STAR输出的readsCount，应该选第几列作为下游结果

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已于 2022-07-29 14:04:38 修改

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文章标签：大数据

于 2022-07-29 14:03:27 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/xiaozheng1213/article/details/126054326

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STAR比对完会直接输出readsCount，格式如下

N_unmapped	62460	62460	62460
N_multimapping	8090233	8090233	8090233
N_noFeature	1582360	7572061	7589776
N_ambiguous	784479	257584	254588
DDX11L1	7	6	1
WASH7P	235	101	134
MIR6859-1	0	0	0
MIR6859-2	0	0	0
MIR6859-3	0	0	0
MIR6859-4	0	0	0
MIR1302-2	0	0	0
MIR1302-9	0	0	0
MIR1302-10	0	0	0
MIR1302-11	0	0	0
FAM138A	0	0	0
FAM138F	0	0	0
FAM138C	0	0	0

这三列结果应该选哪一列呢，首先看一下注释

column 1: gene ID
column 2: counts for unstranded RNA-seq
column 3: counts for the 1st read strand aligned with RNA (htseq-count option -s yes)
column 4: counts for the 2nd read strand aligned with RNA (htseq-count option -s reverse)

如果是链特异性结果就选择第二列，这批样本文库制备是使用NEBNext® UltraTM RNA Library Prep Kit。这里我咨询了一下客服，“真核普转文库，这种是没有链特异性的”，

所以我这个结果选择第二列。