1、"Moving pictures" tutorials
qiime demux emp-single \
--i-seqs emp-single-end-sequences.qza \
--m-barcodes-file sample-metadata.tsv \
--m-barcodes-column BarcodeSequence \
--o-per-sample-sequences demux.qza \
--o-error-correction-details demux-details.qza
qiime demux summarize \
--i-data demux.qza \
--o-visualization demux.qzv
qza、qzv文件本质上是压缩文件,可以用解压工具打开。qzv为阶段成果文件,可读,不可用于下一步操作。qza可以作为后续操作文件。
2、Fecal microbiota transplant(FMT)
略过
qiime demux summarize \
--i-data fmt-tutorial-demux-1.qza \
--o-visualization demux-summary-1.qzv
qiime demux summarize \
--i-data fmt-tutorial-demux-2.qza \
--o-visualization demux-summary-2.qzv
3、"Atacama soil microbiome" tutorial
qiime demux emp-paired \
--i-seqs emp-paired-end-sequences.qza \
--m-barcodes-file sample-metadata.tsv \
--m-barcodes-column BarcodeSequence \
--p-rev-comp-mapping-barcodes \ (sample metadata file 文件里面的barcodes 与序列文件的barcodes顺序相反)
--o-per-sample-sequences demux.qza \
--o-error-correction-details demux-details.qza
qiime demux summarize \
--i-data demux.qza \
--o-visualization demux.qzv