gromacs 选区用法

gromacs 选择部分
gromacs make_index -f em.gro -n index.ndx

name 25 XXX
重新给25group 命名
del 26
删除26group

选择蛋白中的102号残基的OE1原子
1 & r 102 & a OE1

这里要注意ri 与r 区别，ri 代表的是用l list residues 后的残基，编号从1开始
而r 代表的是你的pdb 文件中残基的编号

例如选择自己的PDB文件中的残基41-48
r 41-48

计算残基之间的最小距离

(1) 先用make_ndx命令生成index文件：

gmx make_ndx -f md.tpr -o index.ndx

(2) 这里选择某蛋白第11个氨基酸的H原子和36位氨基酸的O的距离:

选择原子：r 11 & a H 回车 r36 & a O 回车 q（退出）

(3) 用mindist计算最小距离：

gmxmindist -f md_0_1_noPBC.xtc -s md_0_1.tpr -n index.ndx -od dist.xvgr

选择刚刚选择的两个原子所在的组，如两者分别在第18和19组的话进行如下操作：

18回车 19回车 按ctrl-D退出