Cell Genomics | 从中国分离的肠道微生物基因组阐明了益生菌和心脏代谢效应

从中国分离的肠道微生物基因组阐明了益生菌和心脏代谢效应

● 期刊：Cell Genomics (IF:11.1)

● DOI：https://doi.org/10.1016/j.xgen.2024.100559

● 原文链接: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666979X24001253?via%3Dihub

● 第一作者：Pan Huang，Quanbin Dong，Yifeng Wang

● 通讯作者：翟齐啸（zhaiqixiao@jiangnan.edu.cn）,陈连民（lianminchen@njmu.edu.cn）,孔祥清（kongxq@njmu.edu.cn）

● 发表日期：2024-6-12

● 主要单位：

江南大学食品科学与技术学院、南京医科大学附属第一医院、南京医科大学附属常州第二人民医院、南京医科大学附属苏州医院

摘要abstract

作者发布了中国肠道微生物参考（CGMR）目录，该目录包含从全国范围内收集的3234个中国肠道宏基因组中获得的3707个非冗余物种的101060个高质量组装基因组。相较于全球数据库，发现了987个新物种，提高了基因定位的准确性。通过与宿主表型的关联性分析，进一步展现了这些微生物的益生作用以及对心脏代谢的影响，并且通过小鼠实验进行了验证。

亮点Highlight

● 101060个基因组集合与来自中国肠道宏基因组的1376个分离株配对

● 987个新物种相对于全球数据库提高了可比对率

● 微生物基因组具有区域特异性，并与宿主表型相关

● 用小鼠验证了分离株潜在的益生菌和心脏代谢作用

摘要Summary

肠道微生物组在不同人群之间表现出遗传差异，而中国肠道微生物组基因组的特征描述图谱仍然有限。在此，我们介绍了中国肠道微生物参考（CGMR）集，涵盖了101060个高质量宏基因组组装基因组（MAG）。包括来自中国主要农村地区的3234个粪便样本的3707个非冗余物种、1376个主要来自乳酸菌的活分离株，以及相对于全球数据库的987个新物种。在其中，我们观察到了区域特异性共存的MAG和具有益生菌和心脏代谢功能的MAG。初步的小鼠实验表明，两种肠道粪杆菌分离株在缓解便秘方面具有益生菌作用、三种脆弱拟杆菌A分离株对肥胖患者的心脏代谢有影响，以及副拟杆菌属和乳酸杆菌属分离株在宿主脂质代谢中有作用。我们的研究通过配对分离株扩展了当前的微生物基因组，并证明了潜在宿主效应，有助于理解宿主-微生物相互作用机制。

引言Introduction

肠道微生物组成的变化与人类健康息息相关，涉及心血管疾病（CVD）、肥胖症、炎症性肠病（IBD）以及糖尿病等病症。然而，这些关联背后肠道微生物的功能潜力在很大程度上尚未得到深入探究。这是因为许多微生物尚未被分离出来，其基因组也未得到充分解析。因此，对多样的微生物基因组进行表征并培养活体微生物，是揭示微生物在人类健康与疾病中所起作用的重要一步。

近年来，研究人员致力于通过对来自不同人群的样本进行大规模宏基因组组装，从而构建全面的微生物参考基因组。与此同时，数千种肠道微生物分离株也已被培养出来，这有助于从机制层面理解宿主与微生物之间的相互作用，以及微生物在临床转化中的益生潜力。然而，上述研究中所使用的宏基因组样本大多来自欧洲裔个体，仅有约10%来自亚洲。在中国，已报道的微生物基因组在样本规模和特定区域方面均存在局限。值得注意的是，一些优势菌种在全球范围内均有发现，但在不同人群中呈现出遗传差异。那些表现出最显著的共同多样化的菌种，已独立发展出与宿主依赖性相关的特征，这凸显了理解特定人群微生物菌株对微生物组相关疾病表型潜在影响的必要性。由此，在中国全国范围内扩充微生物基因组和分离株，或许能为该领域添砖加瓦，并对基于微生物群的疗法的通用性产生影响。 

在此，我们展示了来自中国大陆30个省份随机收集的3234份粪便样本中，共计101060个宏基因组组装基因组（MAGs），称之为中国肠道微生物参考（CGMR）集。这些MAGs可以聚类为3707个非冗余物种，其中987个物种是与现有数据库相比新报道的物种，包括来自特伦托大学细胞、计算和整合生物学系（CIBIO）的数据集，该数据集包含超过150000个基因组；统一人类胃肠基因组目录（UHGG）包含204938个参考基因组；魏茨曼科学研究所（WIS）的数据集包含241118个基因组；早期生命肠道基因组（ELGG）目录包含32277个基因组；包含5927个基因组的内蒙古肠道基因组（IMGG）数据集以及基因组分类数据库（GTDB）。此外，我们培养了总计1376个MAG配对的活菌株，主要来自乳酸菌，但也包括两个新识别物种的两个菌株。通过将MAGs与地理和表型特征相关联，我们观察到特定区域共存的MAGs以及具有益生菌和心血管代谢功能的MAGs。

基于现有的分离菌株，本研究进一步深入探究了两株不同的肠道粪便杆菌（Faecalibacillus intestinalis）分离株在缓解便秘方面潜在益生效果的功能验证。我们研究了三株脆弱拟杆菌A（Bacteroides fragilis_A）分离株对肥胖个体心脏代谢的影响，以及属于副拟杆菌属（Parabacteroides）和乳杆菌属（Lactobacillus）的两个新发现物种的分离株在宿主脂质代谢方面的功能潜力。本研究不仅通过配对分离菌株扩充了微生物基因组数据库，还旨在阐明这些菌株作为益生菌以及宿主心脏代谢调节剂的特性。这一努力有助于增进当前对宿主-微生物互作的理解，并推动基于微生物组的个性化治疗的发展。

结果Result

中国人肠道微生物组的基因组图谱

为了全面表征中国人群肠道微生物的基因组图谱，我们在全国范围内收集了来自中国大陆30个省份3234名参与者的粪便样本（图1A）。通过宏基因组测序，我们为每个样本获得了平均6500万对序列读长（20GB）。我们采用了单样本宏基因组从头组装流程（图1B），在现有工作流程的基础上进行构建。按照我们的流程（图1B），共获得了292550个宏基因组组装基因组（MAGs），其中101060个符合宏基因组组装基因组的最小信息标准（MIMAG）。其中44875个MAGs的完整性≥50%，污染率<5%（完整性-5×污染率，质量标准[QS]>50）被认为是中等质量，而56185个MAGs的完整性≥90%，污染率<5%（完整性-5×污染率，QS>50）被认为是高质量。值得注意的是，组装的基因组质量很高，完整性的中位数为88.28%，污染率的中位数为0.98%（图1C；表S1）。101060个MAGs的中位数大小为2.20MB（四分位间距[IQR]=1.75-2.71Mb），N50值从1.8kb到1.05Mb不等（表S1）。我们将这一集合称为中国肠道微生物参考（CGMR）集。

图1 | 中国肠道微生物组参考（CGMR）数据集

（A）从中国大陆获取的3234个样本的地理分布及表型特征。蓝色深浅代表每个省份采集的样本数量。直方图展示了参与者的年龄和体重指数（BMI）分布。表格总结了研究中涉及的主要民族。

（B）用于微生物基因组重建与比较的宏基因组组装策略及数据集概述。

（C）101060个宏基因组组装基因组（MAGs）的基因组质量分布。由CheckM评估的中等质量（粉色）和高质量（蓝色）基因组的完整性和污染度数值。颜色深浅表示MAGs的密度。

（D）不同测序深度下每个样本获得的MAGs总数。每个点代表一个样本，x轴表示配对的干净读长数量，y轴表示每个样本获得的MAGs数量。箱线图展示了MAGs数量的中位数、第一四分位数和第三四分位数。上下须线分别延伸不超过1.5×四分位距（IQR）。离群值单独绘制。

（E）所有3707个代表性物种水平MAGs的系统发育树。分支上的颜色代表细菌门类，而外圈颜色表示与现有基因组参考相比新鉴定出的物种。外圈条形的长度代表每个代表性物种获得的MAGs总数，不同颜色的条形数量代表每个代表性物种的个体数量。

（F）CGMR与6个现有基因组集合的比较。桑基图展示了CGMR MAGs与现有微生物基因组集之间的联系。维恩图显示了CGMR与其他基因组集相比的独特MAGs，并标明了各自数量。桑基图下方的维恩图展示了CGMR的MAGs与UHGG中源自中国的MAGs（UHGG-CN）的重叠部分。

值得注意的是，与近期研究相比，我们的测序数据读长深度约为其四倍。平均而言，我们每个样本获得31个宏基因组组装基因组（MAGs），是先前研究所得数量的两倍。我们还观察到读长深度与每个样本获得的MAGs数量之间呈正相关（图1D）。每个样本获得的MAGs总数在约8000万读长时达到最佳水平（图1D），这表明深度测序对于获得足够数量的MAGs至关重要。

此外，我们利用来自公共宏基因组研究的一个中国人群队列（n=370）和一个欧洲人群队列（n=183），以研究将中国肠道微生物参考（CGMR）中的MAGs整合后读长比对的提升情况。使用人类胃肠道基因组（UHGG）数据集以及UHGG和CGMR的合并数据集，对这两个队列的原始读长进行比对。将CGMR数据集并入UHGG数据集后，中国样本（p=5.58×10⁻⁸²）和欧洲样本（p=8.85×10⁻²¹）的平均比对率均显著提高（图S1）。因此，将CGMR数据集纳入现有数据集可显著提高比对率，拓宽我们对肠道微生物的理解。 

接下来，我们以95%的平均核苷酸同一性（ANI）为阈值对这些宏基因组组装基因组（MAGs）进行聚类，从而分析其分类学特征，得到了3707个具有代表性的原核生物物种（图1E