Conda solving environment一晚上还不能完成有解吗?

最新推荐文章于 2024-07-23 15:38:37 发布

基因学苑

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分类专栏：笔缀杂谈

本文链接：https://blog.csdn.net/xxxie_/article/details/108169339

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本文探讨了Conda环境解决过程变慢的原因，主要在于软件依赖解析的复杂性增加。介绍了Conda的工作原理，指出问题主要出在第三步——依赖包的兼容性匹配。提出了多种提升Conda速度的方法，如使用最新版Conda、指定软件版本、采用mamba、设置通道优先级、创建新环境、使用环境yaml文件、利用国内镜像以及使用conda-pack打包和迁移环境。同时，分享了相关命令和技巧，帮助加快Conda环境的构建和安装速度。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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本文转载至“生信宝典”微信公众号，已获授权。

生物信息学习的正确姿势

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

Conda为什么越来越慢？
Conda中包含的软件越来越多，而且软件的不同版本都保留了下来，软件的索引文件越来越大，安装一个新软件时搜索满足环境中所有软件依赖的软件的搜索空间也会越来越大，导致solving environment越来越慢。

Conda是如何工作的
从设定的通道 (channel)处下载通道中所有软件的索引信息 (repodata.json) (Collecting package metadata (repodata.json))

“packages” : {
“moto-1.3.7-py_0.tar.bz2” : {
“build” : “py_0”,
“build_number” : 0,
“depends” : [ “aws-xray-sdk !=0.96,>=0.93”, “backports.tempfile”, “boto >=2.36.0”, “boto3 >=1.6.15”, “botocore >=1.12.13”, “cookies”, “dicttoxml”, “docker-py”, “flask”, “jinja2 >=2.7.3”, “jsondiff 1.1.1.*”, “mock”, “pyaml”, “python”, “python-dateutil”, “python-jose ❤️.0.0”, “pytz”, “requests >=2.5”, “responses >=0.9.0”, “six”, “werkzeug”, “xmltodict” ],
“license” : “Apache-2.0”,
“md5” : “17b424658cd07e678b5feebdc932eb52”,
“name