RNA-seq流程学习笔记（3）-Linux系统中安装miniconda、设置清华镜像源、安装RNA-seq相关软件、删除环境

最新推荐文章于 2024-07-30 19:26:47 发布
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分类专栏： RNA-seq学习笔记
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这篇博客记录了在Linux服务器上安装Miniconda，设置清华镜像源，创建环境并安装RNA-seq相关软件如FastQC、Hisat2等的过程。博主分享了从conda下载安装到删除环境的详细步骤，便于日后参考。
摘要由CSDN通过智能技术生成

主要参考文章：
Anaconda介绍、安装及使用教程
conda的安装与使用（2019-6-28更新）
conda常用命令
用conda安装RNA-seq所需要的工具
RNA-seq基础入门传送门
Anaconda查看、删除、增加channel
Anaconda查找源及配置清华镜像
Miniconda官网

今天开始在服务器上开了一个用户名，所以要重新弄一下所有设置，就从使用Conda开始记录一下，方便以后再搬家时自己查找学习。登录服务器使用的是MobaXterm软件，因此是在Windows环境下通过该软件进入Linux的服务器，很多操作比自己之前用的虚拟机更方便，但可能不是完全的Linux系统，不知道对自己的学习是否有影响，但是写记录更方便了。

1. Conda和Anaconda的介绍

直接参考这两篇文章的介绍，很详细，不用多说了。
Anaconda介绍、安装及使用教程
conda的安装与使用（2019-6-28更新）
自己之前使用Anaconda软件，现在决定从Conda开始学习，方便以后自己空间有限时节约空间。

2. Conda的下载与安装

  1. 使用wget从官网下载：
zexing@DNA:~/Software$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
--2020-05-22 19:38:45--  https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Resolving repo.anaconda.com (repo.anaconda.com)... 2606:4700::6810:8303, 2606:4700::6810:8203,
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Miniconda3清华镜像源如何设置，真的不能用了？
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本来兴高采烈地打算大显身手，进行Linux系统上通过miniconda 下载Python。结果出现了问题。查找网络上各种解决不方法，忙了一下午，在接近放弃，打算重现install miniconda,终于倒腾出了一点奇迹。 清华镜像源还有中科大的还能不能用？清华的还可以，中科大的我没试，既然有一个可以就行了。 我的坑：1.删除了 cache，比如 /username/.conda/pkgs ...
conda配置清华源
ignoreyou的博客
01-04 1万+
1.生成生成.condarc文件 conda config --set show_channel_urls yes 2. 修改~/.condarc文件，写入源文件 vim ~/.condarc channels: - defaults show_channel_urls: true default_channels: - https://mirrors.tuna.tsing...
pip清华源（国内清华镜像）
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07-30 1242
上面代码是我们安装python机器学习Scikit-lean库的示例代码，安装时间相比于不加j镜像的5倍左右，我们只需要加上 pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 第三方库就可以了。Python在安装第三方库的时候，因为服务器在国外所以会下载得很慢，所以我们就会选择换国内的镜像，但是国内的镜像源又比较多，我会推荐清华镜像，因为清华镜像的库是非常全的，那么该如何使用呢？
conda清华源
weixin_44781912的博客
05-18 374
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes
Conda 清华源
gejun318的博客
06-10 737
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes conda config --add channels https://mirrors.t
[linux] conda设置清华源
心宝的博客
05-12 1万+
conda设置清华源_mjiansun的博客-CSDN博客_conda清华源 一、conda设置清华源 #查看当前conda配置 conda config --show channels conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anacond
RNA-seq流程学习笔记（11）-在Linux系统上使用Miniconda3安装R3.6.3
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conda 清华源配置   conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config –set show_channel_urls yes conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
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https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ 果然啊。。。。什么东西都是官方的好，好多博客的东西都不好使
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conda config --set show_channel_urls yes的意思是从channel中安装包时显示channel的url，这样就可以知道包的安装来源了。输入conda config --show channels查看一下是否添加成功。显示所有channel。
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