qimme学习 三个示例的质控和特征表创建（Sequence quality control and feature table construction）

质控工具：DADA2, Deblur, basic quality-score-based filtering（任一个）

产出文件：FeatureTable[Frequency] 特征表    每个样品里面每个唯一序列的个数

                    FeatureData[Sequence] 特征数据    每个样品里面的唯一序列，跟特征表对应

示例1、

方法1：DADA2

qiime dada2 denoise-single \
  --i-demultiplexed-seqs demux.qza \
  --p-trim-left 0 \    （后面的数字表示从序列的第number位点开始截取，位点前面的舍弃，参考demux.qzv碱基质量）
  --p-trunc-len 120 \    （后面的数字表示截取结束位点，参考demux.qzv碱基质量）   
  --o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza \
  --o-table table-dada2.qza \
  --o-denoising-stats stats-dada2.qza

qiime metadata tabulate \
  --m-input-file stats-dada2.qza \
  --o-visualization stats-dada2.qzv

mv rep-seqs-dada2.qza rep-seqs.qza
mv table-dada2.qza table.qza

方法2：Deblur

qiime quality-filter q-score \
 --i-demux demux.qza \
 --o-filtered-sequences demux-filtered.qza \
 --o-filter-stats demux-filter-stats.qza

qiime deblur denoise-16S \
  --i-demultiplexed-seqs demux-filtered.qza \
  --p-trim-length 120 \
  --o-representative-sequences rep-seqs-deblur.qza \
  --o-table table-deblur.qza \
  --p-sample-stats \
  --o-stats deblur-stats.qza

qiime metadata tabulate \
  --m-input-file demux-filter-stats.qza \
  --o-visualization demux-filter-stats.qzv
qiime deblur visualize-stats \
  --i-deblur-stats deblur-stats.qza \
  --o-visualization deblur-stats.qzv

示例2、

DaDa2：

qiime dada2 denoise-single \
  --p-trim-left 13 \
  --p-trunc-len 150 \
  --i-demultiplexed-seqs fmt-tutorial-demux-1.qza \
  --o-representative-sequences rep-seqs-1.qza \
  --o-table table-1.qza \
  --o-denoising-stats stats-1.qza
qiime dada2 denoise-single \
  --p-trim-left 13 \
  --p-trunc-len 150 \
  --i-demultiplexed-seqs fmt-tutorial-demux-2.qza \
  --o-representative-sequences rep-seqs-2.qza \
  --o-table table-2.qza \
  --o-denoising-stats stats-2.qza

qiime feature-table merge \（合并不同处理组，不同于示例3的双端合并）
  --i-tables table-1.qza \
  --i-tables table-2.qza \
  --o-merged-table table.qza
qiime feature-table merge-seqs \
  --i-data rep-seqs-1.qza \
  --i-data rep-seqs-2.qza \
  --o-merged-data rep-seqs.qza

示例3、

DaDa2：

qiime dada2 denoise-paired \（DaDa2可以双端合并）
  --i-demultiplexed-seqs demux.qza \
  --p-trim-left-f 13 \
  --p-trim-left-r 13 \
  --p-trunc-len-f 150 \
  --p-trunc-len-r 150 \
  --o-table table.qza \
  --o-representative-sequences rep-seqs.qza \
  --o-denoising-stats denoising-stats.qza