CGM将于北京时间4月22日星期一7:00 PM举办在线沙龙活动。本期活动，我们联合植物微生物组公众号和iMeta期刊设置“微生物组”专题，并就主题“植物功能微生物组与合成菌群设计”（更多主题见文末）邀请到西北农林科技大学岳红博士带来“小麦基因型特异招募的耐旱功能微生物”、中国科学院分子植物科学卓越创新中心王明星博士带来“定量微生物组的农业应用”、瓦赫宁根大学荆佳伊博士生带来“定制功能性微生物合成群落的方法综述”、中国农业科学院农业资源与农业区划研究所张俪予博士带来“长期施肥下玉米微生物组组装机制与固氮潜力研究”和武夷学院辛伟博士带来“定制功能性微生物合成群落的方法综述”的分享，并邀请到何晓青教授（北京林业大学）、王孝林教授（华南农业大学）和时玉教授（河南大学）作为特邀嘉宾参与植物功能微生物组与合成菌群设计相关的交叉话题展开讨论，敬请期待！
会议时间：2024年4月22日19:00
腾讯会议：851-8228-1704（限300人，结束后半小时B站账号CGMonline可收看回放）
嘉宾简介：岳红
岳红，博士，2016年博士毕业于西北农林科技大学，2019年就职于西北农林科技大学，从事植物抗逆分子生物学基础，极端环境下抗逆种质资源的挖掘、植物与微生物互作等研究。主要研究成果以第一作者在在 Microbiome、Science of The Total Environment、Plant biotechnology journal、Bioresource technology等期发表论文。
研究方向：植物微生物组
内容摘要
未来干旱的严重程度和频率将大幅增加，使农作物产量显著降低。调控根际微生物组能够有效的缓解农业生态系统的干旱胁迫。然而，对于抗旱植物如何通过招募特定根际真菌来增强干旱敏感品种的抗旱性仍知之甚少。我们利用扩增子和宏基因组测序技术，对抗旱和干旱敏感小麦根际微生物群落的组成特征和功能特征进行研究，挖掘影响根形态特征的微生物关键分类群，利用RNA-seq和RT-qPCR探讨了根际微生物如何改变植物对干旱胁迫响应特性的机制。
结果表明寄主基因型、区室生态位和种植地点共同影响根际微生物组的组装和功能，并且宿主基因型对真菌群落的影响更大。抗旱小麦品种（运旱618）比干旱敏感品种（中国春）具有更高的微生物群落多样性，更复杂的微生物界间网络。宏基因组分析进一步表明，抗旱品种的根际微生物组在能量代谢，特别是碳循环方面的投入较高，通过干旱诱导的反馈调控形成了它们独特的耐旱性。此外，抗旱品种富集的M.alpina通过调控CIPK9和PP2C30通路，激活干旱响应基因来提高干旱敏感小麦的抗旱性。然而，干旱敏感品种富集的E.nigrum和M.alpina具有显著的生态作用分化，当共定殖E.nigrum和M.alpina时，小麦的侧根和根毛被显著抑制，从而降低其抗旱性。该研究阐述了抗旱品种及其根际微生物群之间关键生态互动，并对具有相应功能的有益微生物菌群助力可持续农业提供理论参考。
关键词：小麦、根际、微生物组、干旱、多组学
参考文献：
YUE H, SUN X, WANG T, et al. 2024. Host genotype-specific rhizosphere fungus enhances drought resistance in wheat. Microbiome [J], 12: 44.
嘉宾介绍：王明星
王明星，中国科学院分子植物卓越创新中心博士后研究人员，主要从事植物与微生物互作方面的研究。累计发表SCI论文8篇，其中以第一作者或共同第一作者身份在Nature Communications、Nature Plants、Journal of Integrative Plant Biology等期刊发表3篇文章。曾获得上海市“超级博士后”激励计划、国家资助博士后研究人员计划C档、上海市植物生理与分子生物学学会科研新星奖等荣誉。
内容摘要
根际微生物组被称为植物的“第二基因组”，在植物生长、发育和健康等方面发挥了重要的作用。植物与其根际微生物之间的相互作用是非常复杂和动态的，受到植物发育和土壤环境的强烈影响。然而，传统的相对定量分析方法阻碍了人们对根际定量微生物组如何动态响应不同土壤条件的理解。因此，该研究进一步完善了作者此前参与开发的定量微生物组分析方法，并使用该方法详细描述了大豆根际微生物组对不同施肥处理的动态响应特征。通过持续40多年不施氮肥、磷肥或钾肥的黑土试验地发现，长期不施氮肥并不影响大豆的产量，甚至还有平均9%左右的增产。定量微生物组分析结果表明，长期不施氮肥塑造了独特的根际微生物群落演替模式，而长期不施磷肥则阻碍了根际微生物群落的发育，并普遍降低了根际微生物的丰度。重要的是，该研究还发现低氮条件增强了大豆与根瘤菌间的共生关系，而且低氮富集的根际微生物合成群落能够通过产IAA、ACC脱氨酶以及溶解无机磷等多种有益功能促进大豆生长。这项基于定量微生物组的研究为根际微生物群落的动态组装提供了新的见解，凸显了根际微生物群落在替代氮肥以保障大豆产量方面的潜能，为大豆“减肥增效”提供了理论基础和技术支持。
关键词：大豆，施肥，根际微生物组，宏基因组，合成群落
参考文献：
WANG M, GE A-H, MA X, et al. 2024. Dynamic root microbiome sustains soybean productivity under unbalanced fertilization. Nature Communications [J], 15: 1668.
嘉宾介绍：荆佳伊
荆佳伊，瓦赫宁根大学（生物信息学）与荷兰皇家生态研究所（微生物生态）联合培养博士（2021-2025），主要研究方向为抑病土壤的病害防治机理。研究兴趣包括：合成群落的设计，生物合成基因簇挖掘，微生物生态，抑病土壤等。
内容摘要
自然生态系统蕴藏着大量分类多样的微生物，这些微生物对植物生长和健康非常重要。土壤微生物的多样性及其复杂的相互作用使得确定微生物为植物提供的生命支持功能的重要参与者变得具有挑战性。设计简化的微生物合成群落 (SynComs) 有助于降低这种复杂性，从而揭示分子和化学基础以及特定微生物组功能的相互作用。虽然合成群落已成功用于剖析微生物相互作用或重现微生物组相关表型，但这些群落的组装和重建通常基于通用丰度模式或分类学基础和共现性分析，但很少了解功能特征。在本次分享中，我们将回顾最近关于设计功能性 合成群落的研究，以讨论合成群落设计的多维方法。我们提出了一种基于高通量实验分析与生物信息学方法结合的定制功能性 合成群落设计的概念性框架设想。
关键词：合成群落，生物合成基因簇，功能基因，GSMMs
参考文献：
JING J, GARBEVA P, RAAIJMAKERS J M, et al. 2024. Strategies for tailoring functional microbial synthetic communities. The ISME Journal [J], 18: wrae049.
嘉宾简介：张俪予
张俪予，博士，2023年毕业于中国农业科学院农业资源与农业区划研究所；毕业后继续在该所从事博士后工作。主要专注于玉米微生物组组装机制与固氮潜力研究，研究成果在Nature Communications、New Phytologist、Soil Biology and Biochemistry、Science of the Total Environment等期刊发表论文8篇；申请发明专利4项；同时获得2023年度博士后创新人才计划A类资助。
内容摘要
玉米微生物组在促进养分吸收、抵抗胁迫环境和调节生长发育等方面发挥重要作用。然而，有关不同营养条件下玉米微生物群落组装过程和关键功能菌作用机制还没有得到系统认识。本研究依托位于红壤、潮土和黑土3类土壤的6个长期施肥定位试验，利用扩增子测序、基因组学、代谢组学等现代分子生态学方法，研究不施肥、施用化肥、有机-无机配合施肥制度下玉米根、茎、叶等不同部位细菌群落结构和功能特征，利用固氮菌靶向筛选和合成菌群构建，探索并验证玉米核心固氮菌群功能潜力。取得的主要进展如下：
（1）阐明了长期施肥下根际土壤微生物群落结构和功能特征。宿主选择、土壤类型和施肥处理等确定性过程共同塑造了根际微生物组的结构和功能。在长期不施肥条件下，为了适应养分胁迫环境，玉米从土壤中招募了更多参与碳、氮、磷循环和嘌呤代谢等功能的根际微生物，尤其是一些关键的固氮微生物，然而这些有益功能在不同的土壤中由不同的物种执行完成，表明玉米基于功能需求的根际微生物组装策略
（2）揭示了长期施肥下玉米内生微生物组组装机制。宿主沿土壤-植物连续体对土壤微生物依次筛选过滤，其中茎木质部伤流液招募了以γ‐变形菌纲为主的高度保守的细菌群落，在长期不施肥条件下茎木质部伤流液nifH基因占16S rRNA总拷贝数的比例约为根内2倍和叶内4倍，表明低氮胁迫下茎木质部富集了更高比例的固氮菌群落。非靶向代谢组学分析表明，富集的细菌类群可能与伤流液类黄酮等化合物显著增加有关。
（3）构建了玉米茎木质部固氮高效合成菌群。通过固氮菌靶向筛选和全基因组分析，鉴定出14株玉米核心菌株，构建了包括2株高效固氮菌和2株互补型协助菌的高效固氮合成菌群（SynComs）。GFP标记菌株和15N同位素稀释法证实了SynComs的内生定殖能力和固氮潜力，它们可为玉米茎贡献11.8%的总氮。上述研究证实了茎木质部伤流液微生物组在宿主氮素获取方面的关键作用，为创制微生物固氮新产品提供了重要的理论依据和技术支撑。
关键词：玉米微生物组，茎木质部，固氮作用，合成菌群
参考文献：
ZHANG L, YUAN L, WEN Y, et al. 2024. Maize functional requirements drive the selection of rhizobacteria under long-term fertilization practices. New Phytologist [J], 242: 1275-1288.
ZHANG L, ZHANG M, HUANG S, et al. 2022. A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabits the xylem sap in maize plants. Nature Communications [J], 13: 3361.
嘉宾简介：辛伟
辛伟，博士毕业于福建农林大学，武夷学院教师，主要从事茶树与根部微生物互作方面的研究。论文曾发表在Current Biology，茶叶科学，植物学报等期刊。
内容摘要
滋味是决定茶叶品质的关键因子之一，茶氨酸是茶叶鲜爽的主要成分，茶氨酸的含量是影响茶叶品质的重要决定因素。通过对武夷学院茶树种质资源圃的17个茶树品种进行多年茶氨酸测定发现，不同季节和不同茶树品种根部、叶部茶氨酸含量差异明显，且茶氨酸含量与根部铵态氮含量正相关。分别对春秋两季的高茶氨酸品种和低茶氨酸品种茶树根部进行微生物种群分析鉴定发现，茶树根部和根际的微生物种群不同，秋季茶树根部拥有更多Proteobacteria的微生物，该门水平的微生物种群在春季减少。同时，对不同氮代谢功能的微生物种群的数量进行定量分析，发现秋季茶树根部积累了更多氮代谢相关微生物，且高茶氨酸含量品种氮代谢微生物更活跃。对高茶氨酸含量的茶树品种秋季根部微生物进行分离纯化，并模拟高茶氨酸品种根部微生物种群构建人工合成菌群SynCom21，发现SynCom21不仅提高茶树对铵态氮的吸收，还可提高茶氨酸的含量。SynCom21的效果在高中低茶氨酸含量的茶树品种中均适用，在氮贫瘠土壤中效果更佳。同时，SynCom21还可以提高模式植物拟南芥的铵态氮含量。该研究通过茶树微生物种群来调控茶树代谢物的合成，为茶树品质改良提供了新的思路，对减少化肥用量、保护土壤也具有重要意义。
关键词：茶树，茶氨酸，根部微生物，合成菌群
参考文献：
XIN W, ZHANG J, YU Y, et al. 2024. Root microbiota of tea plants regulate nitrogen homeostasis and theanine synthesis to influence tea quality. Current Biology [J], 34: 868-880.e866.
特邀嘉宾：何晓青
何晓青，博士，教授，博导，受聘为微生物组与生物信息交叉学科高起点期刊iMeta青年编委（2023-2025），Modern Agriculture副编委，中国农业生物技术学会微生物生物技术分会理事，为New phytologist、Chemosphere、Science of the total environment、Journal of Environmental Sciences、环境科学学报等学术期刊担任审稿人。近年来，在国内重要学术期刊上已发表论文40 余篇，其中发表在Nature communications、Science of the total environment、npj biofilms and microbiomes、Frontier in microbiology、Frontier in plant science等SCI期刊上20余篇。主持国家重点研发计划子课题、自然科学基金面上项目等。
研究方向：植物与微生物组的互作机制，合成菌群，生态系统微生物组等
特邀嘉宾：王孝林
王孝林，博士，首聘教授，长期致力于植物微生物组学研究，植物定量微生物组学的引领者，“千种植物微生物组计划”（The 1,000 Plant Microbiomes Project，1KPM）的主要设计和执行人之一。目前，以（共同）第一或微生物组学负责人在Nature，Cell，Molecular Plant，Science Bulletin，Nature Communications，Plant Biotechnology Journal，Soil Biology and Biochemistry等国际著名期刊发表多篇研究论文，并受邀在Annual Review of Plant Biology和植物生理学报等期刊撰写综述。
研究方向：植物微生物组
特邀嘉宾：时玉
时玉，博士，教授，博导。长期从事土壤和植物微生物组相关的科研工作，研究领域主要包括农业土壤微生物时空演变及其生态功能，微生物-植物-环境的相互作用，微生物群落的结构组成和功能分析。近年来，以华北平原麦田土壤为研究对象，开展了土壤核心菌群与土壤养分循环相互关系的研究。已在Microbiome, Environment International, Soil Biology and Biochemistry, Journal of Ecology, Environmental Microbiology, Agricultural Ecosystems and Environment, Soil Ecology Letters, iMeta等英文期刊发表论文90余篇。Web of Science 总引 6000余次，单篇最高他引 278 次，H 指数 35，连续两年（2022、2023）入选科睿唯安“全球高被引学者”，被评为2023年度河南省教育厅学术技术带头人。主持国家自然科学基金项目 1 项，完成1项；骨干承担国家重点研发计划青年科学家项目 1 项；获河南省优秀青年基金资助；获第十六届中国土壤学会科学技术一等奖和江苏省科学技术二等奖。
研究方向：土壤和植物微生物组学
专题负责与主持人：庞志强
庞志强，博士，中国科学院特别研究助理（项目资助），中国科学院西双版纳热带植物园博士后研究人员，研究兴趣是植物功能微生物组及其调控机制，关注逆境胁迫下的植物微生物组功能与环境适应性。以第一作者在Microbiome等期刊发表学术论文9篇（被引500余次），其中SCI论文5篇（高被引论文1篇），专利2项，主持科研项目5项，担任iMeta和Tropical Plant期刊青年编委。曾获中国科学院院长奖、中国科学院朱李月华优秀博士生等荣誉、国家资助博士后研究人员计划、云南省“彩云博士后计划”博士后创新项目等资助。
研究方向：植物-功能微生物组互作、根际微生物稳态维持
系列专题如下(如您有更多兴趣专题与栏目建设请与微生物组专题负责人庞志强取得联系：WeChat: Pang_PlantMicro或E-Mail: pangzhiqiang@xtbg.ac.cn)
1GWAS与植物微生物组
2植物微生物组稳态维持
3作物驯化与微生物组
4植物表型可塑化与微生物组
5植物功能（抗逆）微生物组
6宏基因组在植物学中的研究
7植物根际生物互作
8植物微生物组培养与合成菌群
轮值主持人：沈佳泳
沈佳泳，中国科学院分子植物卓越中心博士生，公众号“植物微生物组”创始人，以共同第一作者在Nature Plants发表论文，提出农业精准微生物组（PAME）。研究兴趣是植物与微生物互作。曾获国家奖学金等荣誉。
参加方式
2024年4月22日 星期一 7:00 PM（北京时间）
2024年4月22日 星期一 1:00 PM（欧中时间）
2024年4月22日 星期一 7:00 AM（美东时间）
参与平台：腾讯会议及Bilibili（关注：CGMonline）
腾讯会议ID：851-8228-1704
腾讯会议链接: https://meeting.tencent.com/dm/CkmP1ocpqAR1
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