样品中独特和共享细菌 ASV 的维恩图。标明了每个隔室的 ASV 数量。颜色表示菌丝和土壤（橙色）、根（灰色）或两者（紫色）之间共享的细菌 ASV。
B 菌丝样本的 B 桑基图共享每种样本类型中 ASV 的 RA。颜色描绘了与土壤（橙色）、根（灰色）或土壤和根（紫色）共享的菌丝 ASV。
C 土壤、根和菌丝样本之间共享的 ASV 门级丰度的条形图。左侧的垂直色条表示与土壤、根或土壤和根共享的菌丝门。堆栈条的颜色描绘了细菌门。相对丰度低于 0.1% 的门被聚集并归类为低丰度。
D 实验 II 的根、菌丝和土壤样品中独特和共享的 ASV 的维恩图。
E 菌丝样本的关键图在每个样本类型中共享 ASV 的 RA。
F 土壤、根和菌丝样本之间共享的 ASV 门级丰度的条形图。这里仅考虑存在于 > 3 个样本中的 ASV
图4 在两个实验中，特定的细菌属和ASVs始终在菌丝上富集。
A 两个实验中菌丝和土壤样本上细菌属的出现。
B 在实验I和II中，菌丝样本上始终出现的细菌属的相对丰度以及在菌丝样本中始终显著富集的属的相对丰度。
C 在两个实验中，菌丝样本中始终显著富集的属的相对丰度。ANPR：Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium。
D 条形图显示了实验 I 和 II 中与土壤样品相比，菌丝中持续富集的六种细菌 ASV 的平均相对丰度。
图5 Devosia sp. ZB163从真菌菌丝中分离出来，但在根上富集并促进植物生长。
A 实验一中根部、菌丝和土壤样品中所选 ASV 的相对丰度。样品类型用颜色表示。每个选定的 ASV ID 与选定的相应细菌分离株（具有匹配序列）一起标记。
B 9周龄的Prunella植物的茎干干重。
C 细菌处理之间的 AM 真菌定植百分比比较。(B)和(C)的显着差异用字母表示。
图6 Devosia 促进植物生长、菌根化和氮素积累。
A-E 箱线图显示了在高压灭菌土壤（对照）或接种的 8 周龄夏枯草植物中的 A 芽干重、B 根干重、C 每个根系被 AM 真菌定植的百分比、D 芽 N 积累量和 E 芽 P 积累量与 Devosia sp. ZB163、R. irregularis (AM), 或两者共生体。在第6、7和8周，用不含N和P的改良Hoagland溶液浇灌植物。
F 夏枯草植物在收获前的照片。红色圆圈表示后来发现被 AM 真菌定殖的植物。
图7 Devosia sp. ZB163和AM真菌可以协同促进植物生长和植物N和P的积累。
A-E 箱线图显示了A 茎干干重，B 根干重，C 每个根系被AM真菌定殖的百分比，D 茎N积累，和E 8周龄的茎P积累。
F Prunella植物在收获前的照片。两株经 AM 处理的植物在移植后不久就死亡，未在小组中考虑。
图8 Devosia sp. ZB163的丰度与植物重量、菌根化以及N和P积累显著相关。
A 接种模拟溶液（对照）Devosia sp. 的无菌土壤中植物根部 Devosia DNA 绝对丰度的箱线图。ZB163 (Devosia)、R. irregularis (AM) 或两者共生体。字母表示通过 ANOVA 与 Tukey 的 HSD 测试确定的显着差异。
B–F Devosia DNA 绝对丰度与 B 植物总氮积累量、C 地上部干重、D 根干重、E 菌丝定殖和 F 植物总磷积累量之间相关性的散点图。使用线性回归确定其相关性和概率。
参考文献
Zhang, C., van der Heijden, M.G.A., Dodds, B.K. et al. A tripartite bacterial-fungal-plant symbiosis in the mycorrhiza-shaped microbiome drives plant growth and mycorrhization. Microbiome 12, 13 (2024). https://doi.org/10.1186/s40168-023-01726-4
- 通讯作者简介 -
乌得勒支大学
Roeland L. Berendsen
研究员
Roeland Berendsen是荷兰乌得勒支大学环境生物学研究所植物-微生物相互作用小组的研究员，目前在Cell、PNAS、ISME和Microbiom等国际知名期刊发表文章50余篇，总引用超1.1万次。他目前的研究重点是植物和微生物之间相互作用，以及从植物到根部微生物组的“求助”相关的植物免疫响应研究。Roeland Berendsen还特别关注植物吸引这些微生物的机制，从而保护追随者以及这种遗传对后代植物的重要性。他的研究小组致力于制定可持续农业政策奠定了科学基础，以减少化肥或杀虫剂的使用。
个人主页：https://www.uu.nl/staff/RLBerendsen/
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