临床预测模型：KM曲线

生存分析是一种统计方法，用于预测事件（如死亡、疾病复发等）的发生时间。

Kaplan-Meier曲线（KM曲线）是生存分析中常用的一种工具，用于估计在一段时间内的生存率。

一、KM曲线的主要步骤和特点包括：

1）时间排序：首先将所有参与者按照发生事件的时间排序。

2）计算生存率：对于每一个独特的时间点，计算生存率。生存率是指从研究开始到特定时间点，尚未发生特定事件的参与者比例。

3）绘制曲线：以时间为横轴，生存率为纵轴绘制曲线。每当发生事件时，曲线向下跳跃，大小与该时间点发生事件的比例成正比。

4）处理删失数据：对于那些在研究结束前未发生事件的参与者（右侧删失），他们将被纳入到最后一个已知时间点的生存率计算中，但在此之后不再影响生存率的计算。

二、如何绘制KM曲线

library("survival")    
library("survminer")   
surv_fit <- survfit(Surv(time/365, status) ~ 1, data = lung)   # 计算生存曲线  这里用的lung数据集是R里自带的
surv_fit_sex <- survfit(Surv(time/365, status) ~ sex, data = lung)  # 根据性别分层，计算生存曲线
ggsurvplot(surv_fit_sex)    # 制作Kaplan_Meier曲线， 这里是最简单的KM曲线

2）美化KM曲线

ggsurvplot(surv_fit_sex,
           pval = T,      #显示P值
           conf.int = TRUE,    #显示置信区间
           conf.int.style='ribbon',   #置信区间风格
           linetype = "strata",    #根据性别分组
           surv.median.line = "hv",  #显示中位生存期
           ggtheme = theme_classic(), #设置ggplot2主题
           legend.labs=c('F','M'),  #改变图例标签
           legend.title='Sex',     #图例标题
           legend = c(0.80,0.88),   #指定图例位置
           palette = c("steelblue", "orange3"))  #指定KM曲线颜色

3）增加风险表格

ggsurvplot(surv_fit_sex,
           pval = TRUE,      #显示P值
           conf.int = TRUE,    #显示置信区间
           risk.table = TRUE,   #加风险表格
           linetype = "strata",    #根据性别分组
           legend.title = "Sex",   #图例标题
           surv.median.line = "hv",   #显示中位生存期
           ggtheme = theme_minimal(),   #设置图片主题
           palette = c("steelblue", "orange3"))  #指定KM曲线颜色

展示了在每个时间点上的风险人数（Number at risk）。这表示在该时间点还未发生事件（如死亡或失访）的受试者数量。

4）显示了每个时间点未发生事件而退出研究的受试者数量

ggsurvplot(surv_fit_sex,
           xlab='Time',     #设置X轴名
           pval = T,   #显示P值
           pval.size=5,   #P值字体大小
           pval.coord=c(1,1),  #P值位置
           pval.method =T,  #显示P值检验方法
           pval.method.coord=c(2.5, 75),  #检验方法位置
           conf.int = TRUE,  #显示置信区间
           conf.int.style='ribbon',  #设置置信区间风格
           linetype = "strata",  #根据性别设置曲线类型
           ggtheme = theme_classic(),   #设置图片主题
           legend.labs=c('F','M'),   #图例标签名字
           legend.title='Sex',  #图例名字
           legend = c(0.80,0.88),   #指定图例位置
           fontsize=3.5,    #风险表字体大小
           ncensor.plot=T,   #展示随访过程中不同时间点死亡和删失情况
           risk.table = 'abs_pct' ,  #在下面添加风险表展示绝对数和百分比
           risk.table.col='strata',  #根据数据分组为风险表添加颜色
           tables.height=0.25,   #下面2个表高度占比
           palette = c("steelblue", "orange3"),
           fun='pct')  ##survival probability in percentage./生存率
#fun='cumhaz',##plots the cumulative hazard function (f(y) = -log(y)),#累计风险
#fun='event', #plots cumulative events (f(y) = 1-y), ##累计死亡人数

三、KM曲线的优点：

1）直观：KM曲线非常直观地展示了随时间变化的生存率。

2）不需要假设生存时间分布：KM方法不需要对数据的生存时间分布做出任何假设，使其适用于各种类型的生存时间数据。

3）处理删失数据：KM方法能够处理右侧删失数据，这在临床试验和生存分析中非常常见。