qiime2学习 三个示例的Demultiplexing sequences环节总结

1、"Moving pictures" tutorials

qiime demux emp-single \
  --i-seqs emp-single-end-sequences.qza \
  --m-barcodes-file sample-metadata.tsv \
  --m-barcodes-column BarcodeSequence \
  --o-per-sample-sequences demux.qza \
  --o-error-correction-details demux-details.qza

qiime demux summarize \
  --i-data demux.qza \
  --o-visualization demux.qzv
 qza、qzv文件本质上是压缩文件，可以用解压工具打开。qzv为阶段成果文件，可读，不可用于下一步操作。qza可以作为后续操作文件。

 

2、Fecal microbiota transplant(FMT)

略过

qiime demux summarize \
  --i-data fmt-tutorial-demux-1.qza \
  --o-visualization demux-summary-1.qzv
qiime demux summarize \
  --i-data fmt-tutorial-demux-2.qza \
  --o-visualization demux-summary-2.qzv

3、"Atacama soil microbiome" tutorial

qiime demux emp-paired \
  --i-seqs emp-paired-end-sequences.qza \
  --m-barcodes-file sample-metadata.tsv \
  --m-barcodes-column BarcodeSequence \
  --p-rev-comp-mapping-barcodes \     （sample metadata file 文件里面的barcodes 与序列文件的barcodes顺序相反）
  --o-per-sample-sequences demux.qza \
  --o-error-correction-details demux-details.qza

qiime demux summarize \
  --i-data demux.qza \
  --o-visualization demux.qzv