生物信息常用30个Linux命令（二）

学习生物信息，Linux是必须掌握的内容，其实常用的Linux命令也就30个左右，而且这些命令都是单词的简写，记忆起来并不困难。从这次内容开始，我们将详细介绍这30个左右的命令。

11、cat
cat: concatenate 连接
cat的一个作用是查看文件，一般是比较小的文件，行数小于一个屏幕，最多不要超过两个屏幕，否则会刷屏；
cat另一个作用是合并多个文件，一般配合重定向合并为一个新文件或者将一个文件内容追加到另一个文件结尾。

$ cat a1.index.sh
bwa index -p Homo_sapiens_assembly38 -a bwtsw Homo_sapiens_assembly38.fasta
合并文件

cat a1.txt a2.txt >all.txt
12、less / more
less和more都是文件查看工具，但是less功能更多一些，在windows系统下打开一个10G的文件比较困难，但是在Linux下非常方便，less可以打开非常大的文件，压缩格式也可以直接打开。
-m 显示类似于more命令的百分比
-N 显示行号
-S 格式化显示

$ less -S nt.tar.gz
13、head / tail
这两个命令比较简单，只是取一个文件的头部和尾部多少行，默认10行，可以加-n进行设置，利用管道可以取文件中间行。

#取文件第21~40行
$ head -40 a.txt | tail -n 20
14、g(un)zip/ b(un)zip2
gzip和bzip2是文件压缩工具，默认直接对源文件进行处理，压缩比率在2/3左右，都可以进行设置。
加上un，为unpack的意思，表示解压缩。

$ gzip a.txt
$ gunzip a.txt.gz
15、tar
tar：Tape archive （磁带档案）
tar是一个比较复杂的命令，tar主要用于打包，由于tar能调用gzip或者bzip2进行压缩，而打包和压缩经常如windows系统一样合并为一个过程，新手经常将二者混淆，
-c 建立打包档案，可搭配 -v 来察看过程中被打包的档名(filename)
-t 察看打包档案的内容含有哪些档名，重