gromacs 中shell 编写自动脚本-用到grep、awk、sed

管道符的使用

[root@linuxprobe ~]# free -m
total used free shared buffers cached
Mem: 1826 1244 582 9 1 413
-/+ buffers/cache: 830 996
Swap: 2047 0 2047
[root@linuxprobe ~]# free -m | grep Mem:
Mem: 1826 1244 582 9
[root@linuxprobe ~]# free -m | grep Mem: | awk ‘{print $4}’
582
[root@linuxprobe ~]# FreeMem=`free -m | grep Mem: | awk ‘{print $4}’
[root@linuxprobe ~]# echo $FreeMem
582

grep 更适合单纯的查找或匹配文本
sed 更适合编辑匹配到的文本
awk 更适合格式化文本，对文本进行较复杂格式处理

sed 中替换字符串
sed ‘s/原字符串/替换字符串/’ filename
sed ‘2s/原字符串/替换字符串/’
替换第二行
sed ‘$s/原字符串/替换字符串{/}^{\prime }替换最后一行若添加了g，代表替换文本中出现的所有匹配字符串，否则只替换第一次出现的sed中替换变量.evalse{d}^{\prime }s/$a/$b{/}^{\prime }filename.sed"s/$a/$b/"filename..se{d}^{\prime }s{/}^{\prime }$a’/'$b^{\prime }{/}^{\prime }filename..seds/$a/$b/ filename

自己用到的是第二种

sed -i "2s/$pronum/$comnum/" complex.gro

a ：新增， a 的后面可以接字串，而这些字串会在新的一行出现(目前的下一行)～
c ：取代， c 的后面可以接字串，这些字串可以取代 n1,n2 之间的行！
d ：删除，因为是删除啊，所以 d 后面通常不接任何咚咚；
i ：插入， i 的后面可以接字串，而这些字串会在新的一行出现(目前的上一行)；
p ：打印，亦即将某个选择的数据印出。通常 p 会与参数 sed -n 一起运行～
s ：取代，可以直接进行取代的工作哩！通常这个 s 的动作可以搭配正规表示法！例如 1,20s/old/new/g 就是啦！ 

pronum=`sed -n '2p' $protein.gro`

或者是

pronum=$(sed -n '2p' complex.gro)

将第二行的内容赋值给pronum变量
这里` 是Esc下面的那个字符，一定要注意

sed 中在匹配的变量后面添加多行，并且有转义字符，用到反斜杠

sed -i -e "$hang a \; Include ligand topology\n#include \"$ligname.itp\" " topol.top

shell 中变量相加，shell 中所有变量默认为字符串，所以变量相加需要

comnum=`expr $lignum + $pronum`

或者用(())

grep 命令

Linux grep 命令用于查找文件里符合条件的字符串。

grep 指令用于查找内容包含指定的范本样式的文件，如果发现某文件的内容符合所指定的范本样式，预设 grep 指令会把含有范本样式的那一列显示出来。若不指定任何文件名称，或是所给予的文件名为 -，则 grep 指令会从标准输入设备读取数据。

grep “被查找的字符串” 文件名
-n 显示行号

-A<显示行数> 或 --after-context=<显示行数> : 除了显示符合范本样式的那一列之外，并显示该行之后的内容。
-B<显示行数> 或 --before-context=<显示行数> : 除了显示符合样式的那一行之外，并显示该行之前的内容。

grep -n "CONECT" -B 1 $ligname.pdb | head -1 > lignum.txt

显示CONECT匹配行及它之前的一行内容，管道符代表只显示第一行，并存到lignum.txt

linux awk命令
awk是三个创始人的首字符
把lignum中第二列的数字赋值给lignum

lignum=$(awk '{print $2}' lignum.txt)

hang=$(grep -n "endif" topol.top | head -1 | awk -F: '{print $1}')

三个命令混合起来的一个用法

ps aux | grep sbin | awk '{print $2}' | sed -n '1,3p'

匹配sbin 第二列并且是1到3行的